Team:Chiba/Study



4/07/08 kick-off宣言

 * 1) kick-off宣言
 * 2) 年間予定
 * 3) 勉強会予定
 * 4) プレゼンテーションビデオ鑑賞("http://2007.igem.org/jam07media/Jam07_UCBerkeley.mp4"UC berkery 2007)
 * 5) 勉強会予定

4/09/08　第1回iGEM勉強会

 * 「iGEMとはなにか？」
 * プレ事前研究 ~いままでのiGEM~

4/11/08　第2回iGEM勉強会

 * 「細胞、微生物学・細胞ロボットとは?」

4/14/08 第3回iGEM勉強会

 * 「セントラルドグマとは？」

4/17/08 第4回iGEM勉強会

 * 「転写制御:Lacオペロンとは？」

4/18/08 第1回事例研究

 * 事例研究担当
 * 福冨浩樹・冨永将大 MIT 2006 & Melbourne 2007

4/22/08 第2回事例研究

 * 2年生、実際に大腸菌を見せてもらう.
 * 事例研究担当
 * 井山佳美 Edinburgh 2006
 * 杉山まい Mississippi state 2006
 * 香取崇広 toronto 2006
 * 川崎浩平 imperial 2007

4/25/08 第5回勉強会&第3回事例研究

 * 「biobrickと遺伝子回路」
 * 事例研究担当
 * 小林あおい Rice 2007
 * 冨永将大 Peking 2007
 * 福冨浩樹 MIT 2007

4/28/08 第4回事例研究

 * 事例研究担当
 * 久保　Penn state 2006
 * 杉山まい　Mississippi 2006

5/01/08 第5回事例研究

 * 事例研究担当
 * 冨永将大　Peking 2007
 * 小林あおい　Rice 2007

5/02/08 第6回事例研究

 * 事例研究担当
 * 福冨浩樹　MIT 2007
 * 井山佳美　Toront 2007

5/03/08 第7回事例研究

 * 事例研究担当
 * 川崎浩平　Berkley 2006

5/30/08 Wiki講習会

 * wikipedia-Wikiの編集の仕方
 * 英語版Chibaメインページ

6/7/08 第1回ポスター発表

 * Project 1 仇討ち大腸菌　　 冨永将大/小林あおい
 * Project 2 Memory Protector　　 福冨浩樹/杉山まい
 * Project 3 Electro Bio Graphics　　久保喬義
 * Project 4 Etch o sketi　　川崎浩平
 * Project 5 The Integral E.coil　　 井山佳美
 * Project 6 Invisible Picture　　香取崇広

6/26/08 第6回勉強会

 * 「蛍光タンパク」

6/28/08 メール勉強会

 * 「色素について」
 * 色素となる蛋白にはどのようなものがあるのか（大腸菌の出すことができる色素はどのようなものがあるか. ）
 * 大腸菌の色素合成システム

勉強会責任者

 * 第1回　責任者：川崎浩平　　使用テキスト「30 DNAの転写」
 * 第2回　責任者：香取崇広　　使用テキスト「31 転写調節」←アテニュエーターの部分は削除
 * 第3回　責任者：杉山まい　　使用テキスト「33 タンパク質の生合成」
 * 第4回　責任者：井山佳美　　使用テキスト「現代化学 P.57 Fig.2 P.58 Fig.3」
 * 第5回　責任者：久保喬義　　使用テキスト「現代化学 P.58 Fig.4 P59 Fig.5」

日程
場所：1号棟3階ゼミ室
 * 第1回　5/1(木)
 * 第2回 5/2(金)
 * （できれば5/5(祝)もやります）
 * 第3回 5/8(木)
 * 第4回 5/9(金)
 * 第5回 5/12(月)

進度について

 * 毎回の勉強会で理解できない人が出た場合、次の勉強会でもまた同じ内容について学びます. 全員が理解した状態で初めて次に進めます. また梅野先生の研究室のそばで学ぶので、不明な点が出た場合はすぐに聞きにいきましょう. その場合はわからないところを紙に書き出して、いっぺんに聞きに行くこと.

