Team:Chiba/Meeting2

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９月頭　　　　　　デバイス出来上がる
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１０月　　　　　　wikiや発表練習。　原則実験はしない、補足などどうしても必要な実験がある場合はする
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８月中に基本的な実験をやりながらもパワポなどの発表資料を作っていけば、どういうデータが必要なのか、どこを強調したいのかなどが見えてきてその後の実験も効率的に行えますね。
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川崎
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== 7/14/08 実験班会議==
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今まで話し合ってきた企画の概要を、梅野先生や研究室の先輩方の前で発表しました。
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私たちのために時間を割いてくださり、本当にありがとうございました。
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まとめて発表することにより、今まで以上に問題点や必要であることが明確化されたと思います。
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また、今回の発表に関してはメンバー内で同じことを話し合っていても、
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各自が考えるテーマ内容が少しずつ違っているということがわかりました。
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全員の考えを統一する必要は現時点ではないと思いますが、今回の発表会では改めて情報共有の工夫が必要であると感じました。
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少しでも疑問を感じたらすぐ、他のメンバーに質問するようにしていきましょう。
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また、先生や先輩方から様々なアドバイスをいただいたので、以下に掲載します。
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たくさん勉強するべきことが見えてきました。
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*イントロの用意
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*フェノール系の情報（大腸菌内でチロシンはあるのであまりチロシンからの合成はやらないほうがいい。チロシン以外でも作れないか。）
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*フェノールのオペロン周りの情報
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*フェノール以外のシグナル分子の検索
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*シグナル分子を合成する、あっという間に消えるような合成酵素
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*プロモーターたんぱくの勉強（アクティベーターでの問題が昨日は中心でした）
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*リニアである条件の確認
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情報収集に関して今まで先輩方に依存しがちでしたが、２年生もそろそろ自分たちで資料を集めていきましょう。
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井山佳美
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== 7/11/08 第36回ブレインストーミング＆企画発表会について==
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場所：VBL3階会議室
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参加者：福冨・冨永・小林・川崎・杉山・（井山）
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場所：VBL3階会議室
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参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・久保・杉山・井山
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前半はブレインストーミングで、先日話し合ったシステム概要の確認と、新たなシステム案について話し合いました。
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積分システムの要である、[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.99.2  シグナル分子の資料]を福冨さんが見つけてきてくださったので、かなり議論を進めることができました。
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これでネックとなっていた部分も解消されそうです。
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システム概要があらかた固まったところで、実験班分けを行いました。
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実験テーマとメンバーは以下の通りです。
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'''α-Team'''
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*シグナル分子システム作成班
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:*冨永将大 Masahiro Tominaga
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:*川崎浩平 Kohei Kawasaki
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:*久保喬義 Takayoshi Kubo
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:*杉山まい Mai Sugiyama
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'''β-Team'''
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*出力システム作成班
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:*福冨浩樹 Hiroki Fukutomi
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:*小林あおい Aoi Kobayashi
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:*香取崇広 Takahiro Katori
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:*井山佳美 Yoshimi Iyama
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井山佳美
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== 7/7/08 第34回ブレインストーミング==
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場所：VBL3階会議室
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参加者：福富・冨永・小林・香取・久保・杉山・井山
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企画概要がほぼ確定しました。
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あと7月中にやるべきことは人工分子合成に関する調査になります。
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システムが固まってきたので実験のグループ分けについてもこれから調整していきます。
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やっとここまできました。8月からの実験が楽しみですね。
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井山佳美
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== 7/5/08 調査内容の報告＆第33回ブレインストーミング==
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場所：工学部1号棟3階会議室
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参加者：香取、小林、冨永、福富、Craigさん
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Craigさんを交え、「調査内容の報告」および「システム案の提案」を行いました。
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調査内容の詳細は、勉強会のログに、随時記載されていきますので、ご確認ください。
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システム案は、特に福富くんの「ステップスイッチ」について話し合いました。
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案の詳細は、福富くんが画像付きで載せてくれています。
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冨永将大
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補足：
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今まで、移動系、色素系、分裂系がありましたが、今現在システム全体が書き出せるものは
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「物質合成→積算＆コミュニケーション→output」
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の色素系であります。移動系のアイデアには、積算値が戻らないという利点があります。
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しかしその位置情報を大腸菌に認識させるという、積算の次のステップのシステムが現在出されていません。
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分裂系も、２のn乗で増えていくので色素系と比較すると問題点が多いです。
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テスト前まで色素系を進めていこうかという話をしました。もちろん分裂系、移動系は棚上げで。
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５日に話した色素系に必要な条件を書き出します。
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・リニアなプロモーター
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・分解しないコミュニケーション分子の選択
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・上記分子合成を行うタンパク質の発現はレスポンスが良くなければならない。
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小林
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== 7/4/08 予備調査==
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杉山まい
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Latest revision as of 11:32, 14 December 2008

