Team:Chiba/Meeting2

From 2008.igem.org

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+
<html><link rel="stylesheet" href="https://2008.igem.org/wiki/index.php?title=User:Maiko/chiba.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
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{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
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!align="center"|[[Team:Chiba/j|ホーム]]
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/Team/j|メンバー紹介]]
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!align="center"|[[Team:Chiba/Project/j|プロジェクト紹介]]
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!align="center"|[[Team:Chiba/Parts/j|作成したDNAパーツ]]
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!align="center"|[[Team:Chiba/Internal|ノート]]
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|}
-
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-
== 6/8/08 第3回テーマ絞り込み会議 ==
+
テーマ決定後のログです。
-
場所：VBL3階会議室
 
-
7日のポスター発表会の評価をいただき、全てのプロポーザルへの意見を共有しました。
+
最新のログは[[Team:Chiba/Meeting| こちら]]から。
-
「iGEMらしいか否か」についてのコメントが多く、各自「iGEMらしさ」についてもう一度再認識する必要がでてきました。
+
-
次は、自分たちが各プロポーザルの評価を行います。
+
過去のログはこちらから。
-
P「新規性」、「実現性」、「有用性」の３点から、全プロポーザルにランキングをつけて、
+
-
11日（水）0：00までにその結果を梅野先生に各自がメールで送ることになりました。
+
-
集計結果で、今年のiGEM-Chibaのテーマを決定するそうです。
+
-
次回はその結果を元に、これからiGEM-Chibaをどうすすめていくかを話し合います。
+
[[Team:Chiba/Meeting1| 第1期ログ]]/[[Team:Chiba/Meeting2| 第2期ログ]]/[[Team:Chiba/Meeting3| 第3期ログ]]
-
井山佳美
+
----
 +
== 7/17/08 ==
 +
場所：1号棟ゼミ室
 +
参加者：福冨・冨永・小林・香取・川崎・杉山・井山
-
== 6/7/08 第1回ポスター発表 ==
+
VBLは国際会議に使用されるということで本日はゼミ室で行いました。
 +
福冨さんが現段階で使えそうな難代謝性物質を挙げて下さいました。以下に示します
-
場所：工学部1号棟3階廊下
+
(regulater)　　　　(inducer)
-
5日までに各自が提出した、最終プロポーザルを元にポスター発表会を行いました。。
+
DmpR 　　　　　　　　methl phenol　
-
発表は評価形式で、見込み点・現状点の２つの視点から各プロポーザルに点数を付けていただきました。
+
-
各プロポーザルは以下の通り
+
PcaR 　　　　　　　　p-hydroxybenzoate
-
Project 1 仇討ち大腸菌　　　　　　　　 冨永・小林案
+
CatR 　　　　　　　　cis,cis-muconate
-
Project 2 Memory Protector　　　　 福冨・杉山案
+
-
Project 3 Electro Bio Graphics　　　久保案
+
-
Project 4 Etch o sketi　　　　　　　　　川崎案
+
-
Project 5 The Integral E.coil　　　　 井山案
+
-
Project 6 Invisible Picture　　　　　 　香取案
+
 +
PrmR 　　　　　　　　n-alkane
-
梅野先生や豊田先生をはじめ、研究室の先輩方に企画を説明していく中で、新たなアイディアや問題点が見えてくると共に、
+
AreR 　　　　　　　　benzyl alkanoate
-
自身のプロポーザルを客観的に見直すことで、自身の考えをまとめなおすことができた意味で良い機会だったと思います。
+
-
BSをしていく中で、定期的にこのような発表の場を設けていただくことも必要だと感じました。
+
-
井山佳美
+
BenR 　　　　　　　　benzoate
 +
salR 　　　　　　　　salicylate esters   
-
== 6/2/08 第21回ブレインストーミング ==
+
試験休み前に集まれる最後の機会ということで夏休みから11月にかけての具体的な行動計画を決めるまでには至りませんでしたが、希望としては
-
場所：VBL3階会議室
+
-
杉山まい
+
８月中　　　　　　PCR、cloningできるようになる、パーツ集める、作る
 +
９月頭　　　　　　デバイス出来上がる
-
== 5/31/08 第20回ブレインストーミング ==
+
中旬　　　　　　　調節（リボソームの量など）、同時に実験データ取ってく
-
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
+
-
参加者で各系統ごとのアイデアを確認しました。
+
１０月　　　　　　wikiや発表練習。　原則実験はしない、補足などどうしても必要な実験がある場合はする
-
そして、木曜までを目標に、各アイデアを紙にまとめる作業をしましょう。
+
　　　　　　　　　
-
ということになりました。理想は、各アイデアにたいして、一人ひとつずつ書くこと。
+
-
で。
+
-
それらのアイデアについて、これからスレッドを作りますので、そこで話し合いを進めていきましょう。
+
-
そこでの話し合い、および月曜のBSに基づいて、まとめの紙（＝企画書完成版（仮））を作っていきます。
+
-
このことについて、何か意見があればお願いします。
+
（追加）　　　　
 +
８月中に基本的な実験をやりながらもパワポなどの発表資料を作っていけば、どういうデータが必要なのか、どこを強調したいのかなどが見えてきてその後の実験も効率的に行えますね。
-
冨永将大
+
という感じです。
-
== 5/30/08 Wiki講習会 ==
+
川崎
 +
== 7/14/08 実験班会議==
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
　　Wikiの講習会を行いました。
+
参加者：福冨・冨永・小林・香取・井山・（久保・杉山）
-
　　今回参加できなかった方、パソコンを持って来れなかった方のために、Wiki関係のリンクを載せておきます。
+
-
ページの編集-Wikipedia (参考)
+
-
Chiba-wiki　（Chibaチームのwikiです。igem2008トップページからいけます。）
 
-
各自でwikiを編集していきましょう。
 
-
井山佳美
 
-
== 5/29/08 第19回ブレインストーミング ==
+
== 7/12/08 企画発表会==
-
場所：VBL3階会議室
+
場所：1号棟3階視聴覚室
-
ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・杉山・井山
-
久保喬義
 