テキストについて

 * 当初予定にあった「RNAプロセシング」や「エネルギー代謝（この系列のプリントはいらないらしい）」については学ぶ必要がなく、上記にあげた資料のみ理解できれば十分だそうです. できるだけ少ないテキストで勉強し、短時間で戦えるようになりたいので、これ以上資料は増やしません. 何か足りない場合は梅野先生が随時資料を提供してくれるそうです.

責任者について

 * 各回の進行役は責任者が行います.

責任者は予習をする際、他のテキストを使用してもかまいませんが、必ずその項目と同じような表記の部分だけを読み物程度に参考にするようにしてください.
 * 例）「DNAの転写」なら他のテキストでも「DNAの転写」の部分だけを参考にする.


 * また責任者が間違っているのに気づかず進んでしまうことを防ぐためにもサブリーダーを各回１～２人おくことにします. サブリーダーも責任者と同様、同じ項目について皆に説明出来るよう予習をしてきます. ただし予習の段階で責任者とは一緒に勉強をしないでください.
 * とりあえず、第1回目のサブリーダーは香取君. 　2回目は久保君が引き受けてくれました. （と思っています）

また３年生の小林さんがサブリーダーとして、可能な範囲内で参加してくださるそうです.

Sender signal
3OC6HSL Sender device
 * BBa_F1610(available,works)

LuxIを発現→3OC6HSLをつくります. BBa_F1610のregistry

他に-butyryl-HSL,3OC14HSLを出すパーツもありますが、実際に働くかはわかりません.

また、構造が似ているため混信してしまう可能性あり. AHL構造

Siganl receiver
Input:3OC6HSL Output:Pops
 * BBa_F2620(available,works)

（利用法：ＧＦＰ合成BBa_T9002)

RBS

 * RBSの翻訳速度？に違いがあるパーツがある模様…？


 * BBa_B0034 基準
 * BBa_B0030 (strong) efficiency 0.6
 * BBa_B0032 (medium) efficiency 0.3
 * BBa_B0031 (weak) efficiency 0.07
 * BBa_B0033 (weaker) efficiency 0.01

Promoter

 * LacI regulated(induced by IPTG)
 * BBa_R0011(pl hybrid)
 * BBa_R0010

GFPのfolding時間について
'superfast' GFPという変異体のfolding時間は、1000秒ちょっと(in vitro)だ、というデータが載ってました. また、folding時間が短いのに加えて、unfoldしにくく、GFPとしての機能をほとんど損なわないものでもあるそうです. (Fisher AC, DeLisa MP (2008) Laboratory Evolution of Fast-Folding Green Fluorescent Protein Using Secretory Pathway Quality Control. PLoS ONE 3(6): e2351. doi:10.1371/journal.pone.0002351)

ルシフェリンをエネルギー源としてGFPを光らせる
「生物発光共鳴エネルギー移動（BRET、 Bioluminescence Resonance Energy Transfer）」という現象の利用(自ら光る蛍光タンパク質による高精度細胞イメージング技術の開発より) ルシフェラーゼ濃度とルシフェリンの発光強度の関係には、両対数で直線になるものもある（promega:Renilla luciferase assay systemより）. ルシフェラーゼをGFPに結合させるので、foldingに時間がかかりすぎてしまう.

大腸菌による青色色素の合成(PATENT)
ＤＣＳ生産性放線菌(S. lavendulae)に特異的に存在する遺伝子：bpsA (blue-pigment synthetase A)を、大腸菌に導入することによって（４'－ホスホパンテテイニル基転移酵素遺伝子を挿入した発現ベクター（例えば、pSTV/svp）を同時に導入し、共発現させる必要あり）、青色色素（indigoidine）を合成させることができる. 生成速度、分解速度は調査中.

2007東工大作成のハイブリットプロモーター
（ひとつはlac repressorで制御され、もう一方はAHLで活性化されます. ） BBa_I751101

アラビノースプロモーター
（・AHL、luxRの種類の選択により、pluxの発現強度とAHL濃度にリニアな関係が得られる. ）

④読み出し可能な出力って？ ：川崎浩平、井山佳美
出力の種類として大まかに７つの項目でわけてみました.

