Team:Chiba/protocol/phenotype/timedelay/j

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== Time-delay check==
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== Time-delay check(冨永)==
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=== 目的 ===
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=== 目的 Purpose===
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T9002を導入した大腸菌は、AHL存在下でGFPを発現する。各種のAHL合成菌を添加し、添加後の蛍光強度の時間変化を調べる。
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To Confirm that communication using non-endogenous molecules results in slower
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activation of receivers.
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=== 装置 & 試薬 ===
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=== 装置 and 試薬 Equipments　and Materials ===
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*装置
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====装置 Equipment====
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**しんとう培養器(37℃,30℃)
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*shaking incubator(37°C,30°C)
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**46 well plate(deep well)
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**Innova 4200 Benchtop or Floor-Stackable Incubator Shaker(37°C)
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**Fluoroskan Ascent 2.5(program:Ascent Software Version 2.6)
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**タイテック BioShaker BR-33FM(30°C,200rpm)
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*46-well plate(deep well)
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*Fluoroskan Ascent 2.5(program:Ascent Software Version 2.6)
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*Beckman Allegra<sup>tm</sup> X-12R Centrifuga(Beckman Coulter)
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*試薬
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====試薬 Materials====
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**AHL(100uM,5uM,100nM)
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*AHL(100uM)
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**E.coli BW⊿FliC Culture Containing T9002
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*E.coli Culture Containing T9002
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**E.coli BW⊿FliC Culture Containing K084007
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*E.coli Culture Containing plasmids you will testing
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**E.coli BW⊿FliC Culture Containing K084008
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**E.coli BW⊿FliC Culture Containing K084009
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**E.coli BW⊿FliC Culture Containing S03623
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あるいはXL10GOLD Cultere
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=== プロトコル Protocol ===
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=== プロトコル ===
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====プレ培（O/N,測定日の前日）,Culturing overnight (before the testing day):====
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プレ培（O/N,測定日の前日）
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*グリセロールストックからpickして、37℃しんとう培養器で一晩培養する(LB-Amp液体培地,2ml,37℃)。
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翌日<Br>
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*グリセロールストックからpickして、37℃しんとう培養器で一晩培養する(LB-Amp液体培地,2mL,37°C )。
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T9002
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#Inoculate all cultures you will testing from gloycerol stocks into 2mL of LB-ampicillin liquid medium.
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*培養液100μLを、40mlのLB-Amp液体培地に加え、37℃で6-8時間しんとう培養する。
+
#Also inoculate a culture containing T9002 into 2mL of LB-ampicillin liquid medium.
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*Wash(T9002)-->培養液を50mlファルコンチューブに、10mlずつ分注。
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#Incubate all cultures with shaking at 37°C(O/N).
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====翌日,Following day====
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日本語
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*T9002
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#培養液100μLを、40mlのLB-Amp液体培地に加え、37℃で6-8時間しんとう培養する。
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#Wash(T9002)-->培養液を50mlファルコンチューブに、10mlずつ分注。
:-->3500rpmで6分間遠心。上澄みを捨てる。
:-->3500rpmで6分間遠心。上澄みを捨てる。
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*新しいLB-Amp培地を10mlずつ加え（1倍希釈）、pipettingにより再懸濁。
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#新しいLB-Amp培地を10mlずつ加え（1倍希釈）、pipettingにより再懸濁。
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*48　deep well plateに、1mlずつ分注。
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#48　deep well plateに、1mlずつ分注。
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others
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*培養液12.5μLを、5mlのLB-Amp液体培地に加え、37℃で6-8時間しんとう培養する。
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English:
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*Wash-->3500rpmで6分間遠心。上澄みを捨てる。
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*cultures containing T9002
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#Inoculate a culture by adding 100μL of the cultures into 40mL of LB-ampicillin medium.(in a flask)
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#Incubate a culture for 6-8 hours with shaking at 37°C.
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#Wash
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##Aliquote 10mL of the culture into 50mL four 50mL falcon tubes.
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##Cultures are centrifuged at 3500rpm for 6 minutes.
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##Dinspense supernatant.
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##Add 10mL of new LB-ampicillin medium and resuspense with pipetting.
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#aliquote 1mL of the cultures into a 48-deep well plate(deep well).
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日本語
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*cultures containing plasmids you will testing
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#培養液12.5μLを、5mlのLB-Amp液体培地に加え、37°Cで6-8時間しんとう培養する。
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#Wash-->3500rpmで6分間遠心。上澄みを捨てる。
:-->新しいLB-Amp培地を3mlずつ加え、pipettingにより再懸濁。
:-->新しいLB-Amp培地を3mlずつ加え、pipettingにより再懸濁。
-->この操作を二回繰り返す
-->この操作を二回繰り返す
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*新しいLB-Amp培地を10mlずつ加え（1倍希釈）、pipettingにより再懸濁。
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#新しいLB-Amp培地を10mlずつ加え（1倍希釈）、pipettingにより再懸濁。
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*48　deep well plateに、所定量分注。
+
#48　deep well plateに、所定量分注。
 +
 
