Log/log.html

勉強会ログ
6/26/08 第27回ブレインストーミング 場所：工学部総合研究棟2階会議室

6/24/08 京都WS報告＆第26回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 京都WSで学んだ「iGEMの定義」や本部ページの使い方、また他のチームの様子などを報告しました. ブレインストーミングでは微分観念も含めた新たな出力方法について、福冨さんの案を元に話し合いました. また、ただ出力値が蓄積するだけでなく、ある一定の値に達し次第また新たな出力をする「料金システム（仮）」のほうが面白いのではないか、またやるとしたらそれはどのような仕組みなのかについて意見を聞きました.  まだシステムに具体性がありません. メカニズムや回路について議論していけるよう勉強をしていきたいです.  ブレインストーミングのログはこちらから. 井山佳美 6/19/08 第25回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 6/16/08 第24回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 2年生の2チームはこれからの方針立てを行いました.  色素や移動について分担して情報収集を行い、より企画を現実的に考えられるようにしていきます.  感知菌については今までの事例をもう一度読み直し、使えるシステムがないか探します.  7月中旬のテスト休みまで残された時間は多くありません. 頑張りましょう.  井山佳美 6/14/08 第23回ブレインストーミング＆実験 場所：工学部1号棟3階ゼミ室＆実験室 冨永チームが実験を行い、福冨チームは資料収集を行いました. また積分表現について新たな案もだされました. ブレインストーミングのログはこちらから. 井山佳美 6/13/08 第22回ブレインストーミング＆実験 場所：VBL3階会議室＆実験室 各自の予定から実験班を２班にわけて実験を行うことになりました. 今回は冨永チームが実験を行い、福冨チームはVBLにて回路についての勉強やBSを行いました. 以前よりもBSの知識の共有が難しいと思われるので、各自BSのログをこのページや1号棟のホワイトボードに載せていきましょう. また、1号棟のホワイトボードの前の棚に、iGEMや合成生物学に関する資料をたくさん用意していただいたので、活用していきましょう. 井山佳美 6/12/08 テーマ決定＆以後の計画会議 場所：VBL3階会議室 今年のiGEM-Chibaのテーマは『積分システム』に決定しました. これからのブレインストーミングに向け、ポスター発表の際に先生や先輩方からいただいたアドバイス内容を共有しました. アドバイス内容はこちらから. また、グループ内コンペを行うために4つのチームを以下のように決定しました. ① 冨永・小林チーム ② 福冨・杉山チーム ③ 香取・川崎チーム ④ 井山・久保チーム これからのiGEM-Chibaがやるべきことについて、梅野先生からアドバイスをいただきました. 各自PCを持ち寄り、より多くの情報に触れられるよう努力する必要がでてきました. アドバイス内容『これからやっていくべきこと』を載せておきます. 梅野先生より 『これからやっていくべきこと』 1　積分する、ということの説明 数学的にはどういうことか、実学的にはどういうことか、分かり易い説明をつくる. 次に、世の中ではどんな積分値が測定されているかを限界まで書き出す. 上で書き出したものでイントロになりそうなものを幾つかピックアップしよう. バクテリア／遺伝子回路をつかって積分すると、どうして面白いのか. Biologicalなpartsだからこそ、向いている（得意）積分計算とは？ 2　積分装置をbiological partsでつくる方法；その具体論 色素合成／移動にくわえ、増殖なども考えられる. どんな回路で積算をするか. その回路図を設計 どのように「積分値がとれている」ことを示すか、その具体案 ２名からなる４チームで競うグループ内コンペを提案したい 3　バクテリア（積分）計算における「超えるべき壁」 3-1.入力値と出力（積算されるもの）のリニアな関係 入力値が二倍なら、単位時間あたりに積み上げる値も二倍となるために 3-2.入力の変化に対する積算の追従性 入力が消えたとき、積算活動は速やかに停止 3-3.さまざまな入力値に対応するために 統一された、入力と積算値の仲介システムが必要 3-4.最後の積算値は、他のバクテリアに「読み出し可能」であることが望ましい. 