Team:Chiba/AiiA Receiver Phase

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Latest revision as of 18:40, 29 October 2008

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AiiA Receiver

Fig. AiiA Receiver

Design

オートインデューサー不活性化酵素であるAiiAをレシーバー菌で発現させることにより、レシーバー菌内でのAHL濃度の増加が遅くなるため、AiiAを発現しないレシーバー菌に比べて、GFP発現が遅くなる。（小林）

Fig. AiiA Reaction

Experiment

ReceiverでAiiAを共発現させて遺伝子発現を確かめる実験を行った。

AHL senderとしてVibrio fischeri由来のLuxIを常に発現させ、3OC6HSLを合成させる。

AHL Receiverとしてと,Lux promoter下にGFPを含むレポータープラスミドをダブルトランスフォーメーションさせた。

AHL senderによって合成されたAHLをAHL receiverが受取り、Lux promoter下のGFPが発現する。

蛍光強度を蛍光リーダーを使ってGFPの発現を計測し、遺伝子発現の活性を調べた。

使った遺伝子回路は以下の通りある。

Sender
- [http://partsregistry.org/Part:BBa_S03623 BBa_S03623 (AHL autoinucer)]

Receivers

AiiA Receiver

non-AiiA Receiver

Method

Transformed Sender into E.coli strains(JW1908) and Receivers into E.coli strain(JW1908).
Inoculated them independently in liquid media. Incubated at 37c&deg； 12h.
Inoculated again at 37c&deg； upto about OD600=2.0
Washed them.
Mixed them (Sender:Receiver=1000μl:1000μl).
Incubated at 30°C.
Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.

Result & Discussion

Fig.Time Delay Test

24時間後の蛍光強度を比較すると最大強度は1/4に下がっている。AiiAを発現させると、GFPの発現自体が大幅に減ってしまったので、AHL自体を減らしてしまうと発現量の最大値が小さくなってしまうことがわかった。つまり今回の実験ではAiiAがAHLを分解しすぎてしまっている言える。よって本実験ではAiiA generatorがハイコピープラスミドに乗っていたので、AiiA　generatorをローコピープラスミドに乗せ換えてTime Delay Testを行いたい。

transfer curveがシグモイドではなく、強度は低いが少なくともAHL Reporterは時間に比例して発現していた。よって[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0063 BBa_R0063　(Medium strength promoter in the absence of LuxR/HSL)]でAiiAを合成すれば、AHLが低濃度のときだけAiiAを合成し、いったんAHLがある一定の濃度を超えてしまえばAiiAによるAHL分解量は下降の一途を辿る。この遺伝子回路を用いれば新たなタイムディレイ作成の方法が提案できると考える。

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 __NOTOC__
 ==AiiA Receiver==
-[[Image:AiiA-Receiver Chiba.gif|frame|right|'''Fig.''' AiiA Receiver]]
+[[Image:AiiA-Receiver Chiba.gif|frame|left|'''Fig.''' AiiA Receiver]]
+<br clear=all>
 ===Design===
 オートインデューサー不活性化酵素であるAiiAをレシーバー菌で発現させることにより、レシーバー菌内でのAHL濃度の増加が遅くなるため、AiiAを発現しないレシーバー菌に比べて、GFP発現が遅くなる。（小林）
 <br clear=all>
 [[Image:Aiia reaction chiba.gif|frame|left|'''Fig.''' AiiA Reaction]]
 <br clear=all>
 ===Experiment===
 ReceiverでAiiAを共発現させて遺伝子発現を確かめる実験を行った。
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 *'''Receivers'''
-**AiiA Receiver
+:*AiiA Receiver
 [[Image:AiiA-Receiver-genetic-circu Chiba.gif]]
-**non-AiiA Receiver
+:*non-AiiA Receiver
 [[Image:Non-AiiA-Receiver Chiba.gif]]
 ===Method===
-#Transformed Sender into E.coli strains(BW&Delta;FliC) and Receivers into E.coli strain(BW&Delta;FliC).
+#Transformed Sender into E.coli strains(JW1908) and Receivers into E.coli strain(JW1908).
 #Inoculated them independently in liquid media. Incubated at 37c&deg； 12h.
 #Inoculated again at 37c&deg； upto about OD600=2.0
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 [[Image:AiiA-Receiver-result-detail Chiba.gif|thumb|right|Fig.Time Delay Test]]
-時間後の蛍光強度を比較すると最大強度は1/4に下がっている。
+時間後の蛍光強度を比較すると最大強度は1/4に下がっている。AiiAを発現させると、GFPの発現自体が大幅に減ってしまったので、AHL自体を減らしてしまうと発現量の最大値が小さくなってしまうことがわかった。つまり今回の実験ではAiiAがAHLを分解しすぎてしまっている言える。
-AiiAを発現させると、GFPの発現自体が大幅に減ってしまったので、AHL自体を減らしてしまうと発現量の最大値が小さくなってしまうことがわかった。つまり今回の実験デザインではAiiAがAHLを分解しすぎてしまっている言える。
 よって本実験ではAiiA generatorがハイコピープラスミドに乗っていたので、AiiA　generatorをローコピープラスミドに乗せ換えてTime Delay Testを行いたい。
-transfer curveがシグモイドではなく、強度は低いがAHL Reporterは時間に比例して発現していた。
+transfer curveがシグモイドではなく、強度は低いが少なくともAHL Reporterは時間に比例して発現していた。
-よってBBa_R0063(Medium strength promoter in the absence of LuxR/HSL)でAiiAを合成すれば、AHLが低濃度のときだけAiiAを合成し、いったんAHLがある一定の濃度を超えてしまえばAiiAによるAHL分解量は下降の一途を辿る。この遺伝子回路を用いれば新たなタイムディレイ作成の方法が提案できると考える。
+よって[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0063 BBa_R0063　(Medium strength promoter in the absence of LuxR/HSL)]でAiiAを合成すれば、AHLが低濃度のときだけAiiAを合成し、いったんAHLがある一定の濃度を超えてしまえばAiiAによるAHL分解量は下降の一途を辿る。この遺伝子回路を用いれば新たなタイムディレイ作成の方法が提案できると考える。
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