Team:Chiba/Graveyard

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)

Latest revision as of 11:43, 14 December 2008

過去に議論されたプロジェクトやアイディア達です。

［企画について］

最終企画案を決定する際の記録

［Ｐｒｏｊｅｃｔｓ］

Project 1 仇討ち大腸菌　　　　　　　　冨永・小林案

Project 2 Memory Protector　　　　福冨・杉山案

Project 3 Electro Bio Graphics　　　久保案

Project 4 Etch o sketi　　　　　　　　　川崎案

Project 5 Integral E.coli　　　　　　　　　井山案

入力が消えずに蓄積されていく蓄積システム。

Project 6 Invisible Picture　　　　　　香取案

［Ｉｄｅａ］メンバーのアイディア紹介

福冨浩樹(Hiroki Fukutomi)

圧力センサー

力学的な力をセンシングする機構を作りたい。アウトプットはどのようにするかも含め検討。

↓

蒸気圧センサー

蒸気圧で溶質の濃度変化を測定する。

夜光虫

"ランダム"の利用

乱雑さを作り出す機構を利用して大腸菌の行動に幅を持たせる（入力の変化に応じた出力の変化

↓

ランダムスイッチ

今までのスイッチはトグルスイッチのように「2つの状態のうちどちらかをとる」という遺伝子回路が多く存在している。

トグルスイッチ（GFP,RFP発光）にHin,Hixシステムを利用して、ランダム（５０：５０）だったものを７０：３０のように発現の割合を変化させていく。

実験方法としては、IPTG,aTcが入っている、または入っていないシャーレの中に大腸菌を入れ、発現の割合を変えて色を観察する。

↓

マーブル

３種類のバクテリアと２種類のシグナル用分子を用いたマーブル模様の作成

↓

クイズ

クイズ形式にして、答えの画像を載せる。また、答えの画像にモザイクをかけるためランダムをつかって色をばらばらにする。

答えの画像のみを出すときは、ランダム大腸菌に何かinputをして色を消す

→Project 2 Memory Protector

冨永将大(Masahiro Tominaga)

民族移動バクテリア

新天地を求めて移動を続ける大腸菌。異なる性質（蛍光）をもつ３種の大腸菌が固体培地の上を移動する。

↓

大腸菌に迷路をとかせる。

→大量(?)の大腸菌を迷路に誘導し、全ての道に進ませる。違った道は後で水を送って圧力をかける。

そうすると、大腸菌は光りだす。よって正しい道のみが光らない。（ほんとは逆にしたい）

↓

迷路を泳ぐ大腸菌

マイクロ流路で作成された迷路を、大腸菌が泳ぐ。

トグルスイッチを用いて、A,B二種類の物質へと、交互にtaxisする。

Aに向かって泳いでいるときに、Bに出合うと、Bに向かって泳ぎだす。

大腸菌は、分岐点で道の状況（どちらに次の物質があるか）を判断し、進む方向を選択する。

hin/hixの系と組み合わせ：最初にどちらの方向に泳ぐのかという情報を与える。

↓

迷路におけるランダムさ

道を考えて選ぶ

→Project 1 仇討ち大腸菌

小林あおい(Aoi Kobayashi)

味覚センサー

①糖度計・・糖の濃度を測る。

②様々な味でそれぞれ違った反応をする。

カビキラー大腸菌

辛子はカビを抑制。納豆菌でカビを抑制できないか。

タイマー

10回分裂したら死ぬバクテリア

バクテリアの一生の時間、細胞分裂の速さをコントロール

分裂回数カウンター

・細胞分裂するたびに異なった色の大腸菌ができる

→レインボー色

→細胞分裂の時間

→寿命

じゃんけん(ランダム)

・さむらい・・・thinking（計算等）を失敗→切腹

・ゆらいでスイッチが入る

↓

「Random Generator」

光や化学物質等の１つの刺激で、２つのプロモーターを動かしてそれぞれお互いのプロモーターを制御するタンパク質を出現させる。

刺激が加わってから、２つのうちのどちらが早く相手のスイッチをoffにするのかという確率を１：１に設定し、どちらが制御させるかがランダムになっている。

確率が五分五分になっていなければならないので、分子量、転写領域測定速度、転写開始速度、翻訳開始速度、folding速度などの様々な要素を調節する必要がある。

そのため、このステップを減らすために２つのプロモーターからだされるタンパク質を同じタンパク質としたい。

ただし、自己と非自己のタンパク質を認識するようにする。　

→Project 1 仇討ち大腸菌

川崎浩平(Kohei Kawasaki)