 +
今まで話し合ってきた企画の概要を、梅野先生や研究室の先輩方の前で発表しました。
-
== 5/28/08 第18回ブレインストーミング ==
+
私たちのために時間を割いてくださり、本当にありがとうございました。
-
場所：VBL3階会議室
+
-
杉山まい
+
まとめて発表することにより、今まで以上に問題点や必要であることが明確化されたと思います。
-
== 5/26/08 第17回ブレインストーミング ==
+
また、今回の発表に関してはメンバー内で同じことを話し合っていても、
-
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
+
-
ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
各自が考えるテーマ内容が少しずつ違っているということがわかりました。
-
杉山まい
+
全員の考えを統一する必要は現時点ではないと思いますが、今回の発表会では改めて情報共有の工夫が必要であると感じました。
 +
少しでも疑問を感じたらすぐ、他のメンバーに質問するようにしていきましょう。
-
== 5/24/08 第16回ブレインストーミング ==
 
-
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
+
また、先生や先輩方から様々なアドバイスをいただいたので、以下に掲載します。
-
BSはつまった感がありましたね。
+
たくさん勉強するべきことが見えてきました。
-
しってる事が少ないからアイデアがでてこない 。
+
-
梅野先生がいると進んでるし、私たちだけでも多少なりは進んどるけど、
+
-
でも内容の濃さから言うと濃淡の差がかなりでてしまいます。
+
-
ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
*イントロの用意
 +
*フェノール系の情報（大腸菌内でチロシンはあるのであまりチロシンからの合成はやらないほうがいい。チロシン以外でも作れないか。）
 +
*フェノールのオペロン周りの情報
 +
*フェノール以外のシグナル分子の検索
 +
*シグナル分子を合成する、あっという間に消えるような合成酵素
 +
*プロモーターたんぱくの勉強（アクティベーターでの問題が昨日は中心でした）
 +
*リニアである条件の確認
-
杉山まい
 
 +
情報収集に関して今まで先輩方に依存しがちでしたが、２年生もそろそろ自分たちで資料を集めていきましょう。
-
== 5/22/08 第15回ブレインストーミング ==
 
-
場所：VBL3階会議室
+
井山佳美
-
ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
 
-
杉山まい
+
== 7/11/08 第36回ブレインストーミング＆企画発表会について==
 +
場所：VBL3階会議室
 +
参加者：福冨・冨永・小林・川崎・杉山・（井山）
-
== 5/19/08 第2回テーマ絞り込み会議 ==
 
 +
== 7/10/08 第35回ブレインストーミング＆実験班について==
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
今日の話し合いで
+
参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・久保・杉山・井山
-
画像系・積分系・ランダム系を中心に進めていくことになりました。
+
-
もちろん、ブレンダー・メタルイーターが再浮上したりすることもあります。
+
-
次回は、何ができるかをできる限りだしていきます。
+
-
会議のログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
-
杉山まい
 
 +
前半はブレインストーミングで、先日話し合ったシステム概要の確認と、新たなシステム案について話し合いました。
-
== 5/16/08 第1回テーマ絞り込み会議 ==
+
積分システムの要である、[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.99.2  シグナル分子の資料]を福冨さんが見つけてきてくださったので、かなり議論を進めることができました。
-
場所：VBL3階会議室
+
これでネックとなっていた部分も解消されそうです。
-
梅野先生と先輩方が来てくださって、各案についてbrainstormingをしました。
 
-
今まで見えなかって面がたくさん見えたと思います。
 
-
次回は絞り込んだ案をさらに深く、濃いものにしていきたいと思います。
 
-
会議のログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
 
-
杉山まい
+
システム概要があらかた固まったところで、実験班分けを行いました。
 +
実験テーマとメンバーは以下の通りです。
-
== 5/15/08 第14回ブレインストーミング ==
+
'''α-Team'''
 +
*シグナル分子システム作成班
 +
:*冨永将大 Masahiro Tominaga
 +
:*川崎浩平 Kohei Kawasaki
 +
:*久保喬義 Takayoshi Kubo
 +
:*杉山まい Mai Sugiyama
 +
 
 +
 
 +
'''β-Team'''
 +
*出力システム作成班
 +
:*福冨浩樹 Hiroki Fukutomi
 +
:*小林あおい Aoi Kobayashi
 +
:*香取崇広 Takahiro Katori
 +
:*井山佳美 Yoshimi Iyama
 +
 
 +
 
 +
井山佳美
 +
 
 +
 
 +
== 7/7/08 第34回ブレインストーミング==
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
今回も全員から最終的に回収されたプロポーザル第2弾について2回目の話し合いを行いました。
+
参加者：福富・冨永・小林・香取・久保・杉山・井山
-
その中でブレインストーミングを行ったのは
+
-
「ランダムトグルスイッチ」「トグル積分」「ランダムまりも」（福冨案）、「花粉除去」（杉山案）、「写真大腸菌」（川崎案）
+
-
の4案で、本人欠席のため久保案のブレインストーミングは行えませんでした。
+
-
ブレインストーミング中でよくあがった問題点は、それぞれのテーマのイントロ部分が明確になっていないことでした。
+
企画概要がほぼ確定しました。
 +
あと7月中にやるべきことは人工分子合成に関する調査になります。
-
次回はいよいよテーマの絞り込みを行います。
+
システムが固まってきたので実験のグループ分けについてもこれから調整していきます。
-
ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
 
 +
やっとここまできました。8月からの実験が楽しみですね。
井山佳美
井山佳美
-
== 5/12/08 第13回ブレインストーミング ==
 
-
場所：VBL3階会議室
 
-
全員から最終的に回収されたプロポーザル第2弾について話し合いました。
+
== 7/5/08 調査内容の報告＆第33回ブレインストーミング==
-
その中でブレインストーミングを行ったのは
+
場所：工学部1号棟3階会議室
-
「Random Generator」（小林案）、「調節できるランダムスイッチ」（福冨案）、「迷路を泳ぐ大腸菌」（冨永案）、
+
-
「大腸菌クーラー」（香取案）、「二面相大腸菌」・「花粉除去」（杉山案）、「積分計」（井山案）
+
-
の７案で次回は福冨案②と、今日参加できなかった、川崎、久保案を中心にブレインストーミングを行う予定です。
+
 +
参加者：香取、小林、冨永、福富、Craigさん
-
今回は自己のプロポーザルの問題点や疑問点、課題を改めて認識するだけでなく、
 
