Team:Chiba/Reference/j

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UV response

 * 1) Julianne Forman et al.:Photobiological and thermal effects of photoactivating UVA light doses on cell cultures.Photochem. Photobiol. Sci., 2007, 6, 649–658,649ヒーラ細胞（ヒト由来細胞株）にUVAを照射(23.85 J cm−2まで)して、レスポンス(アポトーシス,ネクロトーシス)を見ている. また、7.6 J cm−2(for the GreenSpot photocuring system)と、2.52 J cm−2(for the BlakRay lamp)の二種類光を照射
 * 2) Jaime L. Matta et al.:Environmental UV-A and UV-B Threshold Doses for Apoptosis and Necrosis in Human Fibroblasts.Photochemistry and Photobiology,2005,81,563–568

general

 * 1) Michiko E. Taga. Bonnie　L.Bassler.:Chemical communication among bacteria.PNAS.November 25, 2003,100.suppl.2クオラムセンシングについての総説. アシル基の異なるAHL、およびそのシンターゼの紹介、AIPを用いたコミュニケーション、AiiA（AHL分解酵素）についてのまとめがある.
 * 2) Melissa B. Miller and Bonnie L. Bassler.:QUORUM SENSING IN BACTERIA.annurev.micro.55.1.165.2001クオラムセンシングについての総説、各論. シュードモナスのクオラムセンシングについての記述あり-->LasとRhlが機能する仕組みについて図つきで解説あり.

specifics

 * 1) Zhang et al.:Structure of a bacterial quorumsensing transcription factor complexed with pheromone and DNA.NATURE 417,2002,971-974LuxR-familyタンパク質のTraR(Agrobacterium tumefaciens)の構造について、詳細な記述がある.
 * 2) Margret I. Moré et al.:Enzymatic Synthesis of a Quorum-Sensing Autoinducer Through Use of Defined Substrates.PNAS.1996.272.1655-1658.TraIのkineticsについての記述あり.
 * 3) A. L. SCHAEFER et al.:Generation of cell-to-cell signals in quorum sensing:Acyl homoserine lactone synthase activity of a purified Vibrio fischeri LuxI protein.PNAS.93, pp. 9507, September 1996,BiochemistryLuxIのkineticsについて、など. LuxIは20~30℃で最大に近い活性を示し、18℃では最大活性の57%、37℃では最大活性の10%となってしまうらしい. 用いたluxIは、Vibrio Fischeri由来、定性のためにMBPとの融合タンパク質として発現させている.
 * 4) M. R. PARSEK et al.: Acyl homoserine-lactone quorum-sensing signal generation.PNAS.96.pp.4363.1999.BiochemistryRhlIのkineticsなど、について. 50℃において、37℃の場合の2倍の活性を示し、活性を示す最大温度は60℃付近までであるらしい. 
 * 5) ANDERSEN et al.:gfp-Based N-Acyl Homoserine-Lactone Sensor Systems for Detection of Bacterial Communication.Vol. 67, No. 2.575–585.2001.APPL. ENVIRON. MICROBIOL.
 * 6) L Ravn. et al.:Methods for detecting acylated homoserine lactones produced by Gram-negative bacteria and their application in studies of AHL-production kinetics.Journal of Microbiological Methods.44(2001).239-251 各種AHLの精製について.
 * 7) C. H. Collins.et al.:Directed evolution of Vibrio fischeri LuxR for increased sensitivity to a broad spectrum of acyl-homoserine lactones.Mol.Microbiol.2005.55(3).712–723
 * 8) M K Winson et al.:Multiple N-acyl-L-homoserine lactone signal molecules regulate production of virulence determinants and secondary metabolites in Pseudomonas aeruginosa.PNAS,(1995),92No.20,9427-9431 AI assays:VmsIRを発現している大腸菌の培養液を遠心し、上澄みにAHLが存在するか確認する-->上澄み液をCV026(Chromobacterium violaceum mutant:C4-C8のAHL存在下で、ビオラセン（紫色の色素）を合成する)が存在するagarプレートにまいて、ビオラセンが合成されている（コロニーが紫色を呈す）か否かを調べる. また、E.Coliで発現したVsmIによるAHLを生成する方法についての記述がある. シュードモナスPAO1培養液の上澄み溶液から最初に同定されたAHLはOHHLであり、LasIによりOdDHLが生合成されていることがわかった. しかし、PAO1とLasI遺伝子を形質転換したE.Coliの上澄み溶液からとれた化合物は、HPLCで同じ保持時間で共溶出される-->シュードモナスがRhlIによってHHLを合成していることが証明された
 * 9) Chhabra, S. R. et al.:AUTOREGULATION OF CARBAPENEM BIOSYNTHESIS IN Erwinia carotovora BY ANALOGUES OF N-(3-OXOHEXANOYL)-L-HOMOSERINE LACTONE,(1993) J. Antibiot. 46, 441-454.各種AHLsの生合成法についての記述がある.
 * 10) J P Pearson.et al.:Structure of the autoinducer required for expression of Pseudomonas aeruginosa virulence genes.PNAS,4,1994,91,No. 1 ,197-201

