Team:Chiba/Experiments:copy number

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)
(→Plasmid Copynumber)
Line 1: Line 1:
-
====Copy number of Receiver Plasmid====
+
<html><link rel="stylesheet" href="https://2008.igem.org/wiki/index.php?title=User:Maiko/chiba.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
-
[[Image:Receiver copy number chiba.jpg|left]]
+
[[Image:Chiba-U.gif]]
-
<br>English:
+
{| style="color:white;" cellpadding="3" cellspacing="3" border="0" width="100%" align="center" class="menu" |
-
<br>日本語:レシーバーのコピーナンバーを減らすことで、GFPが確認できるまでの時間を延長する。
+
!align="center"|[[Team:Chiba|Home]]
-
コピーナンバーが少なくなれば、LuxRの合成量は減少する。
+
!align="center"|[[Team:Chiba/Team|The Team]]
-
LuxRの合成量が減少すれば、AHLを受け取るLuxRは従来より減ってしまう。
+
!align="center"|[[Team:Chiba/Project|The Project]]
-
そのため、プロモーターの活性化は遅くなり、GFPの発現量は減る。
+
!align="center"|[[Team:Chiba/Parts|Parts Submitted to the Registry]]
-
したがって、コピーナンバーが多いレシーバーより、GFPが確認できるまでの時間を延長させることができる。
+
!align="center"|[[Team:Chiba/Reference|Reference]]
-
（杉山）
+
!align="center"|[[Team:Chiba/Notebook|Notebook]]
 +
!align="center"|[[Team:Chiba/Acknowledgements|Acknowledgements]]
 +
|}
 +
__NOTOC__
-
<br clear=all>
+
==Copy number of Receiver Plasmid==
-
[[Image:Receiver copy number chiba.jpg|frame|left|'''Fig.''' copynumber]]<br clear=all>
+
 
 +
===Design===
 +
[[Image:Receiver copy number chiba.jpg|left]]
レシーバーのコピーナンバーを変えることで、応答までの時間を変える<br>
レシーバーのコピーナンバーを変えることで、応答までの時間を変える<br>
コピーナンバーを変えれば、レシーバーによるLuxRの合成量は変化する<br>
コピーナンバーを変えれば、レシーバーによるLuxRの合成量は変化する<br>
-
AHLを受け取るLuxRが変わるので応答閾値までの時間が変わるのだ<br>
+
AHLを受け取るLuxRが変わるので応答閾値までの時間が変わると考えた<br>
-
[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid Copy number|more about Plasmid Copy number]]<br>
+
<br clear=all>
-
[[Image:Copynomber-change-result Chiba.gif|thumb|left|'''Fig.''' Time Delay Test]]<br clear=all>
+
===Experiment===
-
*クオラムセンシングに関わる遺伝子のベクタープラスミドのコピーナンバーを少なくすることで、遺伝子発現が遅くなる
+
*High Copy Receiver[http://partsregistry.org/Part:BBa_T9002 BBa_T9002 (AHL Reporter)]
-
*それと同時に、遺伝子発現の最大値自体も少なくなってしまう
+
-
[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid_Copy_number|more about experimental result]]
+
[[Image:T9002.copy-number-change Chiba.gif]]
-
==Change Receiver's Copy Number==
 
 +
*Medium Copy Receiver
-
===Design===
+
[[Image:Low-copy-Receiver Chiba.gif]]
-
レシーバーのコピーナンバーを減らすことで、thresholdに達するまでの時間を伸ばす。
 
-
（小林）
 
-
===Method===
 
-
*High Copy Receiver[http://partsregistry.org/Part:BBa_T9002 BBa_T9002 (AHL Reporter)]
 
-
[[Image:T9002.copy-number-change Chiba.gif]]
 
 +
===Result & Discussion===
 +
[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid Copy number|more about Plasmid Copy number]]<br>
 +
[[Image:Copynomber-change-result Chiba.gif|thumb|left|'''Fig.''' Time Delay Test]]
 +
<br clear=all>
 +
*クオラムセンシングに関わる遺伝子のベクタープラスミドのコピーナンバーを少なくすることで、遺伝子発現が遅くなる
 +
*それと同時に、遺伝子発現の最大値自体も少なくなってしまう
-
*Medium Copy Receiver
+
[[Team:Chiba/AHL Receiver Phase#Plasmid_Copy_number|more about experimental result]]
-
[[Image:Low-copy-Receiver Chiba.gif]]
+
<br clear=all>
-
High Copy ReceiverとMedium Copy Receiverのディレイタイムはfollowing procedureによってanalyzeした。
+
 
 +
 
 +
===Method===
#Transformed sender(Ptet-LuxI), high copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-colE1) and Medium copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-p15A) respectively into E coli strains(BD⊿FliC).
#Transformed sender(Ptet-LuxI), high copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-colE1) and Medium copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-p15A) respectively into E coli strains(BD⊿FliC).
Line 50: Line 57:
#Incubated at 30&deg;C.
#Incubated at 30&deg;C.
#Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.(Fluoroskan AscentR FL＆Fluoroskan AscentR　Thermo ELECTRON CORPORATION)
#Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.(Fluoroskan AscentR FL＆Fluoroskan AscentR　Thermo ELECTRON CORPORATION)
-
 
-
===Result===
 

Revision as of 20:08, 29 October 2008

Chiba-U.gif

Home The Team The Project Parts Submitted to the Registry Reference Notebook Acknowledgements


Copy number of Receiver Plasmid

Design

Receiver copy number chiba.jpg

レシーバーのコピーナンバーを変えることで、応答までの時間を変える
コピーナンバーを変えれば、レシーバーによるLuxRの合成量は変化する
AHLを受け取るLuxRが変わるので応答閾値までの時間が変わると考えた

Experiment

T9002.copy-number-change Chiba.gif


  • Medium Copy Receiver

Low-copy-Receiver Chiba.gif



Result & Discussion

more about Plasmid Copy number

Fig. Time Delay Test


  • クオラムセンシングに関わる遺伝子のベクタープラスミドのコピーナンバーを少なくすることで、遺伝子発現が遅くなる
  • それと同時に、遺伝子発現の最大値自体も少なくなってしまう

more about experimental result




Method

  1. Transformed sender(Ptet-LuxI), high copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-colE1) and Medium copy receiver(Ptet-LuxR-Plux-GFP-p15A) respectively into E coli strains(BD⊿FliC).
  2. Inoculated them independently in liquid media. Incubated at 37°C 12h.
  3. Inoculated again in Fresh liquid media upto about OD600=2 at 37°C
  4. Washed sender and receivers.
  5. Mixed them. (Sender:Receiver=1000μL:1000μL)
  6. Incubated at 30°C.
  7. Measured intensity of green fluorescence at regular time intervals.(Fluoroskan AscentR FL＆Fluoroskan AscentR　Thermo ELECTRON CORPORATION)
Retrieved from "http://2008.igem.org/Team:Chiba/Experiments:copy_number"