-
より具体的な回路の話も出てきたので、他のメンバーのプロポーザルについても内容を共有できたと思います。
 
-
今回、回路を具体的に説明できなかったメンバーも回路を使って説明できるようになれば、
 
-
さらにメンバー内でのそのプロポーザルについての理解も深まり、より良いブレインストーミングができるのではないでしょうか。
 
-
2年生も頑張っていきましょう。
 
-
ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
Craigさんを交え、「調査内容の報告」および「システム案の提案」を行いました。
-
井山佳美
+
調査内容の詳細は、勉強会のログに、随時記載されていきますので、ご確認ください。
 +
システム案は、特に福富くんの「ステップスイッチ」について話し合いました。
-
== 5/10/08 第12回ブレインストーミング ==
+
案の詳細は、福富くんが画像付きで載せてくれています。
-
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
+
-
杉山案（パターン形成）、川崎案（写真のフィルム）、福冨案（"ランダム"の利用）についてブレインストーミングを行った。
+
冨永将大
-
詳細はブレインストーミング用ログページに記載。ログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
-
久保喬義
+
-
== 5/09/08 第11回ブレインストーミング ==
+
補足：
-
場所：VBL3階会議室
+
 +
今まで、移動系、色素系、分裂系がありましたが、今現在システム全体が書き出せるものは
-
== 5/08/08 第10回ブレインストーミング ==
+
「物質合成→積算＆コミュニケーション→output」
-
場所：VBL3階会議室
+
-
福冨、冨永、小林、香取、杉山、井山（順不同、敬称略）の提出した、プロポーザル第2弾について話し合いました。
+
の色素系であります。移動系のアイデアには、積算値が戻らないという利点があります。
-
ランダム系、マスク、クーラー、積分計、それぞれの案の形がだんだん固まってきました。
+
 +
しかしその位置情報を大腸菌に認識させるという、積算の次のステップのシステムが現在出されていません。
-
次回からは
+
分裂系も、２のn乗で増えていくので色素系と比較すると問題点が多いです。
-
「なぜ、それが必要なのか」
+
-
「なぜ、それがおもしろいのか」
+
-
「なぜ、菌でやる必要があるのか」
+
-
という《アピールポイント》にも重点を置いて話していければと思います。
+
-
また、これからの予定や各係について、3年生の福冨さんと冨永さんからお話がありました。
+
テスト前まで色素系を進めていこうかという話をしました。もちろん分裂系、移動系は棚上げで。
-
これからの予定の概略を載せておきます。
+
-
　　5/9 　　第二弾企画書〆切
+
-
　　5/16　　絞り込み
+
-
　　5/17～　絞り込んだ企画のフェーズアップ
+
-
　　6/1 ～　実験講習＋遺伝子工学講習
+
-
　　7/1 ～　プレゼン作り
+
-
その際に記録係も交代しました。
 
-
主に杉山と井山で記録していく予定です。
 
-
よろしくお願いします。
 
-
井山佳美
+
５日に話した色素系に必要な条件を書き出します。
 +
・リニアなプロモーター
-
== 5/03/08 第7回事例研究&第9回ブレインストーミング ==
+
・分解しないコミュニケーション分子の選択
-
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
+
-
　【事例研究担当者】
+
・上記分子合成を行うタンパク質の発現はレスポンスが良くなければならない。
-
　　川崎　Berkley 2006
+
 +
小林
-
井山案を豊田先生を交えて話し合いました。積分値をグラフで書いてみたりより詳しくできたんじゃないかと思います。
 
-
また、井山案の逆の色素を分解する大腸菌についても話し合いました。
 
-
じゃんけんをする大腸菌については、HinHixという乱雑さを含む遺伝子回路を利用したらどうか提案がされました。
 
-
豊田先生がいることで話が深くなっていったと思います。次回もそうなればいいと思います。
 
-
杉山まい
 
-
 
+
== 7/4/08 予備調査==
-
== 5/02/08 第6回事例研究&第8回ブレインストーミング ==
+
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
　【事例研究担当者】
+
梅野先生を交え、ブレインストーミングを行いました。
-
　　福冨　MIT 2007
+
-
　　井山　Toront 2007
+
 +
新しく出た案、考え方がありました。梅野先生ありがとうございました。
-
ブレインストーミングはランダム系を中心に行いました。
+
各調査における質問等もできたと思います。よりよいwikiにしけいたらなと思います。
-
これからの課題として
+
-
「なぜそれが新しいか？」
+
-
「ほかに類似概念はあったか？」
+
-
「前提としている「あればいいな」な技術とは？」
+
-
について言及できるようになる必要があるそうです。
+
-
また回路だけでなく、機構について具体性をもったものを考えられるようにしていきたいです。
+
-
［NEWS］
+
明日は古林さんが話をしてくれるそうです。よろしくお願いします。
-
iGEM ChibaのHPにメンバー紹介のページができました。
+
-
いつもありがとうございます。
+
-
井山佳美
+
杉山まい
-
== 5/01/08 第5回事例研究&第7回ブレインストーミング ==
+
 
 +
== 7/3/08 予備調査==
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
　【事例研究担当者】
+
４つのグループに分かれて調査を行っています。そのため今回は3人でブレインストーミングを行いました。
-
　　冨永　Peking 2007
+
-
　　小林　Rice 2007
+
 +
福冨案について考えました。
-
また、先生方からプロジェクト案についてのコメントをいただきました。
+
それぞれが必要となる項目を調べているので企画がより具体的になっていくのではないかと思います。
-
さらに自身ののアイデアを高めるために、これからはメンバー同士でアイデアをまとめていきます。
+
-
2年生にとって事例研究の内容理解が少し厳しいので勉強会を開くことになりました。
+
調べたことはがんがん[[Team:Chiba/kks|企画内容制作の過程を企画ページ]]に載せていきましょう！
-
もう一度、以前に配布されたプリントや現代化学のテキストを用いて転写や翻訳について勉強し直す予定です。
+
-
井山佳美
+
杉山まい
-
== 4/28/08 第4回事例研究&第6回ブレインストーミング ==
 
 +
== 6/30/08 役割分担＆予備調査==
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
　【事例研究担当者】
+
企画内容を決定する際に予備知識について4つのテーマでグループを編成し、
-
　　久保　Penn state 2006
+
-
　　杉山　Mississippi 2006
+
 +
調べてきたものを[[Team:Chiba/Study|勉強会ログ]]に各自がアップすることになりました。
-
ブレインストーミングは新たに各自でまとめたプロポーザルをもとに行いました。
+
チーム編成とそれぞれのテーマは以下の通りです。
 +
 +
 +
①バイオブリックパーツを挙げる ：福富、杉山
 +
 +
②入力の追従性を高めるためには？ ：冨永、香取
 +
 +
③（入力に対して）リニアなプロモーターにはどんなのがある？ ：小林、久保
 +
 +
④読み出し可能な出力って？ ：井山、川崎
-
また27日に、2年生は『2007年のiGEMで製作された生物ロボットの概要を全部記入する』という課題をいただきました。
+
*留意事項
-
提出期限日の30日までにiGEM2007のwikiを要約できるよう頑張っています。
+
::だめなものも書きだす！！（重要）
 +
::わからないことがあれば聞く（わからないままにしない） 
 +
 +
 +
また、これと平行して各自の企画内容も今までどおり固めていきますが、
 +
 
