Team:Chiba/kks

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企画発案者による企画紹介のページ

Hiroki Fukutomi

細胞分裂によって細胞数が変われば、測定値にずれが生じてしまうことが予想される。たとえばAHL量にしても、AHLを作る側が多くなってしまえば、全体としてのAHL量が多くなってしまう。そのため、細胞分裂を考慮しなければならない。

または、細胞分裂を積分値として利用するようにした方が楽かも知れない。積分値として細胞数を利用するためには細胞分裂のメカニズムを調べる必要がある。

ステップスイッチ

mluxRは感度のいい（低濃度でも発現する）luxRである。

ある一定の濃度範囲で特定の遺伝子を発現し、細胞の状態を変化させることで濃度を知る。

多くのプロモーター、リプレッサー使い組み立てる。入力となるものは、AHLの濃度としている。(レセプターの感度を変化させる変異を知っているから)

上のアニメーションのようにすることで、一つのインプットの量に応じてアウトプットを別々のものを出すことができる。
半透明の部分は発現していない部分を表す。

この方式の場合、別々の出力になるが、同一の出力でその量をコントロールするという方法もある。

Mai Sugiyama

積分菌（ためる）→（一定量たまる）

→（output）積分値によって細胞分裂の回数が変わる。

何回細胞分裂を行ったかの判断方法：色素を出す。回数が多いほど色素は薄くor濃くなっていく。

問題点：細胞分裂の調整、色素の出し方（濃淡）

Masahiro Tominaga

入力によって、オシレーションをしている回路に偏りを生じさせる。一細胞系。入力の強度と時間に応じて、オシレーションフェイズが変化。強く、長い入力であるほど、GFPを発現するフェイズが長くなるように。

pCI,ptet,placによってオシレーションしている回路。ｐCIの下流にsuper-fast GFP。

Pc-luxR-plux-lacI-plac-tetR
ptet-cI
pcI-lacI-GFP(with degradation tag)

Aoi Kobayashi

Kohei Kawasaki

概要

複数の大腸菌それぞれに単位時間ごとの入力を感知させて、各大腸菌のouput(色素として)

　を最終的に足し合わせて積分値とする。単位時間に分けることで色素のダイナミックレンジ　の狭さを解消。

Takahiro Katori

川崎案ぷらすα 例えば３種類の大腸菌（①、②、③）がいたとする。こいつらはすべて磁石で引っ張れるようにビーズをくっつけておく。

３種類ともそれぞれ同じように進む（磁石で引っ張られる）。そして光の入力があると、0－1hの間は①大腸菌だけが色素を合成し、時間が来たところでビーズ放す。これと同時に②大腸菌が1-2hの間光の入力で色素を合成する。また時間が来ると色素合成をやめ、ビーズを放す。③もこれと同じ。これにより光の入力に対する上限がなくなり、ダイナミックレンジが広くなる。

というの案だったのですが、話し合ってみると確かにダイナミックレンジに関してはいいがこれを積分菌がどうやったら感知できるのか？、一定の時間ごとに区切って大腸菌に何かのactionを起こさせることはできるのか？などの疑問が出てきました。

Takayoshi Kubo

概要

入力された信号（光等）の積算値をAHL等の化学物質の濃度勾配に変換し、各濃度ごとに色素で表現すると共に対応するシグナル分子を出す

構成(暫定)

センサー部分(入力→AHL放出)、積分部分(AHL濃度に応じたシグナル分子放出)

Yoshimi Iyama

システム概要として

感知菌①

↓

オートインデューサー

（シグナル分子）

↓

積分菌

↓

（積分値･･･分子の濃度）

↓

感知菌②③④

もともとデバイスを別々の系統で分けておく。後に説明。

感知①･･･1匹で光、蛋白質など、複数の物質に反応しする。「N-アシル-L-ホモセリンラクトン（AHL）」を出力。

「AHLアシラーゼ」「AHLラクトナーゼ(aiiA)」などのAHLを分解する遺伝子も組み込んでおく。

AHLの生産と分解を同時に行うことによって、積分菌への入力を緻密なものにする。

積分･･･感知①より受け取ったAHLを元に消えにくいシグナル分子を出力。

消えにくいシグナルは現在調査中。走行タイプの方が無難？？

感知②③④･･･クオーラムセンシングで、カロテノイドを出力。（カロテノイドは最終出力として早いので良いと考えた）

②、③、④はそれぞれ別の濃度に反応する。だから別の系統（いれもの？）に分けてある。
これにより、段階的に積分値を出すことが出来ると考えた。

カロテノイドに反応するような別のシステムがあれば、このシステム自体を一つのスイッチとしてとらえることが出来る。

--Yoshimi 01:54, 5 July 2008 (UTC)

