"
Team:Chiba/Project/j
From 2008.igem.org
(Difference between revisions)
(→時間スイッチ) |
(→時間スイッチ) |
||
| Line 15: | Line 15: | ||
=='''時間スイッチ'''== | =='''時間スイッチ'''== | ||
'''クオラムセンシング'''による細胞間コミュニケーションを利用する。 | '''クオラムセンシング'''による細胞間コミュニケーションを利用する。 | ||
| - | + | *なぜクオラムセンシングを使うのか<Br>蓄積したもの(->時間に換算する)を読み出して、出力に結び付けることができるから。 | |
| - | Y.pseudotuberculosisとP. aeruginosaでは、AHLsは、対数増殖期には蓄積するが、ステイショナリーフェイズでは大部分が消失してしまうという報告あり（培養液中）([[Team:Chiba/Reference/j|ref.8]])。 | + | cf.)<Br>Y.pseudotuberculosisとP. aeruginosaでは、AHLsは、対数増殖期には蓄積するが、ステイショナリーフェイズでは大部分が消失してしまうという報告あり（培養液中）([[Team:Chiba/Reference/j|ref.8]])。 |
| Line 24: | Line 24: | ||
#インデューサーの合成速度を下げる。<Br>RBSの調整(B0030-->B0033),コピー数の調整(5-->300) | #インデューサーの合成速度を下げる。<Br>RBSの調整(B0030-->B0033),コピー数の調整(5-->300) | ||
| - | #レセプタータンパク質の感度を下げる。<Br>クオラムセンシングのクロストークを利用する。生物によってAHL(Acyl-L-Homoserine Lactone)のアシル基が異なる([[Team:Chiba/Reference/j|ref.3]]) | + | #レセプタータンパク質の感度を下げる。<Br>クオラムセンシングのクロストークを利用する。生物によってAHL(Acyl-L-Homoserine Lactone)のアシル基が異なる([[Team:Chiba/Reference/j|ref.3]]).生物ごとのクオラムセンシングについては、[[Team:Chiba/Reference/j|ref.9]]参照. |
*ex)( )内はシンターゼ | *ex)( )内はシンターゼ | ||
| Line 46: | Line 46: | ||
'''RBS交換'''<Br> | '''RBS交換'''<Br> | ||
*既存のパーツ | *既存のパーツ | ||
| - | ** | + | **B0034+luxI<Br> |
*New parts(planning) | *New parts(planning) | ||
| - | ** | + | **B0033(weak)+luxI |
| - | ** | + | **B0032(medium)+luxI |
| - | ** | + | **B0031(weaker)+luxI |
'''More about Quorum Sensing'''<Br> | '''More about Quorum Sensing'''<Br> | ||
Revision as of 06:31, 12 September 2008
| ホーム | メンバー紹介 | プロジェクト紹介 | Parts Submitted to the Registry | モデリング | ノート |
|---|
Contents |
イントロ
クオラムセンシングを利用して、入力がぞんざいした時間を測る。すなわち、タイマーを作成する。 クオラムセンシングを利用することにより、シグナル分子の蓄積を時間に換算することができ、かつ、それを読み出すことができる。 私たちは、クオラムセンシングの時間スケールを変更することによって、いくつかのタイマーを作成することを目標とする。
時間スイッチ
クオラムセンシングによる細胞間コミュニケーションを利用する。
- なぜクオラムセンシングを使うのか
蓄積したもの(->時間に換算する)を読み出して、出力に結び付けることができるから。
cf.)
Y.pseudotuberculosisとP. aeruginosaでは、AHLsは、対数増殖期には蓄積するが、ステイショナリーフェイズでは大部分が消失してしまうという報告あり（培養液中）(ref.8)。
発現時間の調節をするために、以下の要件が挙げられる。
- インデューサーの合成速度を下げる。
RBSの調整(B0030-->B0033),コピー数の調整(5-->300) - レセプタータンパク質の感度を下げる。
クオラムセンシングのクロストークを利用する。生物によってAHL(Acyl-L-Homoserine Lactone)のアシル基が異なる(ref.3).生物ごとのクオラムセンシングについては、ref.9参照.
- ex)( )内はシンターゼ
- P.aeruginosa->C4-AHL(RhlI)
- V. fisheri->C6-3-oxo-AHL(LuxI)
- A.tumefaciens->C8-3-oxo-AHL(TraI)
- P.aeruginosa->C10-3-oxo-AHL(VanI)
- P.aeruginosa->C12-3-oxo-AHL(LasI)
- R.leguminosarum->C14-3-hydroxy-AHL(CinI)
Construction(From BioBrick)
- Sender(Autoinducer synthase)
- LuxI,LasI,CinI,RhlI(lacプロモーター)
- Receiver
- LuxR,LasR,CinR,RhlR
Cross-Talk Check
- LuxR vs LuxI(OK),LasI(OK),CinI(?),RhlI(OK)
- LuxI vs LuxR,LasR,CinR,RhlR
RBS交換
- 既存のパーツ
- B0034+luxI
- B0034+luxI
- New parts(planning)
- B0033(weak)+luxI
- B0032(medium)+luxI
- B0031(weaker)+luxI
More about Quorum Sensing
- [http://parts.mit.edu/registry/index.php/Featured_Parts:Cell-Cell-Signaling Cell-Cell-Signaling]
- [http://www.che.caltech.edu/groups/fha/quorum.html About Quorum sensing]
入力
出力
| ホーム | メンバー紹介 | プロジェクト紹介 | Parts Submitted to the Registry | モデリング | ノート |
|---|