 +
その過程を[[Team:Chiba/kks|企画発案者による企画紹介ページ]]に各自が掲載していく方法をとることで、BSの時間の短縮・作業の効率化をはかるつもりです。
 +
 +
時間がないです。頑張っていきましょう！
井山佳美
井山佳美
-
== 4/26/08 第5回ブレインストーミング ==
+
 
 +
== 6/28/08 第1回企画中間発表＆第30回ブレインストーミング ==
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
場所：工学部1号棟3階ゼミ室
-
前に出ていたプロポーザルについて、案を出し合いました。
+
Melbourne卒、東京大学院生のCraigさんを交えて、企画中間発表とブレインストーミングを行いました。
-
今出ている案を2つ組み合わせたりできるのではないかや、過去のプロジェクトと合わせることで、
+
-
も っと発展できるのではないかと行ったことを話しました。
+
-
ブレインストーミング用のログページを作りました。[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
+
今まで考えなかったこと、改善点などについて指摘や提案をしてくださったので、Chiba Teamとしても良い刺激になったと思います。
-
福冨浩樹
+
またのお越しをお待ちしております。
-
== 4/25/08 第5回勉強会&第3回事例研究 ==
+
井山佳美
 +
 +
== 6/27/08 方針決め会議＆第29回ブレインストーミング==
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
今回は前半に梅野先生のお話があり、どのようなプロポーザルを目指していくのかということと、
 
-
どのようにしてプロポーザルを実際に作成までつなげていくかという話をしていただきました。
 
-
今現在あるパーツを使って、組み合わせることで遺伝子回路ができていきます。
+
前半は古林さんに来ていただき、これからの方針について話し合いました。
-
インプットやアウトプットよりもそれらをどうつなぐかということが重要です。
+
-
シンプルであっても面白いアイディアができるのが一番なんですが。
+
-
後半は事例研究でした。
+
8月に入り次第本格的な実験にうつるためには、7月中旬のテスト休みの前に今年のiGEM-Chibaのテーマを決定しておく必要があります。
-
目次にある4人が話しました。
+
-
やはりいきなり読んできてというのは、なかなか難しいのかもしれません。
+
そこでこれからの予定としては、先日決めたチームごとに企画を完成させていき、7月10日までに紙面化して提出＆発表します。
-
よくわかってないまま話すという感じになってしまいした。
+
-
やり方に問題がありそうなので、何か工夫をしていこうと思います。
+
-
福冨浩樹
+
また勉強会では、2年生が全員揃う曜日が少ないこと、時間がないことを考慮し、Web勉強会をすることになりました。
 +
Web勉強会は自律して行わないとできないものです。各自本気で取り組んでください。
-
== 4/22/08 第2回事例研究 ==
 
-
場所：VBL3階会議室
+
ブレインストーミングでは福冨さんの案を中心に行いました。
-
今回は2年生が研究室に立ち寄って、実際に大腸菌を見せてもらったようです。
+
ほかのチームも福冨さんに負けず、自分たちの案を発表していきましょう。
-
実物を見るとさらにイメージがわくのではないでしょうか。（見てない人は別の機会にぜひ見せてもらいましょう）
+
-
3年生は学生実験などの事情で参加できませんでした。
+
-
今回は勉強会を兼ねてと考えていましたが、資料を配るだけになりました。読んできて、分からないところを質問する方式ということで。
 
-
事例研究については、予定に書いてある3人と川崎君がimperial 2007をレビューしました。
+
井山佳美
-
biobrickという話がまだ出ていないので、なかなか進めにくい状況かもしれません。
+
-
どんなことを、どのような方法で取り組んで、どのような結果になったのか、といったことを知ることを中心に話をしました。
+
== 6/26/08 第6回勉強会＆第28回ブレインストーミング==
-
事例研究をするということを中心にしたため、終わってから雑談が多かったのが残念です。
+
場所：VBL3階会議室
-
自然に企画案についてブレインストーミングできるようになれば進むのではないでしょうか。
+
-
2006,2007に出たすべてのプロジェクトについて一行程度でどのようなことをやったかということをまとめていくつもりです。
 
-
福冨浩樹
+
== 6/25/08 第27回ブレインストーミング==
 +
場所：工学部総合研究棟2階会議室
-
== 4/21/08 第4回ブレインストーミング ==
+
== 6/23/08 京都ＷＳ報告＆第26回ブレインストーミング==
-
 