１，蛍光タンパク質

 * パーツとしてすでに多く存在. 閾値を見るのになら向いてるかも・・・
 * 色素と比べ必要な遺伝子が少ない. 複雑になる回路に向いてそうです.

２，色素
カロテノイドなど色素を発生させるには一つの遺伝子ではできない.

以下に生体由来の色素を列挙する.
 * カロチノイド(カロチン・キサントフィル・クリプトキサンチン)、フラボノイド(フラボン類・フラバノン・アントクロール・アントシアン・カテキン)、キノン類の色素 (メラニン) 、ポルフィリン系色素 (クロロフィル・チトクロム ・フェオホルビド・フェオポルフィリン・ヘムエリトリン・ヘモグロビン・ヘモバナジン・ヘモシアニン・ポルフィリン・ポルフィン・ミオグロビン )、フィコビリン系色素 (フィコシアニン・フィコビリン・フィコエリスリン・フィトクロム )、アリザリン、アントシアン、アントラキノン、インジゴ、ウロビリン、エリトロクルオリン、カルタミン、キサントマチン、クルクミン、クロセチン、クロリン、クロロクルオリン、クロロフィリド、ゲニステイン 、コチニール、ゴッシポール、コンメリニン、シコニン、ステルコピリン、ゼアキサンチン、タンニン、ツラシン、バクテリオクロロフィル、ビキシン、ビリベルジン、ビリルビン、ヒペリシン、ピンナグロビン、フコサンチン、ブラジリン、プルプリン、ベタシアニン、ベルベリン、ホルビリン、マンゴスチン、モリンジン、ラミナラン、レグヘモグロビン、リコピン、リトマス、ルテイン、ロドプシン、ロドキサンチン、ロドマチン

３，走化性

 * 誘引物質の刺激がないときは、CheAが活性化されていて、細胞内にある応答調節因子である CheYのアスパラギン酸残基をリン酸化し、
 * リン酸化したCheYがべん毛モーターの右回転（方向転換）を起こす. つまり、細胞は方向転換してその場を離れようとする.
 * 逆に誘引物質が受容体に結合すると、CheAは不活性のままで、リン酸化型CheYの濃度が下がり、べん毛モーターは左回転（直進）する.
 * 一定時間直進し、方向転換してはまた直進を繰り返す大腸菌だが、誘引物質の濃度が高い方へ進んでいるときは直進する頻度が増加する.
 * また一定の刺激が続くと受容体が応答しにくくなるという性質により、刺激物質濃度の時間変化を検出できる.

４，増殖系

 * 増えます.

５，匂い系

 * 大腸菌の代謝経路中で合成されるのはテルペン類（植物中に多く含まれ、総数は２２０００以上）、
 * （非メバロン酸経路）で作られるらしいです.
 * 過去のigemではエディンバラ０７がにおいを使ってました.

６，シグナル系

 * ホモセリンラクトン
 * ・・・約pH７で半減期は1000分. 培地が塩基性になるとAHLのラクトン環が加水分解される.

７，人工物質系

 * 人工物質を大腸菌に作らせることができるらしい.
 * この機能が使えるなら、『消えない分子』の問題が解消するはず. 詳細は調査中.


 * リプレッサー候補として、今のところ以下のようなものが挙げられています.
 * DmpR : (methyl)phenol
 * PcaR : p-hydroxy benzoate
 * CatR : cis,cis-macomater
 * PrmR : n-alkane
 * XylR : nitrotoluene, Toluene
 * AreR : Benzyl alkanoate
 * BenR : Bezoate
 * SalR : Salicylate Esters

8/3/08難代謝性分子
リプレッサーとして今上がっているのが以下のとおり.

これら以外にもどのような難代謝性分子やレギュレーター、そして分子の生産方法についても調べていきます.