ごみ分解バクテリア

①紙→セルロース→グルコース

②核燃料を分解

③髪の毛（猫の毛玉）

④石油等

バクテリアにゴミ分解をさせたい。

↓

セルロース分解バクテリア

セルロース→グルコース

紙に大腸菌をかけると紙がとける。

消臭バクテリア

バクテリアに消臭効果をもたせたい。

発熱や吸熱をするバクテリア

発熱や吸熱をおこなう大腸菌。

金属センサーや塩分濃度センサー

金属・塩分濃度に反応する大腸菌

医薬品バクテリア

カプセルで体内へ。

患部→治す→体内で消えるor排出される

磁力に反応するバクテリア

磁力に引っ張られるというよりは、野鳥のように方向が自然にわかるバクテリア。

→Project 4 Etch o sketi

写真のフィルム

光が当たったときに写真のフィルムとして機能するバクテリア

↓

写真大腸菌

光の三原色に発光する大腸菌を３層に敷き詰めて、写真を作りたい。

色素も考えたが、下層フィルムまで光が届かなくなる可能性があるため、蛍光タンパク質を使う。

これができれば2千万画素数のスーパーハイビジョン写真が作れる。

→Project 4 Etch o sketi

香取崇広(Takahiro Katori)

クーラーバクテリア

バクテリアでクーラーをつくりたい。出来れば暖まるのも。スイッチを光にして、光合成。その光エネルギーを使えないか？

↓

大腸菌攪拌機

膜タンパクを利用して大腸菌をバーに結合させて、様々な無機に回転させる。この回転を液体の攪拌機として利用したい。

高温に反応する菌と、低温に反応する菌を作ることで、回転する温度帯の幅を広げる。

湿気とりバクテリア　～ムシムシJapan！wetなのにdry～

高分子のように水分を取り込めないか

Wetは培地がです。。。

リモコン

リモコンで動くバクテリアができないか。

赤外線でレセプター

ラジコンのようにある波長でタンブル。またある波長で進むというかんじ。

地震感知

地震の予知をする大腸菌

モザイク×画像

最初は見えないが、何かのアクションで画像を見えるようにする

→Project 6 Invisible Picture

久保喬義(Takayoshi Kubo)

金属回収バクテリア

レアメタルなどを体内に取り込み浮上。ガスを使う。

海中に沈んだ個体を分解して取り込む。

ばんそうこうバクテリア　(久保)

バイオフィルム。皮膚のような役目をする。菌で皮膚を再生。菌は傷口の血を吸う。

杉山まい(Mai Sugiyama)

ミツバチバクテリア

女王バクテリアと働きバクテリアが存在。

働きバクテリアは女王バクテリアに養分を運び分解。犠牲になる。

女王バクテリアが分裂して増えると、１匹を残して他の女王バクテリアは自ら玉座から降り、働きバクテリアと同じになる。

ありバクテリア

バクテリアを蟻のように並ばせて光らせる。

↓

アリクジ　～アリとナメクジ～

バクテリアを蟻のように並ばせて光らせる。

バクテリアで組み体操をさせ、模様を作る

花粉除去

スギ花粉を複数の大腸菌が取り囲み、取り囲んだことを確認するため、発光する。

表情変化バクテリア

バクテリアで顔を作り、何かをきっかけにしてその表情が変化する。

バクテリア同士が連携しあうような複雑なプログラム。

2次元でそれぞれの場所がわかる。

↓

二面相大腸菌

青の光を感知する大腸菌（①）、赤の光を感知する大腸菌（②）を顔の形に配置し、光を当て二種類の顔を作り出す。

↓

二面相大腸菌異なる光を当てて顔を浮かばせるのではなく、霧吹きなどで化学物質を吹きかけて顔を浮かび上がらせる。異なる顔にすることでアニメーション性が生まれる。

→Project 2 Memory Protector

井山佳美 (Yoshimi Iyama)

