Team:Chiba/jk/α

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)

Revision as of 05:37, 20 September 2008

入力班のぺーじ。

2008.8.20

PCR:PCR
・BBa_J22136(2007)①
・BBa_J22136(2008)②
・BBa_J22141(2007)③
・BBa_J22141(2008)④
・BBa_E0612(2008)⑤

>

Sample No	①	②	③	④	⑤
DNA tamplate	1	1	1	1	1
FW primer	5	5	5	5	5
VR primer	5	5	5	5	5
dNTPmix	10	10	10	10	10
thermo pol buffer	10	10	10	10	10
DNA pol(VENT)	1	1	1	1	1
dH2O	68	68	68	68	68
TOTAL	100	100	100	100	100

→gel check:Gel Check

>

Sample No	①	②	③	④	⑤
Sample DNA	1	1	1	1	1
loading dye	1	1	1	1	1
dH₂O	4	4	4	4	4
Total	6	6	6	6	6

→どれもバンド出ず。

trnsformation:Transformation

・BBa_R0051(2007)
・BBa_R0051(2006)
・BBa_J06650(2007)
・BBa_J06650(2006)
・BBa_J22136(2007)
・BBa_J22141(2007)

→BBa_J22141のみコロニーがほとんど生えていなかった。(１個のみ)

2008.8.21

8.20にtransformationしたもの
・BBa_R0051(2007)
・BBa_R0051(2006)
・BBa_J06650(2007)
・BBa_J06650(2006)
・BBa_J22136(2007)
・BBa_J22141(2007) を２ml培養、12h。ただしコロニーが１個だけだったBBa_J22141は2ml培養の11h後にIPTGを20μl加え、さらに1h培養した。

2008.8.22

mini prep:Mini Prep
2ml培養した
・BBa_R0051(2007)
・BBa_R0051(2006)
・BBa_J06650(2007)
・BBa_J06650(2006)
・BBa_J22136(2007)
・BBa_J22141(2007)
をミニプレした。

insert check:Digestion

BBa_J06650(2006)
BBa_J06650(2007)
BBa_J22136(2007)
BBa_J22141(2007)
BBa_R0051(2006)
BBa_R0051(2007)
BBa_R0051(2007)とBBa_R0051(2006)はsingleのみ、ほかはsingleとdoubleの両方。

混ぜ表

	double	simgle
dH₂O	14	25
10×BSA	7	10
10×NE	7	10
EcoRI	3.5	5
PstI	3.5	-

2008.8.25

BBa_J22136(insert check済み)のグリセロールストックづくり

プレートに生えたコロニーをpickして、試験管で2ml培養(LB-Amp,37℃,12h)
培養した試験管から180μl,LB-Ampを880μlとって、OD=0.495にした。

OD=0.495培養液	0.67μl
60%グリセロール	0.33μl
20%グリセロールストック(計)	1.00ml

2008.8.28

transformation:Transformation
BBa_I7106(2007) 生えてきたコロニーを10ml培養してmini prep(60mlで溶出):mini Prep
→Digestion:Digestion
混ぜ表

	double
dH₂O	2
10×BSA	1
10×NE	1
EcoRI	0.5
PstI	0.5
DNA	5
TOTAL	10

Digestion 37℃、30分
プラスミドの濃度は33.6ng/μl

PCR:PCR
RBS＋CI
混ぜ表


DNA	1
FW primer	2.5
VR primer	2.5
dNTPmix	5
thermo pol buffer	5
DNA pol(VENT)	1
dH2O	34
TOTAL	50

ゲルチェック:Gel Check

PCR産物	1
Dye	1
dH₂O	4
TOTAL	6

→濃度は33.6ng/μg

ベクターのPCR:PCR
BBa_I7106
混ぜ表


DNA	1
FW primer	5
VR primer	5
dNTPmix	10
thermo pol buffer	10
DNA pol(VENT)	1
dH2O	68
TOTAL	100

ゲルチェック:Gel Check

PCR産物	1
Dye	1
dH₂O	4
TOTAL	6

→バンド出ず。

2008.8.30

Digestion:Digestion
x-RBS-cI-s-p(780bp)
混ぜ表

	double
dH₂O	6
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
XbaI	2
DNA	33.6ng/μl×30μl(1μg)
TOTAL	60

→30μlゲル抽出
ゲル抽出:Gel Extraction
Zymo:Zymo
5μ抽出,うち1μlをゲルチェック→OK,4μlはLigation用

Digestion:Digestion
-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
混ぜ表

	double
dH₂O	4
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
SpeI	4
DNA	75ng/μl×30μl(2μg)
TOTAL	60

→30μlゲル抽出
ゲル抽出:Gel Extraction
→Zymo:Zymo
→SAP:SAP

混ぜ表


dH₂O	9
DNA	10
SAP	1
SAP Buffer	10
TOTAL	30

5μ抽出,うち1μlをゲルチェック→OK,4μlはLigation用

Ligation:Ligation
混ぜ表

		b.g
dH₂O	1.4	8
Ligase	1	1
Ligase Buffer	2	2
Vector	1.8	1
Insert	3	-
TOTAL	10	10

→Transformation(XL10G):Transformation
→CFU40(b.gは22)
コロニーPCR:ColonyPCR

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@@ Line 412: / Line 412: @@
 <BR>→Zymo:'''[[Team:Chiba/protocol/zymo|Zymo]]'''
 <BR>→SAP:'''[[Team:Chiba/protocol/SAP|SAP]]'''
 <BR>混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
@@ Line 443: / Line 444: @@
 <table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
-<td></td><td>back ground</td>
+<td></td><td>b.g</td>
 <tr>
 <td>dH<sub>2</sub>O</td>
@@ Line 469: / Line 470: @@
 </tr>
 </table>
+→Transformation(XL10G):'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
+<BR>→CFU40(b.gは22)
+<BR>コロニーPCR:'''[[Team:Chiba/protocol/colonyPCR|ColonyPCR]]'''