4　実験基礎講座→予備実験 -通信装置の種類を揃える（→たぶんこいつらが仲介装置になる） -色素合成や移動（出力／積算値）を体験 5A　なにかしら使えそうなParts/ DeviceをBiobrickから「血眼で」探す. 5B　類似研究がないかどうか、iGEMおよびPubMedやGoogle Scienceなどで調べ倒す；あれば必ず仲間に周知／精査 6.　いろんな周辺知識を英語で読もう. いまのうちから英語なれ！ 7.　事例研究再び；もう少しマシな理解でできるかも 以上です. まずは1や２から、どんどん始めて行きましょう. 井山佳美 6/8/08 第3回テーマ絞り込み会議 場所：VBL3階会議室 7日のポスター発表会の評価をいただき、全てのプロポーザルへの意見を共有しました. 「iGEMらしいか否か」についてのコメントが多く、各自「iGEMらしさ」についてもう一度再認識する必要がでてきました. 次は、自分たちが各プロポーザルの評価を行います. P「新規性」、「実現性」、「有用性」の３点から、全プロポーザルにランキングをつけて、 11日（水）0：00までにその結果を梅野先生に各自がメールで送ることになりました. 集計結果で、今年のiGEM-Chibaのテーマを決定するそうです. 次回はその結果を元に、これからiGEM-Chibaをどうすすめていくかを話し合います. 井山佳美 6/7/08 第1回ポスター発表 場所：工学部1号棟3階廊下 5日までに各自が提出した、最終プロポーザルを元にポスター発表会を行いました. .    発表は評価形式で、見込み点・現状点の２つの視点から各プロポーザルに点数を付けていただきました. 各プロポーザルは以下の通り Project 1 仇討ち大腸菌　　　　　　　　 冨永・小林案 Project 2 Memory Protector　　　　 福冨・杉山案 Project 3 Electro Bio Graphics　　　久保案 Project 4 Etch o sketi　　　　　　　　　川崎案 Project 5 The Integral E.coil　　　　 井山案 Project 6 Invisible Picture　　　　　 　香取案 梅野先生や豊田先生をはじめ、研究室の先輩方に企画を説明していく中で、新たなアイディアや問題点が見えてくると共に、 自身のプロポーザルを客観的に見直すことで、自身の考えをまとめなおすことができた意味で良い機会だったと思います. BSをしていく中で、定期的にこのような発表の場を設けていただくことも必要だと感じました. 井山佳美 6/2/08 第21回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 杉山まい 5/31/08 第20回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 参加者で各系統ごとのアイデアを確認しました. そして、木曜までを目標に、各アイデアを紙にまとめる作業をしましょう. ということになりました. 理想は、各アイデアにたいして、一人ひとつずつ書くこと. で. それらのアイデアについて、これからスレッドを作りますので、そこで話し合いを進めていきましょう. そこでの話し合い、および月曜のBSに基づいて、まとめの紙（＝企画書完成版（仮））を作っていきます. このことについて、何か意見があればお願いします. 冨永将大 5/30/08 Wiki講習会 場所：VBL3階会議室 Wikiの講習会を行いました. 今回参加できなかった方、パソコンを持って来れなかった方のために、Wiki関係のリンクを載せておきます. ページの編集-Wikipedia (参考) Chiba-wiki　（Chibaチームのwikiです. igem2008トップページからいけます. ）  各自でwikiを編集していきましょう. 井山佳美 5/29/08 第19回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 ブレインストーミングのログはこちら</a>から. 久保喬義 5/28/08 第18回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 新しい考えが出たのではないかと思います. ランダムさがあることのよさを見つけていければ言いと思います. 杉山まい 5/26/08 第17回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 画像、ランダムさについてのstoryを組み立ててみました. 実際組み立ててみると今まではっきりしなかったところが見えてきたのではないでしょうか？ 全体を見通しつつやって行きたいです. ブレインストーミングのログはこちら</a>から. 