+
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
今回はブレインストーミング第4回ということで手法を変えてみました。
+
「iGEMの基本理念」や本部ページの使い方など、京都ＷＳについて報告しました。
-
全員で話し合うのではなく、小さなグループに分けて議論の活性化を図りました。
+
-
これは2006年に実施していた方法で、うまくいっていたという話から今年もやってみることにしました。
+
ブレインストーミングの前半では、福富さんが出した出力系の案を元に話し合いました。
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全体で進めてもある程度成果が出ていたのですが、少人数にしたことでさらに活性化されたようです。
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ブレインストーミングのログについては後ほどアップします。
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後半は、ただ出力が蓄積されるのではなく、「料金制度」のような一定値にたまるとまた新たな出力がでるシステムについて議論しました。
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事例研究も担当を決め次回から少しずつやっていこうと考えています。
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6月も終わりです。システムだけでなく、そろそろ本格的に具体的なパーツについても話し合えなくてはいけませんね。
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事例研究とは別に以前のiGEMでのプロジェクトをタイトルだけスキャンするということをします。（少ない人数でさらっとという感じで）
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近いうちに梅野先生に時期を見て遺伝子工学についてのお話をしていただきます。
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頑張れ！（私も含めた）２年生！
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22日にteam resistrationが完了する予定です。 チームメンバーになるためには前回登録した内容に追加する必要があるのでアナウンスします。
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井山佳美
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福冨浩樹
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== 6/19/08 第25回ブレインストーミング＆実験 ==
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場所：VBL3階会議室
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以前に決めたチームごとに企画について話し合いました。
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== 4/19/08 第3回ブレインストーミング ==
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また2年生の2チームは協力して、不足している知識を各自が分担して調べてくることになりました。
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場所：工学部1号棟3階ゼミ室
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今回はチームレジストレーションが4/18に始まったので、レジストレーションをしました。
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本人たちが忘れないようにログをのこしておきます。
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全員居る時にできたので何度もやる手間を取らずに済みました。ただ、チームのレジストレーションが終わっていないので
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完了にはあと少しかかりそうです。
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それと同時にブレインストーミングをしていきました。
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*Taxis系：香取・川崎
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*色素系：久保・井山
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*感知菌に使えそうな事例研究：香取・川崎・久保・井山
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前回、川崎君がいなかったために川崎君に案を挙げてもらい、それを中心に話を進めていきました。
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井山佳美
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もっとホワイトボードを利用したり絵を使って話を進めていくほうがいいと感じました。
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ディスカッション自体は活発になりつつあるので、次回から少し方法を変えてやってみようかと思います。
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福冨浩樹
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== 6/16/08 第24回ブレインストーミング＆実験 ==
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場所：VBL3階会議室＆実験室
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== 6/14/08 第23回ブレインストーミング＆実験 ==
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場所：工学部1号棟3階ゼミ室＆実験室
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== 4/18/08 第1回事例研究&第2回ブレインストーミング ==
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冨永チームが実験を行い、福冨チームは資料収集を行いました。
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場所：VBL3階会議室
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過去の事例をいくつか紹介し、どのように進めるかといったことをしました。
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また積分表現について新たな案もだされました。ブレインストーミングのログは[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
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わかりやすい内容の2006年MITと2007年Melbourneを選んでみました。
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他にも興味をもったものについて少し話しました。
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後半は前日のブレインストーミング(プロジェクト案集め)で集まった案を
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井山佳美
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どのようにしたら面白くなるかということで、それぞれの案についてアイディアを出していきました。
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どのような話をしたかについては別なページを設けてまとめようと思います。
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去年やおととしに出た案に似たものもあるので、そのとき調べた内容を利用できるかもしれないのでチェックしてみてください。
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== 6/13/08 第22回ブレインストーミング＆実験 ==
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近いうちに担当を決めてわかりやすいものから事例研究も同時進行でやっていきたいと思います。
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場所：VBL3階会議室＆実験室
 +
 
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各自の予定から実験班を２班にわけて実験を行うことになりました。
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今回は冨永チームが実験を行い、福冨チームはVBLにて回路についての勉強やBSを行いました。
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以前よりもBSの知識の共有が難しいと思われるので、各自BSのログをこのページや1号棟のホワイトボードに載せていきましょう。
 +
 
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また、1号棟のホワイトボードの前の棚に、iGEMや合成生物学に関する資料をたくさん用意していただいたので、活用していきましょう。
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井山佳美
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福冨浩樹
 
 +
== 6/12/08 テーマ決定＆以後の計画会議 ==
-
== 4/17/08 第4回iGEM勉強会&第1回ブレインストーミング ==
 
場所：VBL3階会議室
場所：VBL3階会議室
-
今回は初めて具体的なプロジェクト案をあげていきました。
+
今年のiGEM-Chibaのテーマは『積分システム』に決定しました。
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今回で勉強会がメインというのは、ブレインストーミングや事例研究が入ってくるために最後になるかもしれません。
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これからのブレインストーミングに向け、ポスター発表の際に先生や先輩方からいただいたアドバイス内容を共有しました。
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まず前半に「転写制御:Lacオペロン」という題目で、転写制御についてLacオペロンを例にあげて知っていこうとしました。
+
アドバイス内容は[[Team:Chiba/BS |こちら]]から。
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今回は、重要な部分を抽出して、あと足りないと思ったところや、さらに知りたい部分については自分で調べるような形式をとりました。
+
-
時間を短縮することもでき、この方法をとっていくつもりです。
+
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※転写制御をさらにしりたい人は「遺伝子発現のオンとオフ : ファージからヒトまで」がお勧めです。大学図書館にあります。
+
-
後半はそれぞれがどのような企画を考えているかを発表していきました。梅野先生や、研究室の先輩方に参加していただきコメントをしていただきました。
+
また、グループ内コンペを行うために4つのチームを以下のように決定しました。
-
初めてのプロジェクト案の発表ということで、2年生からのコメントが少なかったようなのでどんどん話せるようになったらと思います。
+
　　① 冨永・小林チーム
-
今日あがったプロジェクト案を発表をしたのですが、紙に書いたりしていないので次回は絵つきでプロジェクト案を提出してもらおうと思います。
+
　　② 福冨・杉山チーム
 +
　　③ 香取・川崎チーム
 +
　　④ 井山・久保チーム
-
プロジェクト案をあげていくというところまで来ました。もう少しプロジェクト案をあげていくということをしていこうと思います。
+
これからのiGEM-Chibaがやるべきことについて、梅野先生からアドバイスをいただきました。
-
それぞれが自分のだけをよくしていくのではなく、他の人のプロジェクト案にも一つでもよくなるようにコメントしていくということをしましょう。
+
各自PCを持ち寄り、より多くの情報に触れられるよう努力する必要がでてきました。
-
一人一つずつ上げていけば合計8個改善点が上がるはずです。自分では考えなかったことが出てくると思うので是非やっていきましょう。
+
アドバイス内容『これからやっていくべきこと』を載せておきます。
-
次回はブレインストーミング第2回を予定しています。
 
-
福冨浩樹
+
梅野先生より
 +
『これからやっていくべきこと』
-
== 4/14/08 第3回iGEM勉強会 ==
+
1　積分する、ということの説明
 +
数学的にはどういうことか、実学的にはどういうことか、分かり易い説明をつくる。
 +
次に、世の中ではどんな積分値が測定されているかを限界まで書き出す。
 +
上で書き出したものでイントロになりそうなものを幾つかピックアップしよう。
 +
　　バクテリア／遺伝子回路をつかって積分すると、どうして面白いのか。
-
場所：VBL3階会議室
+
　　Biologicalなpartsだからこそ、向いている（得意）積分計算とは？
-
今回この場所を使うのが初めてで、気分を一新してスタートです。
+
-
今回の題目は「セントラルドグマ」ということで、参考書を利用してDNAの転写からタンパク質の生合成までの流れを理解することを目指しました。
+
2　積分装置をbiological partsでつくる方法；その具体論
-
参考書を利用することで見通しをよくして、話を進めようとしましたが、どこまでがわかっているのかを確認しつつ進めていったために難航しました。
+
色素合成／移動にくわえ、増殖なども考えられる。
-
今回の参考書をよく読めばわかると考えたが、肝心の資料の配布が手間取りうまくいかなかったようです。配布する方法の改善が必要かもしれないと感じました。
+
どんな回路で積算をするか。その回路図を設計
 +
どのように「積分値がとれている」ことを示すか、その具体案
 +
２名からなる４チームで競うグループ内コンペを提案したい
-
時間的問題もあって、省略した部分もかなりあり復習をできればしてもらいたいです。
 