ホーム メンバー紹介 プロジェクト紹介 作成したDNAパーツ ノート


テーマ決定後のログです。


最新のログは こちらから。

過去のログはこちらから。

第1期ログ/ 第2期ログ/ 第3期ログ

Contents

7/17/08

場所：1号棟ゼミ室

参加者：福冨・冨永・小林・香取・川崎・杉山・井山

VBLは国際会議に使用されるということで本日はゼミ室で行いました。 福冨さんが現段階で使えそうな難代謝性物質を挙げて下さいました。以下に示します

(regulater)　　　　(inducer)

DmpR 　　　　　　　　methl phenol　

PcaR 　　　　　　　　p-hydroxybenzoate

CatR 　　　　　　　　cis,cis-muconate

PrmR 　　　　　　　　n-alkane

AreR 　　　　　　　　benzyl alkanoate

BenR 　　　　　　　　benzoate

salR 　　　　　　　　salicylate esters

試験休み前に集まれる最後の機会ということで夏休みから11月にかけての具体的な行動計画を決めるまでには至りませんでしたが、希望としては

８月中　　　　　　PCR、cloningできるようになる、パーツ集める、作る

９月頭　　　　　　デバイス出来上がる

中旬　　　　　　　調節（リボソームの量など）、同時に実験データ取ってく

１０月　　　　　　wikiや発表練習。　原則実験はしない、補足などどうしても必要な実験がある場合はする 　　　　　　　　　

（追加）　　　　 ８月中に基本的な実験をやりながらもパワポなどの発表資料を作っていけば、どういうデータが必要なのか、どこを強調したいのかなどが見えてきてその後の実験も効率的に行えますね。

という感じです。


川崎

7/14/08 実験班会議

場所：VBL3階会議室

参加者：福冨・冨永・小林・香取・井山・（久保・杉山）



7/12/08 企画発表会

場所：1号棟3階視聴覚室

参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・杉山・井山


今まで話し合ってきた企画の概要を、梅野先生や研究室の先輩方の前で発表しました。

私たちのために時間を割いてくださり、本当にありがとうございました。

まとめて発表することにより、今まで以上に問題点や必要であることが明確化されたと思います。


また、今回の発表に関してはメンバー内で同じことを話し合っていても、

各自が考えるテーマ内容が少しずつ違っているということがわかりました。

全員の考えを統一する必要は現時点ではないと思いますが、今回の発表会では改めて情報共有の工夫が必要であると感じました。

少しでも疑問を感じたらすぐ、他のメンバーに質問するようにしていきましょう。


また、先生や先輩方から様々なアドバイスをいただいたので、以下に掲載します。

たくさん勉強するべきことが見えてきました。

  • イントロの用意
  • フェノール系の情報（大腸菌内でチロシンはあるのであまりチロシンからの合成はやらないほうがいい。チロシン以外でも作れないか。）
  • フェノールのオペロン周りの情報
  • フェノール以外のシグナル分子の検索
  • シグナル分子を合成する、あっという間に消えるような合成酵素
  • プロモーターたんぱくの勉強（アクティベーターでの問題が昨日は中心でした）
  • リニアである条件の確認


情報収集に関して今まで先輩方に依存しがちでしたが、２年生もそろそろ自分たちで資料を集めていきましょう。


井山佳美


7/11/08 第36回ブレインストーミング＆企画発表会について

場所：VBL3階会議室

参加者：福冨・冨永・小林・川崎・杉山・（井山）


7/10/08 第35回ブレインストーミング＆実験班について

場所：VBL3階会議室

参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・久保・杉山・井山


前半はブレインストーミングで、先日話し合ったシステム概要の確認と、新たなシステム案について話し合いました。

積分システムの要である、[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.99.2 シグナル分子の資料]を福冨さんが見つけてきてくださったので、かなり議論を進めることができました。

これでネックとなっていた部分も解消されそうです。


システム概要があらかた固まったところで、実験班分けを行いました。

実験テーマとメンバーは以下の通りです。

α-Team

  • シグナル分子システム作成班
  • 冨永将大 Masahiro Tominaga
  • 川崎浩平 Kohei Kawasaki
  • 久保喬義 Takayoshi Kubo
  • 杉山まい Mai Sugiyama


β-Team

  • 出力システム作成班
  • 福冨浩樹 Hiroki Fukutomi
  • 小林あおい Aoi Kobayashi
  • 香取崇広 Takahiro Katori
  • 井山佳美 Yoshimi Iyama