杉山まい 5/24/08 第16回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 BSはつまった感がありましたね. しってる事が少ないからアイデアがでてこない. 梅野先生がいると進んでるし、私たちだけでも多少なりは進ではいる. でも内容の濃さから言うと濃淡の差がかなりでてしまいます. ブレインストーミングのログはこちら</a>から. 杉山まい 5/22/08 第15回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 ブレインストーミングのログはこちら</a>から. 杉山まい 5/19/08 第2回テーマ絞り込み会議 場所：VBL3階会議室 今日の話し合いで 画像系・積分系・ランダム系を中心に進めていくことになりました. もちろん、ブレンダー・メタルイーターが再浮上したりすることもあります. 次回は、何ができるかをできる限りだしていきます. 会議のログはこちら</a>から. 杉山まい 5/16/08 第1回テーマ絞り込み会議 場所：VBL3階会議室 梅野先生と先輩方が来てくださって、各案についてbrainstormingをしました. 今まで見えなかって面がたくさん見えたと思います. 次回は絞り込んだ案をさらに深く、濃いものにしていきたいと思います. 会議のログはこちら</a>から. 杉山まい 5/15/08 第14回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 今回も全員から最終的に回収されたプロポーザル第2弾について2回目の話し合いを行いました. その中でブレインストーミングを行ったのは 「ランダムトグルスイッチ」「トグル積分」「ランダムまりも」（福冨案）、「花粉除去」（杉山案）、「写真大腸菌」（川崎案） の4案で、本人欠席のため久保案のブレインストーミングは行えませんでした. ブレインストーミング中でよくあがった問題点は、それぞれのテーマのイントロ部分が明確になっていないことでした. 次回はいよいよテーマの絞り込みを行います. ブレインストーミングのログはこちら</a>から. 井山佳美 5/12/08 第13回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 全員から最終的に回収されたプロポーザル第2弾について話し合いました. その中でブレインストーミングを行ったのは 「Random Generator」（小林案）、「調節できるランダムスイッチ」（福冨案）、「迷路を泳ぐ大腸菌」（冨永案）、 「大腸菌クーラー」（香取案）、「二面相大腸菌」・「花粉除去」（杉山案）、「積分計」（井山案） の７案で次回は福冨案②と、今日参加できなかった、川崎、久保案を中心にブレインストーミングを行う予定です. 今回は自己のプロポーザルの問題点や疑問点、課題を改めて認識するだけでなく、 より具体的な回路の話も出てきたので、他のメンバーのプロポーザルについても内容を共有できたと思います. 今回、回路を具体的に説明できなかったメンバーも回路を使って説明できるようになれば、 さらにメンバー内でのそのプロポーザルについての理解も深まり、より良いブレインストーミングができるのではないでしょうか. 2年生も頑張っていきましょう. ブレインストーミングのログはこちら</a>から. 井山佳美 5/10/08 第12回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 杉山案（パターン形成）、川崎案（写真のフィルム）、福冨案（"ランダム"の利用）についてブレインストーミングを行った. 詳細はブレインストーミング用ログページに記載. ログページはこちら</a>から 久保喬義 5/09/08 第11回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 記録係不在のため川崎君に依頼中. 更新遅くなります. ご了承ください. 5/08/08 第10回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 福冨、冨永、小林、香取、杉山、井山（順不同、敬称略）の提出した、プロポーザル第2弾について話し合いました. ランダム系、マスク、クーラー、積分計、それぞれの案の形がだんだん固まってきました. 次回からは 「なぜ、それが必要なのか」 「なぜ、それがおもしろいのか」 「なぜ、菌でやる必要があるのか」 という《アピールポイント》にも重点を置いて話していければと思います. また、これからの予定や各係について、3年生の福冨さんと冨永さんからお話がありました. これからの予定の概略を載せておきます. 