-
測定
+
English
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*96 shallow well plateに100μLずつ分注し、蛍光強度を測定する。
+
*cultures containing plasmids you will testing
-
*37℃でしんとう培養
+
#Inoculate cultures by adding 12.5μL of the cultures into 5mL of LB-ampicillin medium.
 +
#Incubate cultures for 6-8 hours with shaking at 37°C.
 +
#Wash
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##Cultures are centrifuged at 3500rpm for 6 minutes.
 +
##Dinspense supernatant.
 +
##Add 3mL of new LB-ampicillin medium and resuspense with pipetting.
 +
#repeat washing process twice.
 +
#Cultures are centrifuged at 3500rpm for 6 minutes.
 +
#Dinspense supernatant.
 +
#Add 5mL of new LB-ampicillin medium and resuspense with pipetting.
 +
#aliquote cultures into a 48-deep well plate(deep well).
-
*2h後、3h後…に、100μLずつ分注し、蛍光強度を測定する。
+
====測定,Measurement====
-
**測定条件<Br>
+
日本語:
 +
#37°Cでしんとう培養
 +
#96 shallow well plateに100μLずつ分注し、蛍光強度を測定する。
 +
#2h後、3h後…に、100μLずつ分注し、蛍光強度を測定する。
 +
*測定条件<Br>
::測定前-->shake:On time = 1min,Off time = 10 sec,
::測定前-->shake:On time = 1min,Off time = 10 sec,
::測定-->integration time = 1000ms
::測定-->integration time = 1000ms
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::Wavelength pair = 485nm(excitation) and 527nm(emission)
::Wavelength pair = 485nm(excitation) and 527nm(emission)
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=== issues? discussion ===
+
English:
-
蛍光強度がいくつ以上なら目視で確認できるのか
+
#Incubate testing cultures with shaking at 37°C.
-
*液体培地
+
#After some intervals,aliqupte 100μL of testing cultures into a 96-well plate(shallow well).
-
**LB:>200
+
#Measure fluorescence intensity.
-
**M9:??
+
*conditions
-
**PSB:??
+
**shaking(before measurement):On time = 1min,Off time = 10 sec,
 +
**integration time = 1000ms
 +
**Beam width:Normal Beam
 +
**Wavelength pair = 485nm(excitation) and 527nm(emission)

Latest revision as of 09:28, 15 December 2008

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Contents

Time-delay check(冨永)

目的 Purpose

To Confirm that communication using non-endogenous molecules results in slower activation of receivers.