-
今回もDNAの転写、リボソームによるmRNAからの翻訳を動画を見ることによって理解をイメージを湧きやすくしていきました。
 
-
実際、それぞれがまだはっきりとわかっていない点が多いかもしれないので、そこは教えあうような環境作りなどが必要かもしれません。
 
-
どこを疑問に思っているかを表現できれば、先に進むチャンスだと思います。
 
-
また、知っている人にとっては教科書的記述の多い部分なので少し退屈かもしれないので、さらに発展的な内容を盛り込んでいけば全体の活気もさらに上がっていくでしょう。
+
3　バクテリア（積分）計算における「超えるべき壁」
-
この点についても考えていきたいです。
+
-
次回は「転写制御・Lacオペロン」を予定しています。
+
3-1.入力値と出力（積算されるもの）のリニアな関係
 +
入力値が二倍なら、単位時間あたりに積み上げる値も二倍となるために
-
福冨浩樹
 
 +
3-2.入力の変化に対する積算の追従性
 +
入力が消えたとき、積算活動は速やかに停止
 +
3-3.さまざまな入力値に対応するために
 +
統一された、入力と積算値の仲介システムが必要
-
== 4/11/08　第2回iGEM勉強会 ==
 
-
場所：工学系総合研究棟2階会議室1
+
3-4.最後の積算値は、他のバクテリアに「読み出し可能」であることが望ましい。
-
今回の題目は「細胞、微生物学・細胞ロボットとは?」ということで、まずはこれから扱う微生物のことに焦点を当ててその性質、構造などを理解することを目指しました。
+
-
大腸菌の構造図や、タキシスする様子や分裂の様子を撮ったビデオを利用して話を進めていきました。ミクロな視点から見た微生物を中心し進めていきました。
+
-
※補足　細胞分裂は約40分に一度起こるらしいです。
+
-
話を進めていく中で分からない点があれば質問をしやすくしていき、 前回よりもインタラクティブに進めることができたと感じた。
+
-
後半は細胞ロボットとは？ということをで、そのイメージ作りをしやすくできればという内容にしていきました。
 
-
まずは、現在自分の持っているロボットのイメージをあげてもらい、細胞ロボットと通じる点を見つけていくことから始めました。
 
-
その後、過去の千葉チームでの企画を紹介し、さらに具体性を持たせることにしたました。どのような手順を踏んで細胞ロボットはデザインされていったのかを知ってもらうことが目的でした。
 
-
これで、細胞ロボットとはというイメージをそれぞれが確立できたと思うので、ブレインストーミングの手前までは行くことができると思います。
 
-
次回はセントラルドグマについてを中心に進めたいです。
 
-
福冨浩樹
+
4　実験基礎講座→予備実験
 +
　-通信装置の種類を揃える（→たぶんこいつらが仲介装置になる）
 +
　-色素合成や移動（出力／積算値）を体験
-
== 4/09/08　第1回iGEM勉強会 ==
 
-
場所：工学系総合研究棟2階会議室1
+
5A　なにかしら使えそうなParts/ DeviceをBiobrickから「血眼で」探す。
-
今回の題目は「iGEMとはなにか？」ということで公式WEBページの内容とErika Checkの書いた記事を使って進めました。
+
5B　類似研究がないかどうか、iGEMおよびPubMedやGoogle Scienceなどで調べ倒す；あれば必ず仲間に周知／精査
-
Webページの内容については本部からの1次情報を読みすすめ、どのようなものなのか、また何が必要なのかなどを理解するところから始めました。
+
-
Erikaの記事ではジャーナリストの目からからみた（客観的に見た）、iGEMとはを知ることで、これから自分たちがやろうとしていることに具体性を持たせていきました。
+
-
また過去のチームがどのようなことをしたのかにも少し触れていった。多少イメージがくふらませていければと思います。（プレ事前研究といったところ）
+
-
後半は、今後の方針についての話
 
-
年間予定の確認や、役割分担、そして勉強会の進め方について。
 
-
役割分担は、まだはっきりしたことが決まらずまだ分担にまでは至りませんでした。
 
-
今後の勉強会の進め方について。
 
-
講義形式（前にだれかが立って話をする）にするのか、または、ディスカッション形式（事前に読んできて分からなかった点について解消していく）にするのかを選択するようにしました。
 
-
今回は講義形式で進めたので、次回はディスカッション形式にしてみて、どちらがいいかの選択をしてもらいます。
 
-
今回が第1回目であり多少手探り状態であったために、不安感を与えたかもしれないです。
+
6.　いろんな周辺知識を英語で読もう。
 +
いまのうちから英語なれ！
-
福冨浩樹
 
 +
7.　事例研究再び；もう少しマシな理解でできるかも
 +
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以上です。まずは1や２から、どんどん始めて行きましょう。
-
[[Team:Chiba |Home]] / [[Team:Chiba/Internal |Internal]] / [[Team:Chiba/News|おしらせ]] / [[Team:Chiba/Meeting|Meeting]] / [[Team:Chiba/Study|勉強会ログ]] / [[Team:Chiba/BS |BS]] / [[Team:Chiba/kks |企画発案者による企画紹介]] / [[Team:Chiba/Graveyard|Graveyard]]
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井山佳美
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{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/j|ホーム]]
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/Team/j|メンバー紹介]]
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/Project/j|プロジェクト紹介]]
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/Parts/j|作成したDNAパーツ]]
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/Internal|ノート]]
 +
|}

Latest revision as of 11:32, 14 December 2008

ホーム メンバー紹介 プロジェクト紹介 作成したDNAパーツ ノート


テーマ決定後のログです。


最新のログは こちらから。

過去のログはこちらから。

第1期ログ/ 第2期ログ/ 第3期ログ

Contents

7/17/08

場所：1号棟ゼミ室

参加者：福冨・冨永・小林・香取・川崎・杉山・井山

VBLは国際会議に使用されるということで本日はゼミ室で行いました。 福冨さんが現段階で使えそうな難代謝性物質を挙げて下さいました。以下に示します

(regulater)　　　　(inducer)