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-[[Team:Chiba |Home]] / [[Team:Chiba/Internal |Internal]] / [[Team:Chiba/News|おしらせ]] / [[Team:Chiba/Meeting|Meeting]] / [[Team:Chiba/Study|勉強会ログ]] / [[Team:Chiba/BS |BS]] / [[Team:Chiba/kks |企画発案者による企画紹介]] / [[Team:Chiba/Graveyard|Graveyard]]
+<html><link rel="stylesheet" href="https://2008.igem.org/wiki/index.php?title=User:Maiko/chiba.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
-----
+{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
+!align="center"|[[Team:Chiba/j|ホーム]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Team/j|メンバー紹介]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Project/j|プロジェクト紹介]]
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+!align="center"|[[Team:Chiba/Internal|ノート]]
+|}
+'''企画発案者による企画紹介のページ'''
+----
 == Hiroki Fukutomi ==
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 または、細胞分裂を積分値として利用するようにした方が楽かも知れない。
-積分値として細胞数を利用するためには'''細胞分裂のメカニズムを調べる必要がある'''。
+積分値として細胞数を利用するためには細胞分裂のメカニズムを調べる必要がある。
+=== ステップスイッチ ===
+[[Image:Stepswitch_chiba_draft.gif]]
+*mluxRは感度のいい（低濃度でも発現する）luxRである。
+ある一定の濃度範囲で特定の遺伝子を発現し、細胞の状態を変化させることで濃度を知る。
+多くのプロモーター、リプレッサー使い組み立てる。
+入力となるものは、AHLの濃度としている。(レセプターの感度を変化させる変異を知っているから)
+上のアニメーションのようにすることで、一つのインプットの量に応じてアウトプットを別々のものを出すことができる。<br>
+半透明の部分は発現していない部分を表す。
+この方式の場合、別々の出力になるが、同一の出力でその量をコントロールするという方法もある。
+<html>
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+</html>
 == Mai Sugiyama ==
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 == Masahiro Tominaga ==
+入力によって、オシレーションをしている回路に偏りを生じさせる。一細胞系。
+入力の強度と時間に応じて、オシレーションフェイズが変化。強く、長い入力であるほど、GFPを発現するフェイズが長くなるように。
+pCI,ptet,placによってオシレーションしている回路。ｐCIの下流にsuper-fast GFP。
+*Pc-luxR-plux-lacI-plac-tetR
+*ptet-cI
+*pcI-lacI-GFP(with degradation tag)
 == Aoi Kobayashi ==
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 入力された信号（光等）の積算値をAHL等の化学物質の濃度勾配に変換し、各濃度ごとに色素で表現すると共に対応するシグナル分子を出す
-次回更新の予定は2008/06/30
+'''構成(暫定)'''
+センサー部分(入力→AHL放出)、積分部分(AHL濃度に応じたシグナル分子放出)
 == Yoshimi Iyama ==
 システム概要として
+{|border = "1"
+|-
+|rowspan="10"|
 '''感知菌①'''
+:↓
-　　↓
+オートインデューサー
 （シグナル分子）
+:↓
+'''積分菌'''
+:↓
+（積分値･･･分子の濃度）
+:↓
+'''感知菌②③④'''
+|
-　　↓
+ もともとデバイスを別々の系統で分けておく。後に説明。
-'''積分菌'''
+感知①･･･1匹で光、蛋白質など、複数の物質に反応しする。「N-アシル-L-ホモセリンラクトン（AHL）」を出力。
+::「AHLアシラーゼ」「AHLラクトナーゼ(aiiA)」などのAHLを分解する遺伝子も組み込んでおく。
-　　↓
+::AHLの生産と分解を同時に行うことによって、積分菌への入力を緻密なものにする。
-（積分値･･･分子の濃度）
-　　↓
+積分･･･感知①より受け取ったAHLを元に消えにくいシグナル分子を出力。
-'''感知菌②③④'''
+ 消えにくいシグナルは現在調査中。走行タイプの方が無難？？
-詳細は後で載せます。
+感知②③④･･･クオーラムセンシングで、カロテノイドを出力。（カロテノイドは最終出力として早いので良いと考えた）
---[[User:Yoshimi|Yoshimi]] 00:53, 29 June 2008 (UTC)
+ ②、③、④はそれぞれ別の濃度に反応する。だから別の系統（いれもの？）に分けてある。
+ これにより、段階的に積分値を出すことが出来ると考えた。
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+|}
-[[Team:Chiba |Home]] / [[Team:Chiba/Internal |Internal]] / [[Team:Chiba/News|おしらせ]] / [[Team:Chiba/Meeting|Meeting]] / [[Team:Chiba/Study|勉強会ログ]] / [[Team:Chiba/BS |BS]] / [[Team:Chiba/kks |企画発案者による企画紹介]] / [[Team:Chiba/Graveyard|Graveyard]]
+'''カロテノイドに反応するような別のシステムがあれば、このシステム自体を一つのスイッチとしてとらえることが出来る。'''
+--[[User:Yoshimi|Yoshimi]] 01:54, 5 July 2008 (UTC)
+{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
+!align="center"|[[Team:Chiba/j|ホーム]]
+!align="center"|[[Team:Chiba/Team/j|メンバー紹介]]
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