光タイマーバクテリア

①アナログメモリ・・・入力（光の積分値）でバクテリアの色が変化する。

②特定の波長（ある色の分光など）に反応する・・・特定の波長に引き寄せられ、目的地に達すると停止し発色。バクテリアの移動時間で光量を計測する。

↓

積分値

光を感知する大腸菌と感知した大腸菌がoutputとしてシグナル分子を出す。

シグナル分子をinputとする別の大腸菌が色素を出してどれだけの光を感知したかを調べる。

積分値＝単位時間当たりで計測（値をためたまま、次回には影響が出ないように）

感知菌、積分値菌の調節必要

→Project 5 →Team Project

@@ Line 1: / Line 1: @@
+<html><link rel="stylesheet" href="https://2008.igem.org/wiki/index.php?title=User:Maiko/chiba.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
+{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
+!align="center"|[[Team:Chiba/j|ホーム]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Team/j|メンバー紹介]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Project/j|プロジェクト紹介]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Parts/j|作成したDNAパーツ]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Internal|ノート]]
+|}
-[[Team:Chiba |Home]] / [[Team:Chiba/Internal |Internal]] / [[Team:Chiba/News|おしらせ]] / [[Team:Chiba/Study|勉強会ログ]] / [[Team:Chiba/BS |BS]] / [[Team:Chiba/Graveyard|Graveyard]]
+'''過去に議論されたプロジェクトやアイディア達です。'''
+=='''［企画について］'''==
+最終企画案を決定する際の記録
+*[[Team:Chiba/kks |最終企画案検討前期]]
+*[[Team:Chiba/kk |最終企画案検討後期]]
+=='''［Ｐｒｏｊｅｃｔｓ］'''==
+=== Project 1 仇討ち大腸菌　　　　　　　　 冨永・小林案 ===
+=== Project 2 Memory Protector　　　　 福冨・杉山案 ===
+=== Project 3 Electro Bio Graphics　　　久保案 ===
+=== Project 4 Etch o sketi　　　　　　　　　川崎案 ===
+=== Project 5 Integral E.coli　　　　　　　　　井山案 ===
+入力が消えずに蓄積されていく蓄積システム。
+=== Project 6 Invisible Picture　　　　　 　香取案 ===
+=='''［Ｉｄｅａ］''' メンバーのアイディア紹介==
+===福冨浩樹(Hiroki Fukutomi)===
+*圧力センサー
+:力学的な力をセンシングする機構を作りたい。アウトプットはどのようにするかも含め検討。
+:::↓
+:::↓
+*蒸気圧センサー
+:蒸気圧で溶質の濃度変化を測定する。
+*夜光虫
+*"ランダム"の利用
+:乱雑さを作り出す機構を利用して大腸菌の行動に幅を持たせる（入力の変化に応じた出力の変化
+:::↓
+:::↓
+*ランダムスイッチ
+:今までのスイッチはトグルスイッチのように「2つの状態のうちどちらかをとる」という遺伝子回路が多く存在している。
+:トグルスイッチ（GFP,RFP発光）にHin,Hixシステムを利用して、ランダム（５０：５０）だったものを７０：３０のように発現の割合を変化させていく。
+:実験方法としては、IPTG,aTcが入っている、または入っていないシャーレの中に大腸菌を入れ、発現の割合を変えて色を観察する。
+:::↓
+:::↓
+*マーブル
+:３種類のバクテリアと２種類のシグナル用分子を用いたマーブル模様の作成
+:::↓
+:::↓
+*クイズ
