Team:Chiba/Project

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Revision as of 16:58, 26 October 2008

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Abstract

Fig.1 Project desgin

"Team : Chiba - E.coli time manager"

　　We control the timing of gene expression by using multiple signaling devices.To this end,we utilize molecules associated with Quorum sensing, a phenomenon that allows bacteria to communicate with each other.Our project uses two classes of bacteria: senders and receivers. Senders produce signaling molecules, and Receivers are activated only after a particular concentration of this molecule is reached.Although different quorum sensing species have slightly different signaling molecules, these molecules are not completely specific to their hosts and cross-species reactivity is observed [http://www3.interscience.wiley.com/journal/119124142/abstract (1)],[http://partsregistry.org/Part:BBa_F2620:Specificity (2)]. Communication using non-endogenous molecules is less sensitive, and requires a higher signal concentration to take effect.This results in slower activation of receivers.

Introduction

Fig.2 Team logo

Our project

Fig. Our system

従来:消えていく物質の存在時間によって時間調節する。Missouri Miners 2007 "A biological timer"

千葉:常に物質が一定の割合で蓄積されるとき、ある閾値超えるまでの時間調節する。

調節する方法には、二つが挙げられる。

蓄積するときの割合を変える。

閾値自体を変える。

右の絵は一定の割合で水がある容器の中にたまっていく様子を示している。
ここでは、容器に水がたまることった時が閾値を超えた時とする
一番上は蓄積するスピードが速く、容器が小さいのでたまる時間は短い
真ん中は蓄積するスピードは速いが、容器が大きいためにたまる時間は遅くなる
一番下は蓄積するスピードが遅く、容器が大きいためにたまる時間がより遅くなる

System design

１、全体の説明

蓄積したシグナル分子によって遺伝子発現が起こる

シグナル分子を蓄積していく->ある点(応答閾値)まで蓄積すると、遺伝子発現が起こる

遺伝子発現が起こる応答閾値に達するまでの時間を変えることが目的

２、どうやって？

・合成するシグナルを変える

・シグナルを受け取るレシーバーを変える

・シグナル自体を分解し、応答しにくくする

GFPを発現させ、蛍光強度によって遺伝子発現を調べる

About Quorum Sensing

Fig.Quorum sensing

　　Quorum sensing is a cell-to-cell signaling action of bacteria. Species of Gram-Negative signaling transfer molecules (so-called autoinducer) is a series of acyl homoserine lactone (AHL). The signals are synthesized by a synthase protein(LuxI-type　proteins) and once they have reached a threshold　concentration,they bound to a transcriptional regulatory　protein(LuxR-type proteins) to induce expression of target genes.

More about Quorum Sensing

[http://parts.mit.edu/registry/index.php/Featured_Parts:Cell-Cell-Signaling Cell-Cell-Signaling]
[http://www.che.caltech.edu/groups/fha/quorum.html About Quorum sensing]

Signal Molecule Sender

Fig.4 AHL varieties

　English:Each species has their own LuxI-type proteins,which synthesize their specific autoinducers,AHLs.AHLs produced by different LuxI-type proteins differ only in the length of the acyl-chain moiety and substitution at position C-3.LuxR,which is original for Vibrio fischeri,is activated by its cognate autoinducer,3OC6HSL.However,LuxR is also activated by non-endogenous molecules,C4HSL,C6HSL,and 3OC12HSL.Activation by non-endogenous molecules requires a higher signal concentration[http://partsregistry.org/Part:BBa_F2620:Specificity ⁽²⁾].This results in slower activation of receivers,when AHL concentration is increasing.

AHLsおよびその合成酵素

Strain	AHL	LuxI-type protein
P.aeruginosa	C4HSL	RhlI
V. fisheri	3OC6HSL	LuxI
P.aeruginosa	3OC12HSL	LasI

日本語:異なる生物はそれぞれに異なるLuxIタイプのタンパク質を持ち、アシル鎖の長さ、あるいはC-3位の置換基が異なる種類のAHLを合成する。それぞれの生物種のLuxIタイプのタンパク質、それが合成する分子名は以下の表のようである。 (Fig.4).AHLを受け取り応答するLuxRタンパク質はVibrio fischeri由来であり、3OC6HSLに応答する。しかし、他種生物由来のAHLにも応答することが知られており、このとき、より高い濃度のAHLが必要となる[http://partsregistry.org/Part:BBa_F2620:Specificity ⁽²⁾].AHLがゆっくり溜まっていく時、LuxRは3OC6HSLに対して最も早く応答し、他のAHLに対してはそれよりも遅く応答する。 (冨永)