装置 and 試薬 Equipments　and Materials

装置 Equipment

  • shaking incubator(37°C,30°C)
    • Innova 4200 Benchtop or Floor-Stackable Incubator Shaker(37°C)
    • タイテック BioShaker BR-33FM(30°C,200rpm)
  • 46-well plate(deep well)
  • Fluoroskan Ascent 2.5(program:Ascent Software Version 2.6)
  • Beckman Allegratm X-12R Centrifuga(Beckman Coulter)

試薬 Materials

  • AHL(100uM)
  • E.coli Culture Containing T9002
  • E.coli Culture Containing plasmids you will testing

プロトコル Protocol

プレ培（O/N,測定日の前日）,Culturing overnight (before the testing day):

  • グリセロールストックからpickして、37℃しんとう培養器で一晩培養する(LB-Amp液体培地,2mL,37°C )。
  1. Inoculate all cultures you will testing from gloycerol stocks into 2mL of LB-ampicillin liquid medium.
  2. Also inoculate a culture containing T9002 into 2mL of LB-ampicillin liquid medium.
  3. Incubate all cultures with shaking at 37°C(O/N).

翌日,Following day

日本語

  • T9002
  1. 培養液100μLを、40mlのLB-Amp液体培地に加え、37℃で6-8時間しんとう培養する。
  2. Wash(T9002)-->培養液を50mlファルコンチューブに、10mlずつ分注。
-->3500rpmで6分間遠心。上澄みを捨てる。
  1. 新しいLB-Amp培地を10mlずつ加え（1倍希釈）、pipettingにより再懸濁。
  2. 48　deep well plateに、1mlずつ分注。

English:

  • cultures containing T9002
  1. Inoculate a culture by adding 100μL of the cultures into 40mL of LB-ampicillin medium.(in a flask)
  2. Incubate a culture for 6-8 hours with shaking at 37°C.
  3. Wash
    1. Aliquote 10mL of the culture into 50mL four 50mL falcon tubes.
    2. Cultures are centrifuged at 3500rpm for 6 minutes.
    3. Dinspense supernatant.
    4. Add 10mL of new LB-ampicillin medium and resuspense with pipetting.
  4. aliquote 1mL of the cultures into a 48-deep well plate(deep well).

日本語

  • cultures containing plasmids you will testing
  1. 培養液12.5μLを、5mlのLB-Amp液体培地に加え、37°Cで6-8時間しんとう培養する。
  2. Wash-->3500rpmで6分間遠心。上澄みを捨てる。
-->新しいLB-Amp培地を3mlずつ加え、pipettingにより再懸濁。

-->この操作を二回繰り返す

  1. 新しいLB-Amp培地を10mlずつ加え（1倍希釈）、pipettingにより再懸濁。
  2. 48　deep well plateに、所定量分注。


English

  • cultures containing plasmids you will testing
  1. Inoculate cultures by adding 12.5μL of the cultures into 5mL of LB-ampicillin medium.
  2. Incubate cultures for 6-8 hours with shaking at 37°C.
  3. Wash
    1. Cultures are centrifuged at 3500rpm for 6 minutes.
    2. Dinspense supernatant.
    3. Add 3mL of new LB-ampicillin medium and resuspense with pipetting.
  4. repeat washing process twice.
  5. Cultures are centrifuged at 3500rpm for 6 minutes.
  6. Dinspense supernatant.
  7. Add 5mL of new LB-ampicillin medium and resuspense with pipetting.
  8. aliquote cultures into a 48-deep well plate(deep well).

測定,Measurement

日本語:

  1. 37°Cでしんとう培養
  2. 96 shallow well plateに100μLずつ分注し、蛍光強度を測定する。
  3. 2h後、3h後…に、100μLずつ分注し、蛍光強度を測定する。
  • 測定条件
測定前-->shake:On time = 1min,Off time = 10 sec,
測定-->integration time = 1000ms
Beam width:Normal Beam
Wavelength pair = 485nm(excitation) and 527nm(emission)

English:

  1. Incubate testing cultures with shaking at 37°C.
  2. After some intervals,aliqupte 100μL of testing cultures into a 96-well plate(shallow well).
  3. Measure fluorescence intensity.
  • conditions
    • shaking(before measurement):On time = 1min,Off time = 10 sec,
    • integration time = 1000ms
    • Beam width:Normal Beam
    • Wavelength pair = 485nm(excitation) and 527nm(emission)
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