DmpR 　　　　　　　　methl phenol　

PcaR 　　　　　　　　p-hydroxybenzoate

CatR 　　　　　　　　cis,cis-muconate

PrmR 　　　　　　　　n-alkane

AreR 　　　　　　　　benzyl alkanoate

BenR 　　　　　　　　benzoate

salR 　　　　　　　　salicylate esters

試験休み前に集まれる最後の機会ということで夏休みから11月にかけての具体的な行動計画を決めるまでには至りませんでしたが、希望としては

８月中　　　　　　PCR、cloningできるようになる、パーツ集める、作る

９月頭　　　　　　デバイス出来上がる

中旬　　　　　　　調節（リボソームの量など）、同時に実験データ取ってく

１０月　　　　　　wikiや発表練習。　原則実験はしない、補足などどうしても必要な実験がある場合はする 　　　　　　　　　

（追加）　　　　 ８月中に基本的な実験をやりながらもパワポなどの発表資料を作っていけば、どういうデータが必要なのか、どこを強調したいのかなどが見えてきてその後の実験も効率的に行えますね。

という感じです。


川崎

7/14/08 実験班会議

場所：VBL3階会議室

参加者：福冨・冨永・小林・香取・井山・（久保・杉山）



7/12/08 企画発表会

場所：1号棟3階視聴覚室

参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・杉山・井山


今まで話し合ってきた企画の概要を、梅野先生や研究室の先輩方の前で発表しました。

私たちのために時間を割いてくださり、本当にありがとうございました。

まとめて発表することにより、今まで以上に問題点や必要であることが明確化されたと思います。


また、今回の発表に関してはメンバー内で同じことを話し合っていても、

各自が考えるテーマ内容が少しずつ違っているということがわかりました。

全員の考えを統一する必要は現時点ではないと思いますが、今回の発表会では改めて情報共有の工夫が必要であると感じました。

少しでも疑問を感じたらすぐ、他のメンバーに質問するようにしていきましょう。


また、先生や先輩方から様々なアドバイスをいただいたので、以下に掲載します。

たくさん勉強するべきことが見えてきました。

  • イントロの用意
  • フェノール系の情報（大腸菌内でチロシンはあるのであまりチロシンからの合成はやらないほうがいい。チロシン以外でも作れないか。）
  • フェノールのオペロン周りの情報
  • フェノール以外のシグナル分子の検索
  • シグナル分子を合成する、あっという間に消えるような合成酵素
  • プロモーターたんぱくの勉強（アクティベーターでの問題が昨日は中心でした）
  • リニアである条件の確認


情報収集に関して今まで先輩方に依存しがちでしたが、２年生もそろそろ自分たちで資料を集めていきましょう。


井山佳美


7/11/08 第36回ブレインストーミング＆企画発表会について

場所：VBL3階会議室

参加者：福冨・冨永・小林・川崎・杉山・（井山）


7/10/08 第35回ブレインストーミング＆実験班について

場所：VBL3階会議室

参加者：福冨・冨永・小林・川崎・香取・久保・杉山・井山


前半はブレインストーミングで、先日話し合ったシステム概要の確認と、新たなシステム案について話し合いました。

積分システムの要である、[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.99.2 シグナル分子の資料]を福冨さんが見つけてきてくださったので、かなり議論を進めることができました。

これでネックとなっていた部分も解消されそうです。


システム概要があらかた固まったところで、実験班分けを行いました。

実験テーマとメンバーは以下の通りです。

α-Team

  • シグナル分子システム作成班
  • 冨永将大 Masahiro Tominaga
  • 川崎浩平 Kohei Kawasaki
  • 久保喬義 Takayoshi Kubo
  • 杉山まい Mai Sugiyama


β-Team

  • 出力システム作成班
  • 福冨浩樹 Hiroki Fukutomi
  • 小林あおい Aoi Kobayashi
  • 香取崇広 Takahiro Katori
  • 井山佳美 Yoshimi Iyama