Sender experiments details

Signal Molecule Receiver

English:

日本語:AHLを合成するSenderだけではなく、AHLを受け取る側のReceiverを変えれば、その応答時間を変えることができる。そこで私たちは、以下のいくつかの方法を考えた。

一種類のSender（AHL<--LuxI）に対して、由来生物の異なるレシーバタンパク質でそれを受信する.
レシーバータンパク質であるLuxRに変異を入れることで、AHLに対する応答感度を上下させること.
レシーバーのコピーナンバーを変える.

（福冨、小林）

Quorum-Sensing Cross-talk

Fig. original pairing

English:

日本語::異なる生物はそれぞれに異なるLuxRタイプのタンパク質を持ち、それぞれアシル鎖の長さ、あるいはC-3位の置換基が異なる種類のAHLに応答する。生物種によって異なるAHLと、それに応答するLuxRタイプのタンパク質は以下の表のよう。 Pseudomonas aeruginosa由来のRhlR,LasRも3OC6HSLを受け取ることがわかっており、このとき、より高い濃度の3OC6HSLが必要となる⁽⁾.3OC6HSLがゆっくり溜まっていく時、LuxRが最も早く応答し、RhlR、LasRはそれよりも遅く応答する。

Strain	AHL	LuxR-type protein
P.aeruginosa	C4HSL	RhlI
V. fisheri	3OC6HSL	LuxI
P.aeruginosa	3OC12HSL	LasI

(冨永)

Copy number of Receiver Plasmid

English:
日本語:レシーバーのコピーナンバーを減らすことで、GFPが確認できるまでの時間を延長する。コピーナンバーが少なくなれば、LuxRの合成量は減少する。 LuxRの合成量が減少すれば、AHLを受け取るLuxRは従来より減ってしまう。そのため、プロモーターの活性化は遅くなり、GFPの発現量は減る。したがって、コピーナンバーが多いレシーバーより、GFPが確認できるまでの時間を延長させることができる。（杉山）

LuxR/Plux mutants show

English:
日本語:私たちはmutated Receiverを用いることで、AHL感受性の違う２種類（WTと変異体）のレシーバーを用意し、delay-timeのバリエーションを増やした。

a greater response to 3OC6HSL[http://authors.library.caltech.edu/5553/ ⁽³⁾]
a increase in sensitivity to 3OC12HSL[http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/151/11/3589 ⁽⁴⁾].

Receiver experiments details

Signal Molecule Quencher

AiiAによるAHL分解を同時に起こすことで、AHL供給速度を遅くする.

AHL reporter with aiiA

Express LuxR and aiiA constantly. AiiA degrades AHL as signaling molecule. Express GFP when the AHL concentration exceed the capacity of aiiA.

This enables the delay of the activation time of receiver.

AiiA experiments detail

Demo Experiments

実験内容とdataかるく

Demo experiments detail

English: 日本語:

Conclusion

けつろん

Future Work

references

[http://www3.interscience.wiley.com/journal/119124142/abstract M.K Winson et al.:Construction and analysis of luxCDABE-based plasmid sensors　for investigating N-acyl homoserine lactone-mediated quorum sensing.FEMS Microbiology Letters 163 (1998) 185-192]
[http://partsregistry.org/Part:BBa_F2620:Specificity BBa_F2620:Specificity]
[http://authors.library.caltech.edu/5553/ C. H. Collins.et al.:Directed evolution of Vibrio fischeri LuxR for increased sensitivity to a broad spectrum of acyl-homoserine lactones.Mol.Microbiol.2005.55(3).712–723]
[http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/151/11/3589 B. Koch. et al.:The LuxR receptor: the sites of interaction with quorum-sensing signals and inhibitors.Microbiology 151 (2005),3589-3602]

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 *[http://www.che.caltech.edu/groups/fha/quorum.html About Quorum sensing]
-===Controlling the time of a cell-to-cell signaling action ===
-Communication using non-endogenous molecules is less sensitive, and requires a higher signal concentration to take effect.This results in slower activation of receivers.
-シグナル分子に対する応答速度を変えるためには３つの方法が考えられる。
-#シグナル分子を作るSenderを変える
-#シグナルを受け取るReceiverを変える
-#シグナル分子自体を分解して、邪魔をする
 ===Signal Molecule Sender ===