Cross-Talk

 * 1) L. Steindler.V.Venturi.:Detection of quorum sensing N-acyl homoserine lactone signal molecules by bacterial biosensors.FEMS Microbiol Lett 266 (2007) 1-9L. クオラムセンシングを利用したAHL バイオセンサーについてのミニレビュー. クオラムセンシングのクロストークについて、Table 1.に情報あり.
 * 2) M.K Winson et al.:Construction and analysis of luxCDABE-based plasmid sensors　for investigating N-acyl homoserine lactone-mediated quorum sensing.FEMS Microbiology Letters 163 (1998) 185-192Figure 2.hは、LuxR、RhlR、LasRそれぞれの、C4-C14のN-acyl-L-homoserine lactone,C4-C14のN-(3-oxoacyl)-L-homoserine lactoneに対する感受性を比較したグラフ
 * 3) K.M.GRAY et al.Interchangeability and Specificity of Components from the Quorum-Sensing Regulatory Systems of Vibrio fischeri and Pseudomonas aeruginosa.J.BACTERIOL.176,1994,3076-3080LasとLuxのクロストークについて調べた論文. Table 1とTable 2で、promotor、レセプタータンパク質、インデューサーそれぞれを交換して、レポーターの発現の様子を調べている.
 * 4) FK Balagadde et al.:A synthetic Escherichia coli predator–prey ecosystem.Molecular Systems Biology 4:187,2008 LuxとLasによるクオラムセンシングを利用した、プレデター・プレイモデル. LuxとLasのクロストークについて言及あり.
 * 5) K. Brenner et al.:Engineered bidirectional communication mediates a consensus in a microbial biofilm consortium.PNAS.2007.104.no.44.17300–17304LasI/R,RhlI/Rを用いたMicrobial Consensus Consortium (MCC) responseについて. supporting information (SI) Fig. 6に、LasとRhlのクロストークを調べたグラフ.
 * 6) C. H. Collins. et al.:Dual selection enhances the signaling specificity of a variant of the quorum-sensing transcriptional activator LuxR.Nature Biotechnology 24, 708 - 712 (2006) Fig.2、wild-type LuxR,LuxR-G2E,LuxR-G2E-R67MのAHLs感受性を評価したグラフ. 3OC6HSL, C10HSL, C6HSL, C8HSL, C12HSL,3OC12HSL存在下(0nM-10μM)で、gfpuvの蛍光強度を測定している.
 * 7) B. Koch. et al.:The LuxR receptor: the sites of interaction with quorum-sensing signals and inhibitors.Microbiology 151 (2005),3589-3602 LuxR変異体の作成. OHHLに対する応答閾値濃度が、75nMまで上昇するものが一つ（ワイルドタイプは閾値濃度≒5nM）.

Positive Feedback Loops(PFLs))

 * 1) D. J. Sayut et al.:Construction and Engineering of Positive Feedback Loops.ACS Chemical Biology.1.No.11.(2006)
 * 2) D. J. Sayut et al.:Noise and kinetics of LuxR positive feedback loops.Biochem. Biophys. Res. Commun.363(3),2007,667-673

promoter

 * 1) Cox RS III, Surette MG,Elowitz MB.:Programming gene expression with combinatorial promoters Mol Syst Biol. 2007 Nov 13;3:145.

Output

 * 1) Andersen.et al.:New Unstable Variants of Green Fluorescent Protein for Studies of Transient Gene Expression in Bacteria.1998,2240-2246,64,No.6安定性の異なるGFPについて. 半減期:gfp(AAV)-->60分,gfp(ASV)-->約110分<Br>
 * 2) T Nagai. et al.:A variant of yellow fluorescent protein with fast and efficient maturation for cell-biological applications.Nature Biotechnology,20,87 - 90,(2002) venus-YFPについて