5/9 　　第二弾企画書〆切 5/16　　絞り込み 5/17～　絞り込んだ企画のフェーズアップ 6/1 ～　実験講習＋遺伝子工学講習 7/1 ～　プレゼン作り その際に記録係も交代しました. 主に杉山と井山で記録していく予定です. よろしくお願いします. 井山佳美 5/03/08 第7回事例研究&amp第9回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 【事例研究担当者】 川崎　Berkley 2006 井山案を豊田先生を交えて話し合いました. 積分値をグラフで書いてみたりより詳しくできたんじゃないかと思います. また、井山案の逆の色素を分解する大腸菌についても話し合いました. じゃんけんをする大腸菌については、HinHixという乱雑さを含む遺伝子回路を利用したらどうか提案がされました. 豊田先生がいることで話が深くなっていったと思います. 次回もそうなればいいと思います. 杉山まい 5/02/08 第6回事例研究&amp第8回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 【事例研究担当者】 福冨　MIT 2007 井山　Toront 2007 ブレインストーミングはランダム系を中心に行いました. これからの課題として 「なぜそれが新しいか？」 「ほかに類似概念はあったか？」 「前提としている「あればいいな」な技術とは？」 について言及できるようになる必要があるそうです. また回路だけでなく、機構について具体性をもったものを考えられるようにしていきたいです. ［NEWS］ iGEM ChibaのHP</a>にメンバー紹介のページができました. いつもありがとうございます. 井山佳美 5/01/08 第5回事例研究&amp第7回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 【事例研究担当者】 冨永　Peking 2007 小林　Rice 2007 また、先生方からプロジェクト案についてのコメントをいただきました. さらに自身ののアイデアを高めるために、これからはメンバー同士でアイデアをまとめていきます. 2年生にとって事例研究の内容理解が少し厳しいので勉強会を開くことになりました. もう一度、以前に配布されたプリントや現代化学のテキストを用いて転写や翻訳について勉強し直す予定です. 井山佳美 4/28/08 第4回事例研究&amp;第6回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 【事例研究担当者】 久保　Penn state 2006 杉山　Mississippi 2006 ブレインストーミングは新たに各自でまとめたプロポーザルをもとに行いました. また27日に、2年生は『2007年のiGEMで製作された生物ロボットの概要を全部記入する』という課題をいただきました. 提出期限日の30日までにiGEM2007のwikiを要約できるよう頑張っています. 井山佳美 4/26/08 第5回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 前に出ていたプロポーザルについて、案を出し合いました. 今出ている案を2つ組み合わせたりできるのではないかや、過去のプロジェクトと合わせることで、 も っと発展できるのではないかと行ったことを話しました. ブレインストーミング用のログページを作りました. こちら</a>から 福冨浩樹 4/25/08 第5回勉強会&amp;第3回事例研究 場所：VBL3階会議室 今回は前半に梅野先生のお話があり、どのようなプロポーザルを目指していくのかということと、 どのようにしてプロポーザルを実際に作成までつなげていくかという話をしていただきました. 今現在あるパーツを使って、組み合わせることで遺伝子回路ができていきます. インプットやアウトプットよりもそれらをどうつなぐかということが重要です. シンプルであっても面白いアイディアができるのが一番なんですが. 後半は事例研究でした. 目次にある4人が話しました. やはりいきなり読んできてというのは、なかなか難しいのかもしれません. よくわかってないまま話すという感じになってしまいした. やり方に問題がありそうなので、何か工夫をしていこうと思います. 福冨浩樹 4/22/08 第2回事例研究 場所：VBL3階会議室 今回は2年生が研究室に立ち寄って、実際に大腸菌を見せてもらったようです. 実物を見るとさらにイメージがわくのではないでしょうか. （見てない人は別の機会にぜひ見せてもらいましょう） 3年生は学生実験などの事情で参加できませんでした. 今回は勉強会を兼ねてと考えていましたが、資料を配るだけになりました. 