+:クイズ形式にして、答えの画像を載せる。また、答えの画像にモザイクをかけるためランダムをつかって色をばらばらにする。
+:答えの画像のみを出すときは、ランダム大腸菌に何かinputをして色を消す
+::'''→Project 2 Memory Protector'''
 ----
-[[Team:Chiba |Home]] / [[Team:Chiba/Internal |Internal]] / [[Team:Chiba/News|おしらせ]] / [[Team:Chiba/Study|勉強会ログ]] / [[Team:Chiba/BS |BS]] / [[Team:Chiba/Graveyard|Graveyard]]
+===冨永将大(Masahiro Tominaga)===
+*民族移動バクテリア
+:新天地を求めて移動を続ける大腸菌。異なる性質（蛍光）をもつ３種の大腸菌が固体培地の上を移動する。
+:::↓
+:::↓
+*大腸菌に迷路をとかせる。
+:→大量(?)の大腸菌を迷路に誘導し、全ての道に進ませる。違った道は後で水を送って圧力をかける。
+:そうすると、大腸菌は光りだす。よって正しい道のみが光らない。（ほんとは逆にしたい）
+:::↓
+:::↓
+*迷路を泳ぐ大腸菌
+:マイクロ流路で作成された迷路を、大腸菌が泳ぐ。
+:トグルスイッチを用いて、A,B二種類の物質へと、交互にtaxisする。
+:Aに向かって泳いでいるときに、Bに出合うと、Bに向かって泳ぎだす。
+:大腸菌は、分岐点で道の状況（どちらに次の物質があるか）を判断し、進む方向を選択する。
+:hin/hixの系と組み合わせ：最初にどちらの方向に泳ぐのかという情報を与える。
+:::↓
+:::↓
+*迷路におけるランダムさ
+道を考えて選ぶ
+::'''→Project 1 仇討ち大腸菌'''
+----
+===小林あおい(Aoi Kobayashi)===
+*味覚センサー
+:①糖度計・・糖の濃度を測る。
+:②様々な味でそれぞれ違った反応をする。
+*カビキラー大腸菌
+:辛子はカビを抑制。納豆菌でカビを抑制できないか。
+*タイマー
+:10回分裂したら死ぬバクテリア
+:バクテリアの一生の時間、細胞分裂の速さをコントロール
+*分裂回数カウンター
+:・細胞分裂するたびに異なった色の大腸菌ができる
+::→レインボー色
+::→細胞分裂の時間
+::→寿命
+*じゃんけん(ランダム)
+:・さむらい・・・thinking（計算等）を失敗→切腹
+:・ゆらいでスイッチが入る
+:::↓
+:::↓
+*「Random Generator」
+:光や化学物質等の１つの刺激で、２つのプロモーターを動かしてそれぞれお互いのプロモーターを制御するタンパク質を出現させる。
+:刺激が加わってから、２つのうちのどちらが早く相手のスイッチをoffにするのかという確率を１：１に設定し、どちらが制御させるかがランダムになっている。
+:確率が五分五分になっていなければならないので、分子量、転写領域測定速度、転写開始速度、翻訳開始速度、folding速度などの様々な要素を調節する必要がある。
+:そのため、このステップを減らすために２つのプロモーターからだされるタンパク質を同じタンパク質としたい。
+:ただし、自己と非自己のタンパク質を認識するようにする。
+::'''→Project 1 仇討ち大腸菌'''
+----
+===川崎浩平(Kohei Kawasaki)===
+*ごみ分解バクテリア
+:①紙→セルロース→グルコース
+:②核燃料を分解
+:③髪の毛（猫の毛玉）
+:④石油等
+:バクテリアにゴミ分解をさせたい。
+:::↓
+:::↓
+*セルロース分解バクテリア
+:セルロース→グルコース
+:紙に大腸菌をかけると紙がとける。
+*消臭バクテリア
+:バクテリアに消臭効果をもたせたい。
+*発熱や吸熱をするバクテリア
+:発熱や吸熱をおこなう大腸菌。
+*金属センサーや塩分濃度センサー
+:金属・塩分濃度に反応する大腸菌
+*医薬品バクテリア
+:カプセルで体内へ。
+:患部→治す→体内で消えるor排出される
+*磁力に反応するバクテリア
+:磁力に引っ張られるというよりは、野鳥のように方向が自然にわかるバクテリア。
+::'''→Project 4 Etch o sketi'''
+*写真のフィルム
+:光が当たったときに写真のフィルムとして機能するバクテリア
+:::↓
+:::↓
+*写真大腸菌
+:光の三原色に発光する大腸菌を３層に敷き詰めて、写真を作りたい。
+:色素も考えたが、下層フィルムまで光が届かなくなる可能性があるため、蛍光タンパク質を使う。
+:これができれば2千万画素数のスーパーハイビジョン写真が作れる。
