Team:Chiba/Experiments:copy number

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====Copy number of Receiver Plasmid====
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<html><link rel="stylesheet" href="https://2008.igem.org/wiki/index.php?title=User:Maiko/chiba.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
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[[Image:Receiver copy number chiba.jpg|left]]
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[[Image:Chiba-U.gif]]
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<br>English:
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{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
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<br>日本語:レシーバーのコピーナンバーを減らすことで、GFPが確認できるまでの時間を延長する。
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!align="center"|[[Team:Chiba|Home]]
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コピーナンバーが少なくなれば、LuxRの合成量は減少する。
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!align="center"|[[Team:Chiba/Team|The Team]]
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LuxRの合成量が減少すれば、AHLを受け取るLuxRは従来より減ってしまう。
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!align="center"|[[Team:Chiba/Project|The Project]]
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そのため、プロモーターの活性化は遅くなり、GFPの発現量は減る。
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!align="center"|[[Team:Chiba/Parts|Parts Submitted to the Registry]]
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したがって、コピーナンバーが多いレシーバーより、GFPが確認できるまでの時間を延長させることができる。
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!align="center"|[[Team:Chiba/Reference|Reference]]
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（杉山）
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!align="center"|[[Team:Chiba/Notebook|Notebook]]
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!align="center"|[[Team:Chiba/Acknowledgements|Acknowledgements]]
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|}
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__NOTOC__
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==Copy number of Receiver Plasmid==
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[[Image:Receiver copy number chiba.jpg|frame|left|'''Fig.''' copynumber]]<br clear=all>
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===Design===
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[[Image:Receiver copy number chiba.jpg|left]]
レシーバーのコピーナンバーを変えることで、応答までの時間を変える<br>
レシーバーのコピーナンバーを変えることで、応答までの時間を変える<br>
コピーナンバーを変えれば、レシーバーによるLuxRの合成量は変化する<br>
コピーナンバーを変えれば、レシーバーによるLuxRの合成量は変化する<br>
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AHLを受け取るLuxRが変わるので応答閾値までの時間が変わるのだ<br>
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AHLを受け取るLuxRが変わるので応答閾値までの時間が変わると考えた<br>
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[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid Copy number|more about Plasmid Copy number]]<br>
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[[Image:Copynomber-change-result Chiba.gif|thumb|left|'''Fig.''' Time Delay Test]]<br clear=all>
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===Experiment===
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*クオラムセンシングに関わる遺伝子のベクタープラスミドのコピーナンバーを少なくすることで、遺伝子発現が遅くなる
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*High Copy Receiver[http://partsregistry.org/Part:BBa_T9002 BBa_T9002 (AHL Reporter)]
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*それと同時に、遺伝子発現の最大値自体も少なくなってしまう
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[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid_Copy_number|more about experimental result]]
+
[[Image:T9002.copy-number-change Chiba.gif]]
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==Change Receiver's Copy Number==
 
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*Medium Copy Receiver
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===Design===
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[[Image:Low-copy-Receiver Chiba.gif]]
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レシーバーのコピーナンバーを減らすことで、thresholdに達するまでの時間を伸ばす。
 
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（小林）
 
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===Method===
 
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*High Copy Receiver[http://partsregistry.org/Part:BBa_T9002 BBa_T9002 (AHL Reporter)]
 
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[[Image:T9002.copy-number-change Chiba.gif]]
 
 +
===Result & Discussion===
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[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid Copy number|more about Plasmid Copy number]]<br>
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[[Image:Copynomber-change-result Chiba.gif|thumb|left|'''Fig.''' Time Delay Test]]
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<br clear=all>
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*クオラムセンシングに関わる遺伝子のベクタープラスミドのコピーナンバーを少なくすることで、遺伝子発現が遅くなる
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*それと同時に、遺伝子発現の最大値自体も少なくなってしまう
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*Medium Copy Receiver
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[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid_Copy_number|more about experimental result]]
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[[Image:Low-copy-Receiver Chiba.gif]]
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High Copy ReceiverとMedium Copy Receiverのディレイタイムはfollowing procedureによってanalyzeした。
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===Method===
#Transformed sender(Ptet-LuxI), high copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-colE1) and Medium copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-p15A) respectively into E coli strains(BD⊿FliC).
#Transformed sender(Ptet-LuxI), high copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-colE1) and Medium copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-p15A) respectively into E coli strains(BD⊿FliC).
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#Incubated at 30&deg;C.
#Incubated at 30&deg;C.
#Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.(Fluoroskan AscentR FL＆Fluoroskan AscentR　Thermo ELECTRON CORPORATION)
#Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.(Fluoroskan AscentR FL＆Fluoroskan AscentR　Thermo ELECTRON CORPORATION)
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===Result===
 

Revision as of 20:08, 29 October 2008

Chiba-U.gif

Home The Team The Project Parts Submitted to the Registry Reference Notebook Acknowledgements


Copy number of Receiver Plasmid

Design

Receiver copy number chiba.jpg

レシーバーのコピーナンバーを変えることで、応答までの時間を変える
コピーナンバーを変えれば、レシーバーによるLuxRの合成量は変化する
AHLを受け取るLuxRが変わるので応答閾値までの時間が変わると考えた

Experiment

  • High Copy Receiver[http://partsregistry.org/Part:BBa_T9002 BBa_T9002 (AHL Reporter)]

T9002.copy-number-change Chiba.gif


  • Medium Copy Receiver

Low-copy-Receiver Chiba.gif



Result & Discussion

more about Plasmid Copy number

Fig. Time Delay Test


  • クオラムセンシングに関わる遺伝子のベクタープラスミドのコピーナンバーを少なくすることで、遺伝子発現が遅くなる
  • それと同時に、遺伝子発現の最大値自体も少なくなってしまう

more about experimental result




Method

  1. Transformed sender(Ptet-LuxI), high copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-colE1) and Medium copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-p15A) respectively into E coli strains(BD⊿FliC).
  2. Inoculated them independently in liquid media. Incubated at 37°C 12h.
  3. Inoculated again in Fresh liquid media upto about OD600=2 at 37°C
  4. Washed sender and receivers.
  5. Mixed them. (Sender:Receiver=1000μL:1000μL)
  6. Incubated at 30°C.
  7. Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.(Fluoroskan AscentR FL＆Fluoroskan AscentR　Thermo ELECTRON CORPORATION)
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