読んできて、分からないところを質問する方式ということで. 事例研究については、予定に書いてある3人と川崎君がimperial 2007をレビューしました. biobrickという話がまだ出ていないので、なかなか進めにくい状況かもしれません. どんなことを、どのような方法で取り組んで、どのような結果になったのか、といったことを知ることを中心に話をしました. 事例研究をするということを中心にしたため、終わってから雑談が多かったのが残念です. 自然に企画案についてブレインストーミングできるようになれば進むのではないでしょうか. 2006,2007に出たすべてのプロジェクトについて一行程度でどのようなことをやったかということをまとめていくつもりです. 福冨浩樹 4/21/08 第4回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 今回はブレインストーミング第4回ということで手法を変えてみました. 全員で話し合うのではなく、小さなグループに分けて議論の活性化を図りました. これは2006年に実施していた方法で、うまくいっていたという話から今年もやってみることにしました. 全体で進めてもある程度成果が出ていたのですが、少人数にしたことでさらに活性化されたようです. ブレインストーミングのログについては後ほどアップします. 事例研究も担当を決め次回から少しずつやっていこうと考えています. 事例研究とは別に以前のiGEMでのプロジェクトをタイトルだけスキャンするということをします. （少ない人数でさらっとという感じで） 近いうちに梅野先生に時期を見て遺伝子工学についてのお話をしていただきます. 22日にteam resistrationが完了する予定です. チームメンバーになるためには前回登録した内容に追加する必要があるのでアナウンスします. 福冨浩樹 4/19/08 第3回ブレインストーミング 場所：工学部1号棟3階ゼミ室 今回はチームレジストレーションが4/18に始まったので、レジストレーションをしました. 全員居る時にできたので何度もやる手間を取らずに済みました. ただ、チームのレジストレーションが終わっていないので 完了にはあと少しかかりそうです. それと同時にブレインストーミングをしていきました. 前回、川崎君がいなかったために川崎君に案を挙げてもらい、それを中心に話を進めていきました. もっとホワイトボードを利用したり絵を使って話を進めていくほうがいいと感じました. ディスカッション自体は活発になりつつあるので、次回から少し方法を変えてやってみようかと思います. 福冨浩樹 4/18/08 第1回事例研究&amp;第2回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 過去の事例をいくつか紹介し、どのように進めるかといったことをしました. わかりやすい内容の2006年MITと2007年Melbourneを選んでみました. 他にも興味をもったものについて少し話しました. 後半は前日のブレインストーミング(プロジェクト案集め)で集まった案を どのようにしたら面白くなるかということで、それぞれの案についてアイディアを出していきました. どのような話をしたかについては別なページを設けてまとめようと思います. 去年やおととしに出た案に似たものもあるので、そのとき調べた内容を利用できるかもしれないのでチェックしてみてください. 近いうちに担当を決めてわかりやすいものから事例研究も同時進行でやっていきたいと思います. 福冨浩樹 4/17/08 第4回iGEM勉強会&amp;第1回ブレインストーミング 場所：VBL3階会議室 今回は初めて具体的なプロジェクト案をあげていきました. 今回で勉強会がメインというのは、ブレインストーミングや事例研究が入ってくるために最後になるかもしれません. まず前半に「転写制御:Lacオペロン」という題目で、転写制御についてLacオペロンを例にあげて知っていこうとしました. 今回は、重要な部分を抽出して、あと足りないと思ったところや、さらに知りたい部分については自分で調べるような形式をとりました. 時間を短縮することもでき、この方法をとっていくつもりです. ※転写制御をさらにしりたい人は「遺伝子発現のオンとオフ : ファージからヒトまで」がお勧めです. 大学図書館にあります. 後半はそれぞれがどのような企画を考えているかを発表していきました. 梅野先生や、研究室の先輩方に参加していただきコメントをしていただきました. 初めてのプロジェクト案の発表ということで、2年生からのコメントが少なかったようなのでどんどん話せるようになったらと思います. 