井山佳美


7/7/08 第34回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室

参加者：福富・冨永・小林・香取・久保・杉山・井山


企画概要がほぼ確定しました。

あと7月中にやるべきことは人工分子合成に関する調査になります。

システムが固まってきたので実験のグループ分けについてもこれから調整していきます。

やっとここまできました。8月からの実験が楽しみですね。

井山佳美


7/5/08 調査内容の報告＆第33回ブレインストーミング

場所：工学部1号棟3階会議室

参加者：香取、小林、冨永、福富、Craigさん


Craigさんを交え、「調査内容の報告」および「システム案の提案」を行いました。

調査内容の詳細は、勉強会のログに、随時記載されていきますので、ご確認ください。

システム案は、特に福富くんの「ステップスイッチ」について話し合いました。

案の詳細は、福富くんが画像付きで載せてくれています。

冨永将大


補足：

今まで、移動系、色素系、分裂系がありましたが、今現在システム全体が書き出せるものは

「物質合成→積算＆コミュニケーション→output」

の色素系であります。移動系のアイデアには、積算値が戻らないという利点があります。

しかしその位置情報を大腸菌に認識させるという、積算の次のステップのシステムが現在出されていません。

分裂系も、２のn乗で増えていくので色素系と比較すると問題点が多いです。

テスト前まで色素系を進めていこうかという話をしました。もちろん分裂系、移動系は棚上げで。


５日に話した色素系に必要な条件を書き出します。

・リニアなプロモーター

・分解しないコミュニケーション分子の選択

・上記分子合成を行うタンパク質の発現はレスポンスが良くなければならない。

小林


7/4/08 予備調査

場所：VBL3階会議室

梅野先生を交え、ブレインストーミングを行いました。

新しく出た案、考え方がありました。梅野先生ありがとうございました。

各調査における質問等もできたと思います。よりよいwikiにしけいたらなと思います。

明日は古林さんが話をしてくれるそうです。よろしくお願いします。

杉山まい


7/3/08 予備調査

場所：VBL3階会議室

４つのグループに分かれて調査を行っています。そのため今回は3人でブレインストーミングを行いました。

福冨案について考えました。

それぞれが必要となる項目を調べているので企画がより具体的になっていくのではないかと思います。

調べたことはがんがん企画内容制作の過程を企画ページに載せていきましょう！

杉山まい


6/30/08 役割分担＆予備調査

場所：VBL3階会議室

企画内容を決定する際に予備知識について4つのテーマでグループを編成し、

調べてきたものを勉強会ログに各自がアップすることになりました。

チーム編成とそれぞれのテーマは以下の通りです。


①バイオブリックパーツを挙げる ：福富、杉山

②入力の追従性を高めるためには？ ：冨永、香取

③（入力に対して）リニアなプロモーターにはどんなのがある？ ：小林、久保

④読み出し可能な出力って？ ：井山、川崎


  • 留意事項
だめなものも書きだす！！（重要）
わからないことがあれば聞く（わからないままにしない）


また、これと平行して各自の企画内容も今までどおり固めていきますが、

その過程を企画発案者による企画紹介ページに各自が掲載していく方法をとることで、BSの時間の短縮・作業の効率化をはかるつもりです。

時間がないです。頑張っていきましょう！

井山佳美


6/28/08 第1回企画中間発表＆第30回ブレインストーミング

場所：工学部1号棟3階ゼミ室

Melbourne卒、東京大学院生のCraigさんを交えて、企画中間発表とブレインストーミングを行いました。

今まで考えなかったこと、改善点などについて指摘や提案をしてくださったので、Chiba Teamとしても良い刺激になったと思います。

またのお越しをお待ちしております。


井山佳美


6/27/08 方針決め会議＆第29回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室


前半は古林さんに来ていただき、これからの方針について話し合いました。

8月に入り次第本格的な実験にうつるためには、7月中旬のテスト休みの前に今年のiGEM-Chibaのテーマを決定しておく必要があります。

そこでこれからの予定としては、先日決めたチームごとに企画を完成させていき、7月10日までに紙面化して提出＆発表します。

また勉強会では、2年生が全員揃う曜日が少ないこと、時間がないことを考慮し、Web勉強会をすることになりました。

Web勉強会は自律して行わないとできないものです。各自本気で取り組んでください。


ブレインストーミングでは福冨さんの案を中心に行いました。

ほかのチームも福冨さんに負けず、自分たちの案を発表していきましょう。


井山佳美

6/26/08 第6回勉強会＆第28回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室


