Team:KULeuven/14 July 2008

From 2008.igem.org

Revision as of 07:12, 16 July 2008 by Avdmeers (Talk | contribs)

<< return to notebook return to homepage >>
< previous friday ← yesterday tomorrow → next monday >

We will meet at 11 o'clock in room 00.210

Testing the system

voor gebruik INPUT, gebruik/test deel 1 van Cell Death Part (luxR, TetR onder constit promotor)

  1. Test input output as such (= test OmpR promotor etc)
  2. MEMORY TEST
    1. tot aan 2de terminator set, change c2 P22 to GFP
    2. anti-LuxI --> quantitate with Q-RT-PCR (vergelijk met LuxI expressie INVERTER)
  3. T7 karakterisatie (met LVA tag)
    1. oftewel met Ab's (Western blot of ...), p(T7)-GFP
  4. FILTER TEST = filter + p(T7)-lock3d-GFP
  5. INVERTER TEST: Q-RT-PCR LuxI
  6. PULSE GENERATOR TEST: aiiA --> GFP
  7. CELL DEATH: Entire system with YFP ofzo ipv ccdB


input
test met output
hang filter achter input

  1. karakterisatie filter via korte pulsen
  2. test pulse generator

maak inverter
maak memory
hang deel 2 cell death (ccdB) achter deel 1

Modeling

  1. Herbekijken deelcomponenten in CellDesigner
  2. Plugin SBML Squeezer geinstalleerd voor automatische generatie ODE stelsels
  3. Zoektocht gestart naar kinetische parameters (verzameling aangelegd in Team:KULeuven/Modeling page
    1. Degradatie voor pT7 met LVA tag bekomen uit interpolatie LVA invloed op GFP afbraak, aangenomen dat dit geldig is voor eender welk proteine, en dus eveneens voor T7 polymerase
    2.  ?
Retrieved from "http://2008.igem.org/Team:KULeuven/14_July_2008"