+::'''→Project 4 Etch o sketi'''
+----
+===香取崇広(Takahiro Katori)===
+*クーラーバクテリア
+:バクテリアでクーラーをつくりたい。出来れば暖まるのも。スイッチを光にして、光合成。その光エネルギーを使えないか？
+:::↓
+:::↓
+*大腸菌攪拌機
+:膜タンパクを利用して大腸菌をバーに結合させて、様々な無機に回転させる。この回転を液体の攪拌機として利用したい。
+:高温に反応する菌と、低温に反応する菌を作ることで、回転する温度帯の幅を広げる。
+*湿気とりバクテリア　～ムシムシJapan！wetなのにdry～
+:高分子のように水分を取り込めないか
+:Wetは'''培地が'''です。。。
+*リモコン
+:リモコンで動くバクテリアができないか。
+:赤外線でレセプター
+:ラジコンのようにある波長でタンブル。またある波長で進むというかんじ。
+*地震感知
+:地震の予知をする大腸菌
+*モザイク×画像
+:最初は見えないが、何かのアクションで画像を見えるようにする
+::'''→Project 6 Invisible Picture
+----
+===久保喬義(Takayoshi Kubo)===
+*金属回収バクテリア
+:レアメタルなどを体内に取り込み浮上。ガスを使う。
+:海中に沈んだ個体を分解して取り込む。
+*ばんそうこうバクテリア　(久保)
+:バイオフィルム。皮膚のような役目をする。菌で皮膚を再生。菌は傷口の血を吸う。
+----
+===杉山まい(Mai Sugiyama)===
+*ミツバチバクテリア
+:女王バクテリアと働きバクテリアが存在。
+:働きバクテリアは女王バクテリアに養分を運び分解。犠牲になる。
+:女王バクテリアが分裂して増えると、１匹を残して他の女王バクテリアは自ら玉座から降り、働きバクテリアと同じになる。
+*ありバクテリア
+:バクテリアを蟻のように並ばせて光らせる。
+:::↓
+:::↓
+*アリクジ　～アリとナメクジ～
+:バクテリアを蟻のように並ばせて光らせる。
+:バクテリアで組み体操をさせ、模様を作る
+*花粉除去
+:スギ花粉を複数の大腸菌が取り囲み、取り囲んだことを確認するため、発光する。
+*表情変化バクテリア
+:バクテリアで顔を作り、何かをきっかけにしてその表情が変化する。
+:バクテリア同士が連携しあうような複雑なプログラム。
+:2次元でそれぞれの場所がわかる。
+:::↓
+:::↓
+*二面相大腸菌
+:青の光を感知する大腸菌（①）、赤の光を感知する大腸菌（②）を顔の形に配置し、光を当て二種類の顔を作り出す。
+:::↓
+:::↓
+二面相大腸菌
+異なる光を当てて顔を浮かばせるのではなく、
+霧吹きなどで化学物質を吹きかけて顔を浮かび上がらせる。
+異なる顔にすることでアニメーション性が生まれる。
+::'''→Project 2 Memory Protector'''
+----
+===井山佳美 (Yoshimi Iyama)===
+*光タイマーバクテリア
+:①アナログメモリ・・・入力（光の積分値）でバクテリアの色が変化する。
+:②特定の波長（ある色の分光など）に反応する・・・特定の波長に引き寄せられ、目的地に達すると停止し発色。バクテリアの移動時間で光量を計測する。
+:::↓
+:::↓
+*積分値
+:光を感知する大腸菌と感知した大腸菌がoutputとしてシグナル分子を出す。
+:シグナル分子をinputとする別の大腸菌が色素を出してどれだけの光を感知したかを調べる。
+:積分値＝単位時間当たりで計測（値をためたまま、次回には影響が出ないように）
+:感知菌、積分値菌の調節必要
+::'''→Project 5 →Team Project'''
+{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
+!align="center"|[[Team:Chiba/j|ホーム]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Team/j|メンバー紹介]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Project/j|プロジェクト紹介]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Parts/j|作成したDNAパーツ]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Internal|ノート]]
+|}