Team:Chiba/kks



企画発案者による企画紹介のページ

Hiroki Fukutomi
細胞分裂によって細胞数が変われば、測定値にずれが生じてしまうことが予想される. たとえばAHL量にしても、AHLを作る側が多くなってしまえば、全体としてのAHL量が多くなってしまう. そのため、細胞分裂を考慮しなければならない.

または、細胞分裂を積分値として利用するようにした方が楽かも知れない. 積分値として細胞数を利用するためには細胞分裂のメカニズムを調べる必要がある.

ステップスイッチ



 * mluxRは感度のいい（低濃度でも発現する）luxRである.

ある一定の濃度範囲で特定の遺伝子を発現し、細胞の状態を変化させることで濃度を知る.

多くのプロモーター、リプレッサー使い組み立てる. 入力となるものは、AHLの濃度としている. (レセプターの感度を変化させる変異を知っているから)

上のアニメーションのようにすることで、一つのインプットの量に応じてアウトプットを別々のものを出すことができる. 半透明の部分は発現していない部分を表す.

この方式の場合、別々の出力になるが、同一の出力でその量をコントロールするという方法もある.

   

Mai Sugiyama
積分菌（ためる）→（一定量たまる）

→（output）積分値によって細胞分裂の回数が変わる.
 * 何回細胞分裂を行ったかの判断方法：色素を出す. 回数が多いほど色素は薄くor濃くなっていく.
 * 問題点：細胞分裂の調整、色素の出し方（濃淡）

Masahiro Tominaga
入力によって、オシレーションをしている回路に偏りを生じさせる. 一細胞系. 入力の強度と時間に応じて、オシレーションフェイズが変化. 強く、長い入力であるほど、GFPを発現するフェイズが長くなるように.

pCI,ptet,placによってオシレーションしている回路. ｐCIの下流にsuper-fast GFP.


 * Pc-luxR-plux-lacI-plac-tetR
 * ptet-cI
 * pcI-lacI-GFP(with degradation tag)

Kohei Kawasaki
概要 を最終的に足し合わせて積分値とする. 単位時間に分けることで色素のダイナミックレンジ の狭さを解消.
 * 複数の大腸菌それぞれに単位時間ごとの入力を感知させて、各大腸菌のouput(色素として)

Takahiro Katori
川崎案ぷらすα 例えば３種類の大腸菌（①、②、③）がいたとする. こいつらはすべて磁石で引っ張れるようにビーズをくっつけておく.

３種類ともそれぞれ同じように進む（磁石で引っ張られる）. そして光の入力があると、0－1hの間は①大腸菌だけが色素を合成し、時間が来たところでビーズ放す. これと同時に②大腸菌が1-2hの間光の入力で色素を合成する. また時間が来ると色素合成をやめ、ビーズを放す. ③もこれと同じ. これにより光の入力に対する上限がなくなり、ダイナミックレンジが広くなる.

というの案だったのですが、 話し合ってみると確かにダイナミックレンジに関してはいいがこれを積分菌がどうやったら感知できるのか？、一定の時間ごとに区切って大腸菌に何かのactionを起こさせることはできるのか？などの疑問が出てきました.

Takayoshi Kubo
概要

入力された信号（光等）の積算値をAHL等の化学物質の濃度勾配に変換し、各濃度ごとに色素で表現すると共に対応するシグナル分子を出す

構成(暫定)

センサー部分(入力→AHL放出)、積分部分(AHL濃度に応じたシグナル分子放出)

Yoshimi Iyama
システム概要として

'''カロテノイドに反応するような別のシステムがあれば、このシステム自体を一つのスイッチとしてとらえることが出来る. '''

--Yoshimi 01:54, 5 July 2008 (UTC)