Team:Chiba/Project/Experiments:Receiver Crosstalk

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)
(Design)
(Design)
Line 18: Line 18:
[[Image:Receiver switch chiba.jpg|frame|left|'''Fig. ''' Crosstalk]]<br clear=all>
[[Image:Receiver switch chiba.jpg|frame|left|'''Fig. ''' Crosstalk]]<br clear=all>
| width="50%" valign="top" |
| width="50%" valign="top" |
 +
 +
[[Image:Table R chiba.gif|frame|left|'''Table.''' LuxR family gene '''Data modified from M.RIVAS et.al. Biol Res 38: 283-297, (2005)''']]
 +
[[Image:Lux box Chiba.jpg|frame|left|'''Fig.''' Comparison of the predicted Lux box. '''Data modified from A.Fekete et.al. Anal Bioanal Chem 387:455–467,(2007)''']]
 +
 +
| width="50%" valign="top" |
 +
 +
|}
 +
クオラムセンシングにおける、レシーバータンパクを変えてクロストークを起こさせる。<br>
クオラムセンシングにおける、レシーバータンパクを変えてクロストークを起こさせる。<br>
センダーを変えたときと同様に、他種生物由来のレシーバーでもAHLに応答することは知られている[[Team:Chiba/Project#references|<sup>(1)</sup>]][[Team:Chiba/Project#references|<sup>(2)</sup>]]。<br>
センダーを変えたときと同様に、他種生物由来のレシーバーでもAHLに応答することは知られている[[Team:Chiba/Project#references|<sup>(1)</sup>]][[Team:Chiba/Project#references|<sup>(2)</sup>]]。<br>
本来の組み合わせとは異なるAHLを受け取るレシーバーの応答時間は遅くなり、遺伝子発現が遅くなる。
本来の組み合わせとは異なるAHLを受け取るレシーバーの応答時間は遅くなり、遺伝子発現が遅くなる。
<br>
<br>
-
| width="50%" valign="top" |
+
異なる生物はそれぞれに異なるLuxRタイプのタンパク質を持ち、それぞれアシル鎖の長さ、あるいはC-3位の置換基が異なる種類のAHLに応答する。生物種によって異なるAHLと、それに応答するLuxRタイプのタンパク質はTableに示すとおりである。
 +
Pseudomonas aeruginosa由来のRhlR,LasRも3OC6HSLを受け取ることがわかっている。
 +
<br clear=all>
 +
 
 +
 
 +
また、LuxR protein familyはLux boxという特定の配列を持ったプロモーター下にある遺伝子の発現を活性化する。(Fig. )
 +
Lux boxも生物種によって配列が異なるが、ほとんど変わらない配列を持っているために違った生物種のLuxR protein familyであっても、AHLが存在下で遺伝子発現を活性化すると考えられる。
 +
 
 +
<br clear=all>
-
|}
 

Revision as of 21:26, 29 October 2008

Chiba-U.gif

Receiver Cross-talk

Design

Fig.  Crosstalk

Table. LuxR family gene Data modified from M.RIVAS et.al. Biol Res 38: 283-297, (2005)
Fig. Comparison of the predicted Lux box. Data modified from A.Fekete et.al. Anal Bioanal Chem 387:455–467,(2007)

クオラムセンシングにおける、レシーバータンパクを変えてクロストークを起こさせる。
センダーを変えたときと同様に、他種生物由来のレシーバーでもAHLに応答することは知られている(1)(2)
本来の組み合わせとは異なるAHLを受け取るレシーバーの応答時間は遅くなり、遺伝子発現が遅くなる。
異なる生物はそれぞれに異なるLuxRタイプのタンパク質を持ち、それぞれアシル鎖の長さ、あるいはC-3位の置換基が異なる種類のAHLに応答する。生物種によって異なるAHLと、それに応答するLuxRタイプのタンパク質はTableに示すとおりである。 Pseudomonas aeruginosa由来のRhlR,LasRも3OC6HSLを受け取ることがわかっている。


また、LuxR protein familyはLux boxという特定の配列を持ったプロモーター下にある遺伝子の発現を活性化する。(Fig. ) Lux boxも生物種によって配列が異なるが、ほとんど変わらない配列を持っているために違った生物種のLuxR protein familyであっても、AHLが存在下で遺伝子発現を活性化すると考えられる。




more about Receiver phase crosstalk

Result & Discussion

Fig.Time Delay Test LuxI-LuxR
Fig.Time Delay Test LuxI-LasR
Fig.Time Delay Test LuxI-RhlR


more about experimental result



Demo ~Receivers~

English:
日本語:
固体培地中にセンダー[http://partsregistry.org/Part:BBa_S03623 BBa_S03623],(Ptet-LuxI) を混ぜ、固体培地表面にレシーバーのコロニーをN.Cフィルターで移す。 センダーの作るAHLは培地中を移動し、表面のレシーバーがAHLを一定濃度感知すればGFPを発現 する。一種のセンダーに対し、様々な種類のレシーバーを用いることで時間差が生じることを確認する。

用いるレシーバーは・・・


・シグナル自体を分解するAiia を利用する

・レシーバーの遺伝子回路を含むプラスミドのコピーナンバーの変化

・レシーバータンパク質であるLuxRに変異を入れる      


・確認の仕方
N.Cフィルターをはった個体培地を37°Cで培養し、時間(30min?)ごとにUVをあててGFPが見えるかチェックする。
香取

Results

--->more about Demo experiments detail

--->more about Demo experiments detail


Home The Team The Project Parts Submitted to the Registry Reference Notebook Acknowledgements