井山佳美


7/7/08 第34回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室

参加者：福富・冨永・小林・香取・久保・杉山・井山


企画概要がほぼ確定しました。

あと7月中にやるべきことは人工分子合成に関する調査になります。

システムが固まってきたので実験のグループ分けについてもこれから調整していきます。

やっとここまできました。8月からの実験が楽しみですね。

井山佳美


7/5/08 調査内容の報告＆第33回ブレインストーミング

場所：工学部1号棟3階会議室

参加者：香取、小林、冨永、福富、Craigさん


Craigさんを交え、「調査内容の報告」および「システム案の提案」を行いました。

調査内容の詳細は、勉強会のログに、随時記載されていきますので、ご確認ください。

システム案は、特に福富くんの「ステップスイッチ」について話し合いました。

案の詳細は、福富くんが画像付きで載せてくれています。

冨永将大


補足：

今まで、移動系、色素系、分裂系がありましたが、今現在システム全体が書き出せるものは

「物質合成→積算＆コミュニケーション→output」

の色素系であります。移動系のアイデアには、積算値が戻らないという利点があります。

しかしその位置情報を大腸菌に認識させるという、積算の次のステップのシステムが現在出されていません。

分裂系も、２のn乗で増えていくので色素系と比較すると問題点が多いです。

テスト前まで色素系を進めていこうかという話をしました。もちろん分裂系、移動系は棚上げで。


５日に話した色素系に必要な条件を書き出します。

・リニアなプロモーター

・分解しないコミュニケーション分子の選択

・上記分子合成を行うタンパク質の発現はレスポンスが良くなければならない。

小林


7/4/08 予備調査

場所：VBL3階会議室

梅野先生を交え、ブレインストーミングを行いました。

新しく出た案、考え方がありました。梅野先生ありがとうございました。

各調査における質問等もできたと思います。よりよいwikiにしけいたらなと思います。

明日は古林さんが話をしてくれるそうです。よろしくお願いします。

杉山まい


7/3/08 予備調査

場所：VBL3階会議室

４つのグループに分かれて調査を行っています。そのため今回は3人でブレインストーミングを行いました。

福冨案について考えました。

それぞれが必要となる項目を調べているので企画がより具体的になっていくのではないかと思います。

調べたことはがんがん企画内容制作の過程を企画ページに載せていきましょう！

杉山まい


6/30/08 役割分担＆予備調査

場所：VBL3階会議室

企画内容を決定する際に予備知識について4つのテーマでグループを編成し、

調べてきたものを勉強会ログに各自がアップすることになりました。

チーム編成とそれぞれのテーマは以下の通りです。


①バイオブリックパーツを挙げる ：福富、杉山

②入力の追従性を高めるためには？ ：冨永、香取

③（入力に対して）リニアなプロモーターにはどんなのがある？ ：小林、久保

④読み出し可能な出力って？ ：井山、川崎


  • 留意事項
だめなものも書きだす！！（重要）
わからないことがあれば聞く（わからないままにしない）


また、これと平行して各自の企画内容も今までどおり固めていきますが、

その過程を企画発案者による企画紹介ページに各自が掲載していく方法をとることで、BSの時間の短縮・作業の効率化をはかるつもりです。

時間がないです。頑張っていきましょう！

井山佳美


6/28/08 第1回企画中間発表＆第30回ブレインストーミング

場所：工学部1号棟3階ゼミ室

Melbourne卒、東京大学院生のCraigさんを交えて、企画中間発表とブレインストーミングを行いました。

今まで考えなかったこと、改善点などについて指摘や提案をしてくださったので、Chiba Teamとしても良い刺激になったと思います。

またのお越しをお待ちしております。


井山佳美


6/27/08 方針決め会議＆第29回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室


前半は古林さんに来ていただき、これからの方針について話し合いました。

8月に入り次第本格的な実験にうつるためには、7月中旬のテスト休みの前に今年のiGEM-Chibaのテーマを決定しておく必要があります。

そこでこれからの予定としては、先日決めたチームごとに企画を完成させていき、7月10日までに紙面化して提出＆発表します。

また勉強会では、2年生が全員揃う曜日が少ないこと、時間がないことを考慮し、Web勉強会をすることになりました。

Web勉強会は自律して行わないとできないものです。各自本気で取り組んでください。


ブレインストーミングでは福冨さんの案を中心に行いました。

ほかのチームも福冨さんに負けず、自分たちの案を発表していきましょう。


井山佳美

6/26/08 第6回勉強会＆第28回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室


6/25/08 第27回ブレインストーミング

場所：工学部総合研究棟2階会議室


6/23/08 京都ＷＳ報告＆第26回ブレインストーミング

場所：VBL3階会議室

「iGEMの基本理念」や本部ページの使い方など、京都ＷＳについて報告しました。

ブレインストーミングの前半では、福富さんが出した出力系の案を元に話し合いました。

後半は、ただ出力が蓄積されるのではなく、「料金制度」のような一定値にたまるとまた新たな出力がでるシステムについて議論しました。

6月も終わりです。システムだけでなく、そろそろ本格的に具体的なパーツについても話し合えなくてはいけませんね。

頑張れ！（私も含めた）２年生！

井山佳美

6/19/08 第25回ブレインストーミング＆実験

場所：VBL3階会議室

以前に決めたチームごとに企画について話し合いました。

また2年生の2チームは協力して、不足している知識を各自が分担して調べてくることになりました。

本人たちが忘れないようにログをのこしておきます。

  • Taxis系：香取・川崎
  • 色素系：久保・井山
  • 感知菌に使えそうな事例研究：香取・川崎・久保・井山

井山佳美

6/16/08 第24回ブレインストーミング＆実験

場所：VBL3階会議室＆実験室

6/14/08 第23回ブレインストーミング＆実験

場所：工学部1号棟3階ゼミ室＆実験室

冨永チームが実験を行い、福冨チームは資料収集を行いました。

また積分表現について新たな案もだされました。ブレインストーミングのログはこちらから。

井山佳美

6/13/08 第22回ブレインストーミング＆実験

場所：VBL3階会議室＆実験室

各自の予定から実験班を２班にわけて実験を行うことになりました。 今回は冨永チームが実験を行い、福冨チームはVBLにて回路についての勉強やBSを行いました。 以前よりもBSの知識の共有が難しいと思われるので、各自BSのログをこのページや1号棟のホワイトボードに載せていきましょう。

また、1号棟のホワイトボードの前の棚に、iGEMや合成生物学に関する資料をたくさん用意していただいたので、活用していきましょう。

井山佳美


6/12/08 テーマ決定＆以後の計画会議

場所：VBL3階会議室

今年のiGEM-Chibaのテーマは『積分システム』に決定しました。

これからのブレインストーミングに向け、ポスター発表の際に先生や先輩方からいただいたアドバイス内容を共有しました。 アドバイス内容はこちらから。

また、グループ内コンペを行うために4つのチームを以下のように決定しました。 　　① 冨永・小林チーム 　　② 福冨・杉山チーム 　　③ 香取・川崎チーム 　　④ 井山・久保チーム

これからのiGEM-Chibaがやるべきことについて、梅野先生からアドバイスをいただきました。 各自PCを持ち寄り、より多くの情報に触れられるよう努力する必要がでてきました。 アドバイス内容『これからやっていくべきこと』を載せておきます。


梅野先生より

『これからやっていくべきこと』

1　積分する、ということの説明 数学的にはどういうことか、実学的にはどういうことか、分かり易い説明をつくる。 次に、世の中ではどんな積分値が測定されているかを限界まで書き出す。 上で書き出したものでイントロになりそうなものを幾つかピックアップしよう。 　　バクテリア／遺伝子回路をつかって積分すると、どうして面白いのか。

　　Biologicalなpartsだからこそ、向いている（得意）積分計算とは？


2　積分装置をbiological partsでつくる方法；その具体論 色素合成／移動にくわえ、増殖なども考えられる。 どんな回路で積算をするか。その回路図を設計 どのように「積分値がとれている」ことを示すか、その具体案 ２名からなる４チームで競うグループ内コンペを提案したい


3　バクテリア（積分）計算における「超えるべき壁」

3-1.入力値と出力（積算されるもの）のリニアな関係 入力値が二倍なら、単位時間あたりに積み上げる値も二倍となるために


3-2.入力の変化に対する積算の追従性 入力が消えたとき、積算活動は速やかに停止


3-3.さまざまな入力値に対応するために 統一された、入力と積算値の仲介システムが必要


3-4.最後の積算値は、他のバクテリアに「読み出し可能」であることが望ましい。


4　実験基礎講座→予備実験 　-通信装置の種類を揃える（→たぶんこいつらが仲介装置になる） 　-色素合成や移動（出力／積算値）を体験


5A　なにかしら使えそうなParts/ DeviceをBiobrickから「血眼で」探す。 5B　類似研究がないかどうか、iGEMおよびPubMedやGoogle Scienceなどで調べ倒す；あれば必ず仲間に周知／精査


6.　いろんな周辺知識を英語で読もう。 いまのうちから英語なれ！


7.　事例研究再び；もう少しマシな理解でできるかも


以上です。まずは1や２から、どんどん始めて行きましょう。

井山佳美

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