 * DmpR : (methyl)phenol
 * PcaR : p-hydroxy benzoate
 * CatR : cis,cis-macomater
 * PrmR : n-alkane
 * XylR : nitrotoluene
 * Toluene


 * AreR : Benzyl alkanoate
 * BenR : Bezoate
 * SalR : Salicylate Esters


 * 調べたこと
 * phnolの溶解度8.3 g/100 ml(20℃)[1]
 * tyrosineからphenolを合成する反応[R00728]
 * tyrosineからphenolを合成する酵素：TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)EC 4.1.99.2
 * TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)の原典
 * Kumagai, H.,and H. Hideki.Tyrosine Phenol Lyase Purification Crystallization,and Properties :Biol.Chem.,245,No.7,1767-1772,1970
 * TPL(Escherichia intermedia A-21由来)の特性について.以下の項目について説明があります.
 * stability
 * stoichiometry
 * sedimentation coefficient(20℃,water)= 7.77
 * diffusion coefficient(20℃,water)=4.42×10-7cm2/sec
 * Michaelis constant = 2.31×10-4 M　(基質はL-tyrosine)
 * inhibitor(L-alanine) Ki=6.53×10-3 M
 * inhibitor(phenol)    Ki=3.56×10-5 M
 * ･･･他


 * Kumagai, H.,and H. Hideki.Tyrosine Phenol Lyase Coefector Requirements:Biol.Chem.,245,No.7,1773-1777,1970
 * TPLはピリドキサルリン酸(PLPA)がないと不活性である. また、最大活性を示すには、K+およびNH4+が必要. Na+により不活性化. など、TPLの機構についての説明があります.
 * Nick J. P. Wierckx,* Hendrik Ballerstedt, Jan A. M. de Bont, and Jan Wery.Engineering of Solvent-Tolerant Pseudomonas putide S12 for Bioproduction of Phenol from Glucose:Appl. Environ. Microbiol.,71,No.12,8221-8227,2005
 * グルコースからチロシン経由でpseudomonas putide S１２で２５時間後にフェノールを１．５ｍＭ生成. オクタノールの媒質二相で100時間後にフェノールを５８ｍＭ生成
 * tyrosine biosynthesis pathway Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis - Pseudomonas putida KT2440
 * ＊論文とは違う株です.
 * Milic Dalibor; Matkovic-Calogovic Dubravka; Demidkina Tatyana V; Kulikova Vitalia V; Sinitzina Nina I; Antson Alfred A.Structures of apo- and holo-tyrosine phenol-lyase reveal a　catalytically critical closed conformation and suggest a mechanism for activation by K+ ions.Biochemistry,45,7544-7552,2006
 * TPLの触媒作用に重要なコンホメーションについて、およびフェノール生成反応のメカニズムについての記述があります. 、
 * Gibson, J.M.,P. S. Thomas, J. D.Thomas, J. L. Baker, S. S. Chandran, M. K. Harrup, K. M. Draths, and J. W. Frost.Benzene-Free Synthesis of Phenol.Angew.Chem.Int.Engle.40,1945-1948
 * フェノールをシキミ酸から合成.

ルーキー向け参考サイト
大腸菌などについてわかりやすい説明が載ってるサイトです.

大腸菌は汚くない！

 * 大腸菌とプラスミドについて
 * 大腸菌を利用した形質転換
 * クオラムセンシングについて
 * バクテリア培養について(English)
 * バクテリア培養について２(English)
 * 具体的な実験について

遺伝子で何ができるの？

 * リボスイッチについて
 * スーパーコイルについて(English)
 * Synthetic Biology:BioBricks/Part fabricationについて(English)

どうウィキればいいの？

 * wikipedia-Wikiの編集の仕方
 * 井山よりWiki編集追補
 * RGB値・カラーネーム対応表
 * 使えるタグもあるので余裕があればぜひ
 * すごい（細かい）実験ノート例１
 * すごい（やりすぎ）実験ノート例２

ちょっと慣れてきた人向け実用的サイト
アイジェマならいずれ、使う日が来るはず･･･. "おきにいり"に追加しておこう！
 * Biocatalysis/Biodegradation Database
 * RCSB Protein Data Bank
 * UM-BBD : List of All UM-BBD Enzymes
 * KEGG
 * プライマーTm値計算
 * Multalin interface page