"
Team:KULeuven/14 July 2008
From 2008.igem.org
(Difference between revisions)
| Line 27: | Line 27: | ||
maak memory <br> | maak memory <br> | ||
hang deel 2 cell death (ccdB) achter deel 1 <br> | hang deel 2 cell death (ccdB) achter deel 1 <br> | ||
| + | |||
| + | == Modeling == | ||
| + | |||
| + | # Herbekijken deelcomponenten in CellDesigner | ||
| + | # Plugin SBML Squeezer geinstalleerd voor automatische generatie ODE stelsels | ||
| + | # Zoektocht gestart naar kinetische parameters (verzameling aangelegd in [[Team:KULeuven/Modeling]] page | ||
| + | ## Degradatie voor pT7 met LVA tag bekomen uit interpolatie LVA invloed op GFP afbraak, aangenomen dat dit geldig is voor eender welk proteine, en dus eveneens voor T7 polymerase | ||
| + | ## ? | ||
Revision as of 22:18, 14 July 2008
We will meet at 11 o'clock in room 00.210
Testing the system
voor gebruik INPUT, gebruik/test deel 1 van Cell Death Part (luxR, TetR onder constit promotor)
- Test input output as such (= test OmpR promotor etc)
- MEMORY TEST
- tot aan 2de terminator set, change c2 P22 to GFP
- anti-LuxI --> quantitate with Q-RT-PCR (vergelijk met LuxI expressie INVERTER)
- T7 karakterisatie (met LVA tag)
- oftewel met Ab's (Western blot of ...), p(T7)-GFP
- FILTER TEST = filter + p(T7)-lock3d-GFP
- INVERTER TEST: Q-RT-PCR LuxI
- PULSE GENERATOR TEST: aiiA --> GFP
- CELL DEATH: Entire system with YFP ofzo ipv ccdB
input
test met output
hang filter achter input
- karakterisatie filter via korte pulsen
- test pulse generator
maak inverter
maak memory
hang deel 2 cell death (ccdB) achter deel 1
Modeling
- Herbekijken deelcomponenten in CellDesigner
- Plugin SBML Squeezer geinstalleerd voor automatische generatie ODE stelsels
- Zoektocht gestart naar kinetische parameters (verzameling aangelegd in Team:KULeuven/Modeling page
- Degradatie voor pT7 met LVA tag bekomen uit interpolatie LVA invloed op GFP afbraak, aangenomen dat dit geldig is voor eender welk proteine, en dus eveneens voor T7 polymerase
- ?