6/25/08 第27回ブレインストーミング

場所：工学部総合研究棟2階会議室


6/23/08 京都ＷＳ報告＆第26回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室

「iGEMの基本理念」や本部ページの使い方など、京都ＷＳについて報告しました。

ブレインストーミングの前半では、福富さんが出した出力系の案を元に話し合いました。

後半は、ただ出力が蓄積されるのではなく、「料金制度」のような一定値にたまるとまた新たな出力がでるシステムについて議論しました。

6月も終わりです。システムだけでなく、そろそろ本格的に具体的なパーツについても話し合えなくてはいけませんね。

頑張れ！（私も含めた）２年生！

井山佳美

6/19/08 第25回ブレインストーミング＆実験

場所：VBL3階会議室

以前に決めたチームごとに企画について話し合いました。

また2年生の2チームは協力して、不足している知識を各自が分担して調べてくることになりました。

本人たちが忘れないようにログをのこしておきます。

  • Taxis系：香取・川崎
  • 色素系：久保・井山
  • 感知菌に使えそうな事例研究：香取・川崎・久保・井山

井山佳美

6/16/08 第24回ブレインストーミング＆実験

場所：VBL3階会議室＆実験室

6/14/08 第23回ブレインストーミング＆実験

場所：工学部1号棟3階ゼミ室＆実験室

冨永チームが実験を行い、福冨チームは資料収集を行いました。

また積分表現について新たな案もだされました。ブレインストーミングのログはこちらから。

井山佳美

6/13/08 第22回ブレインストーミング＆実験

場所：VBL3階会議室＆実験室

各自の予定から実験班を２班にわけて実験を行うことになりました。 今回は冨永チームが実験を行い、福冨チームはVBLにて回路についての勉強やBSを行いました。 以前よりもBSの知識の共有が難しいと思われるので、各自BSのログをこのページや1号棟のホワイトボードに載せていきましょう。

また、1号棟のホワイトボードの前の棚に、iGEMや合成生物学に関する資料をたくさん用意していただいたので、活用していきましょう。

井山佳美


6/12/08 テーマ決定＆以後の計画会議

場所：VBL3階会議室

今年のiGEM-Chibaのテーマは『積分システム』に決定しました。

これからのブレインストーミングに向け、ポスター発表の際に先生や先輩方からいただいたアドバイス内容を共有しました。 アドバイス内容はこちらから。

また、グループ内コンペを行うために4つのチームを以下のように決定しました。 　　① 冨永・小林チーム 　　② 福冨・杉山チーム 　　③ 香取・川崎チーム 　　④ 井山・久保チーム

これからのiGEM-Chibaがやるべきことについて、梅野先生からアドバイスをいただきました。 各自PCを持ち寄り、より多くの情報に触れられるよう努力する必要がでてきました。 アドバイス内容『これからやっていくべきこと』を載せておきます。


梅野先生より

『これからやっていくべきこと』

1　積分する、ということの説明 数学的にはどういうことか、実学的にはどういうことか、分かり易い説明をつくる。 次に、世の中ではどんな積分値が測定されているかを限界まで書き出す。 上で書き出したものでイントロになりそうなものを幾つかピックアップしよう。 　　バクテリア／遺伝子回路をつかって積分すると、どうして面白いのか。

　　Biologicalなpartsだからこそ、向いている（得意）積分計算とは？


2　積分装置をbiological partsでつくる方法；その具体論 色素合成／移動にくわえ、増殖なども考えられる。 どんな回路で積算をするか。その回路図を設計 どのように「積分値がとれている」ことを示すか、その具体案 ２名からなる４チームで競うグループ内コンペを提案したい


3　バクテリア（積分）計算における「超えるべき壁」

3-1.入力値と出力（積算されるもの）のリニアな関係 入力値が二倍なら、単位時間あたりに積み上げる値も二倍となるために


3-2.入力の変化に対する積算の追従性 入力が消えたとき、積算活動は速やかに停止


3-3.さまざまな入力値に対応するために 統一された、入力と積算値の仲介システムが必要


3-4.最後の積算値は、他のバクテリアに「読み出し可能」であることが望ましい。


4　実験基礎講座→予備実験 　-通信装置の種類を揃える（→たぶんこいつらが仲介装置になる） 　-色素合成や移動（出力／積算値）を体験


5A　なにかしら使えそうなParts/ DeviceをBiobrickから「血眼で」探す。 5B　類似研究がないかどうか、iGEMおよびPubMedやGoogle Scienceなどで調べ倒す；あれば必ず仲間に周知／精査


6.　いろんな周辺知識を英語で読もう。 いまのうちから英語なれ！


7.　事例研究再び；もう少しマシな理解でできるかも


以上です。まずは1や２から、どんどん始めて行きましょう。

井山佳美

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