Team:Chiba/AHL Receiver Phase

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)
(→Experiment)
(→Result)
Line 107: Line 107:
===Result===
===Result===
 +
 +
===Conclusion===
 +
'''Cross talk'''
 +
 +
クロストークさせると、発現量が大きく減少してしまうのでタイムラグを確認できるほど遺伝子が発現がGFPでは確認できなかった
 +
 +
LuxR以外のR protein familyには分解タグである,LVA tagがついていたので、もともと発現しにくいもの[http://www3.interscience.wiley.com/journal/119124142/abstract (1)]が、さらに発現が見えにくくなったと考えられる
 +
 +
'''Copy Number'''
 +
 +
コピーナンバーを変えても、発現量が大きく減少してしまう。
 +
 +
最終的な発現量が同じで、応答閾値の濃度が低くなるような変異LuxRを発現させることがレシーバーを変えてtime delayを起こすことに一番適している(?)
 +
 +
{| style="color:white;background-color:Maroon" cellpadding="3" cellspacing="3" border="1" bordercolor="white" width="100%" align="center"
{| style="color:white;background-color:Maroon" cellpadding="3" cellspacing="3" border="1" bordercolor="white" width="100%" align="center"

Revision as of 08:38, 29 October 2008

Chiba-U.gif

Home The Team The Project Parts Submitted to the Registry Reference Notebook Acknowledgements

Signal Molecule Receiver Phase

Quorum Sensing Crosstalk

Design

Table.1 LuxR family gene

異なる生物はそれぞれに異なるLuxRタイプのタンパク質を持ち、それぞれアシル鎖の長さ、あるいはC-3位の置換基が異なる種類のAHLに応答する。生物種によって異なるAHLと、それに応答するLuxRタイプのタンパク質は以下の表のよう。 Pseudomonas aeruginosa由来のRhlR,LasRも3OC6HSLを受け取ることがわかっている。

また、LuxR protein familyはLux boxという特定の配列を持ったプロモーター下にある遺伝子の発現を活性化する。 Lux boxも生物種によって配列が異なるが、ほとんど変わらない配列を持っているために違った生物種のLuxR protein familyであっても、AHLが存在下で遺伝子発現を活性化すると考えられる。



Experiment

LuxR protein familyを変えてクロストークさせる実験を行った。

AHL senderとしてVibrio fischeri由来のLuxIを常に発現させ、3OC6HSLを合成させる。

AHL ReceiverとしてLuxR protein familyを発現させるReceiver plasmidと,Lux promoter下にGFPを含むレポータープラスミドをダブルトランスフォーメーションさせた。

AHL senderによって合成されたAHLをAHL receiverが受取り、Lux promoter下のGFPが発現する。

蛍光強度を蛍光リーダーを使ってGFPの発現を計測し、遺伝子発現の活性を調べた。

使った遺伝子回路は以下の通りある。

  • Sender
    • AHL autoinucer[http://partsregistry.org/Part:BBa_S03623 (BBa_S03623) ]


LuxI-sender Chiba.gif

Fig.R family crosstalk test
  • Receivers
    • LuxR

LuxR-p15A Chiba.gif

    • RhlR[http://partsregistry.org/Part:BBa_K084004 (BBa_K084004)]

RhlR-p15A Chiba.gif

    • LasR[http://partsregistry.org/Part:BBa_K084005 (BBa_K084005)]

LasR-p15A Chiba.gif

    • CinR[http://partsregistry.org/Part:BBa_K084006 (BBa_K084006)]

CinR-p15A Chiba.gif

  • Reporter
    • Plux-GFP[http://partsregistry.org/Part:BBa_J37032 (BBa_J37032)]

Plux-GFP-pMB1 Chiba.gif



Result

Fig.　 Time Delay Test




Plasmid Copy number

Design

Experiment

Sender

  • AHL autoinucer[http://partsregistry.org/Part:BBa_S03623 (BBa_S03623) ]
LuxI-sender Chiba.gif

Receiver

  • [http://partsregistry.org/Part:BBa_T9002 BBa_T9002 (Express GFP in response to AHL)]

High-Copy-Receiver Chiba.gif

  • Low Copy Receiver

Low-Copy-Receiver Chiba.gif

Result

Fig.　 Time Delay Test


LuxR_mutant

Design

Fig.6 Location of the LuxR mutant in LuxR
Table.1 Seisitivity of LuxR mutants. Data modified from Collins et.al. Mol. Microbiol. 55, 712–723 (2005)


Collins et.al. described the hyper-sensitive variants of luxR to AHL.(Collins, C. H., Arnold, F. H. & Leadbetter, J. R. Directed evolution of Vibrio fischeri LuxR for increased sensitivity to a broad spectrum of acyl-homoserine lactones. Mol. Microbiol. 55, 712–723 (2005))

私たちはmutated Receiverを用いることで、AHL感受性の違う２種類（WTと変異体）のレシーバーを用意し、delay-timeのバリエーションを増やした。 (小林)


Experiment

Result

Conclusion

Cross talk

クロストークさせると、発現量が大きく減少してしまうのでタイムラグを確認できるほど遺伝子が発現がGFPでは確認できなかった

LuxR以外のR protein familyには分解タグである,LVA tagがついていたので、もともと発現しにくいもの[http://www3.interscience.wiley.com/journal/119124142/abstract (1)]が、さらに発現が見えにくくなったと考えられる

Copy Number

コピーナンバーを変えても、発現量が大きく減少してしまう。

最終的な発現量が同じで、応答閾値の濃度が低くなるような変異LuxRを発現させることがレシーバーを変えてtime delayを起こすことに一番適している(?)


Home The Team The Project Parts Submitted to the Registry Reference Notebook Acknowledgements
Retrieved from "http://2008.igem.org/Team:Chiba/AHL_Receiver_Phase"