今日あがったプロジェクト案を発表をしたのですが、紙に書いたりしていないので次回は絵つきでプロジェクト案を提出してもらおうと思います. プロジェクト案をあげていくというところまで来ました. もう少しプロジェクト案をあげていくということをしていこうと思います. それぞれが自分のだけをよくしていくのではなく、他の人のプロジェクト案にも一つでもよくなるようにコメントしていくということをしましょう. 一人一つずつ上げていけば合計8個改善点が上がるはずです. 自分では考えなかったことが出てくると思うので是非やっていきましょう. 次回はブレインストーミング第2回を予定しています. 福冨浩樹 4/14/08 第3回iGEM勉強会 場所：VBL3階会議室 今回この場所を使うのが初めてで、気分を一新してスタートです. 今回の題目は「セントラルドグマ」ということで、参考書を利用してDNAの転写からタンパク質の生合成までの流れを理解することを目指しました. 参考書を利用することで見通しをよくして、話を進めようとしましたが、どこまでがわかっているのかを確認しつつ進めていったために難航しました. 今回の参考書をよく読めばわかると考えたが、肝心の資料の配布が手間取りうまくいかなかったようです. 配布する方法の改善が必要かもしれないと感じました. 時間的問題もあって、省略した部分もかなりあり復習をできればしてもらいたいです. 今回もDNAの転写、リボソームによるmRNAからの翻訳を動画を見ることによって理解をイメージを湧きやすくしていきました. 実際、それぞれがまだはっきりとわかっていない点が多いかもしれないので、そこは教えあうような環境作りなどが必要かもしれません. どこを疑問に思っているかを表現できれば、先に進むチャンスだと思います. また、知っている人にとっては教科書的記述の多い部分なので少し退屈かもしれないので、さらに発展的な内容を盛り込んでいけば全体の活気もさらに上がっていくでしょう. この点についても考えていきたいです. 次回は「転写制御・Lacオペロン」を予定しています. 福冨浩樹 4/11/08　第2回iGEM勉強会 場所：工学系総合研究棟2階会議室1 今回の題目は「細胞、微生物学・細胞ロボットとは?」ということで、まずはこれから扱う微生物のことに焦点を当ててその性質、構造などを理解することを目指しました. 大腸菌の構造図や、タキシスする様子や分裂の様子を撮ったビデオを利用して話を進めていきました. ミクロな視点から見た微生物を中心し進めていきました. ※補足　細胞分裂は約40分に一度起こるらしいです. 話を進めていく中で分からない点があれば質問をしやすくしていき、 前回よりもインタラクティブに進めることができたと感じた. 後半は細胞ロボットとは？ということをで、そのイメージ作りをしやすくできればという内容にしていきました. まずは、現在自分の持っているロボットのイメージをあげてもらい、細胞ロボットと通じる点を見つけていくことから始めました. その後、過去の千葉チームでの企画を紹介し、さらに具体性を持たせることにしたました. どのような手順を踏んで細胞ロボットはデザインされていったのかを知ってもらうことが目的でした. これで、細胞ロボットとはというイメージをそれぞれが確立できたと思うので、ブレインストーミングの手前までは行くことができると思います. 次回はセントラルドグマについてを中心に進めたいです. 福冨浩樹 4/09/08　第1回iGEM勉強会 場所：工学系総合研究棟2階会議室1 今回の題目は「iGEMとはなにか？」ということで公式WEBページの内容とErika Checkの書いた記事を使って進めました. Webページの内容については本部からの1次情報を読みすすめ、どのようなものなのか、また何が必要なのかなどを理解するところから始めました. Erikaの記事ではジャーナリストの目からからみた（客観的に見た）、iGEMとはを知ることで、これから自分たちがやろうとしていることに具体性を持たせていきました. また過去のチームがどのようなことをしたのかにも少し触れていった. 多少イメージがくふらませていければと思います. （プレ事前研究といったところ） 後半は、今後の方針についての話 年間予定の確認や、役割分担、そして勉強会の進め方について. 役割分担は、まだはっきりしたことが決まらずまだ分担にまでは至りませんでした. 今後の勉強会の進め方について. 講義形式（前にだれかが立って話をする）にするのか、または、ディスカッション形式（事前に読んできて分からなかった点について解消していく）にするのかを選択するようにしました. 今回は講義形式で進めたので、次回はディスカッション形式にしてみて、どちらがいいかの選択をしてもらいます. 今回が第1回目であり多少手探り状態であったために、不安感を与えたかもしれないです. 福冨浩樹