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Team:Chiba/Study
From 2008.igem.org
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難代謝性分子
リプレッサーとして今上がっているのが以下のとおり。
これら以外にもどのような難代謝性分子やレギュレーター、そして分子の生産方法についても調べていきましょう。
- DmpR : (methyl)phenol
- PcaR : p-hydroxy benzoate
- CatR : cis,cis-macomater
- PrmR : n-alkane
- XylR : nitrotoluene
- Toluene
- AreR : Benzyl alkanoate
- BenR : Bezoate
- SalR : Salicylate Esters
企画のための予備知識調べ
①バイオブリックパーツを挙げる ：福富、杉山
Sender signal 
- BBa_F1610(available,works)
3OC6HSL Sender device
LuxIを発現→3OC6HSLをつくります。BBa_F1610のregistry
他に-butyryl-HSL,3OC14HSLを出すパーツもありますが、実際に働くかはわかりません。
また、構造が似ているため混信してしまう可能性あり。 AHL構造
Siganl receiver
- BBa_F2620(available,works)
Input:3OC6HSL Output:Pops
（利用法：ＧＦＰ合成BBa_T9002)
RBS
- RBSの翻訳速度？に違いがあるパーツがある模様…？
- BBa_B0034 基準
- BBa_B0030 (strong) efficiency 0.6
- BBa_B0032 (medium) efficiency 0.3
- BBa_B0031 (weak) efficiency 0.07
- BBa_B0033 (weaker) efficiency 0.01
Promoter
- LacI regulated(induced by IPTG)
②入力の追従性を高めるためには？ ：冨永、香取
- GFPのfolding時間について
'superfast' GFPという変異体のfolding時間は、1000秒ちょっと(in vitro)だ、というデータが載ってました。また、folding時間が短いのに加えて、unfoldしにくく、GFPとしての機能をほとんど損なわないものでもあるそうです。(Fisher AC, DeLisa MP (2008) Laboratory Evolution of Fast-Folding Green Fluorescent Protein Using Secretory Pathway Quality Control. PLoS ONE 3(6): e2351. doi:10.1371/journal.pone.0002351)
- ルシフェリンをエネルギー源としてGFPを光らせる、「生物発光共鳴エネルギー移動（BRET、 Bioluminescence Resonance Energy Transfer）」という現象の利用(自ら光る蛍光タンパク質による高精度細胞イメージング技術の開発より)
ルシフェラーゼ濃度とルシフェリンの発光強度の関係には、両対数で直線になるものもある（promega:Renilla luciferase assay systemより）。ルシフェラーゼをGFPに結合させるので、foldingに時間がかかりすぎてしまう。
- 大腸菌による青色色素の合成(PATENT)
ＤＣＳ生産性放線菌(S. lavendulae)に特異的に存在する遺伝子：bpsA (blue-pigment synthetase A)を、大腸菌に導入することによって（４'－ホスホパンテテイニル基転移酵素遺伝子を挿入した発現ベクター（例えば、pSTV/svp）を同時に導入し、共発現させる必要あり）、青色色素（indigoidine）を合成させることができる。生成速度、分解速度は調査中。
③（入力に対して）リニアなプロモーターにはどんなのがある？ ：小林、久保
・2007東工大作成のハイブリットプロモーター。（ひとつはlac repressorで制御され、もう一方はAHLで活性化されます。） BBa_I751101
・アラビノースプロモーター
（・AHL、luxRの種類の選択により、pluxの発現強度とAHL濃度にリニアな関係が得られる。）
④読み出し可能な出力って？ ：川崎、井山
出力の種類として大まかに8つの項目でわけてみました。
- ①蛍光タンパク質
- パーツとしてすでに多く存在。閾値を見るのになら向いてるかも・・・
- 色素と比べ必要な遺伝子が少ない。複雑になる回路に向いてそうです。
- ②色素
- ・・・カロテノイドなど色素を発生させるには一つの遺伝子ではできない。
- ③走化性
- 誘引物質の刺激がないときは、CheAが活性化されていて、細胞内にある応答調節因子である CheYのアスパラギン酸残基をリン酸化し、
- リン酸化したCheYがべん毛モーターの右回転（方向転換）を起こす。つまり、細胞は方向転換してその場を離れようとする。
- 逆に誘引物質が受容体に結合すると、CheAは不活性のままで、リン酸化型CheYの濃度が下がり、べん毛モーターは左回転（直進）する。
- 一定時間直進し、方向転換してはまた直進を繰り返す大腸菌だが、誘引物質の濃度が高い方へ進んでいるときは直進する頻度が増加する。
- また一定の刺激が続くと受容体が応答しにくくなるという性質により、刺激物質濃度の時間変化を検出できる。
- ④増殖系
- 増えます。
- ⑤匂い系
- ⑦シグナル系
- ホモセリンラクトン
- ・・・約pH７で半減期は1000分。培地が塩基性になるとAHLのラクトン環が加水分解される。
- ⑧人工物質系
- 人工物質を大腸菌に作らせることができるらしい。
- この機能が使えるなら、『消えない分子』の問題が解消するはず。詳細は調査中。
リプレッサー候補として、今のところ以下のようなものが挙げられています。
＊DmpR : (methyl)phenol
＊PcaR : p-hydroxy benzoate
＊CatR : cis,cis-macomater
＊PrmR : n-alkane
＊XylR : nitrotoluene
- Toluene
＊AreR : Benzyl alkanoate
＊BenR : Bezoate
＊SalR : Salicylate Esters
勉強会
- 今までの勉強会についての簡単なログです。
6/28/08 メール勉強会
- 色素について
6/26/08 第6回勉強会
5/30/08 Wiki講習会
5/03/08 第7回事例研究
5/02/08 第6回事例研究
5/01/08 第5回事例研究
4/28/08 第4回事例研究
4/25/08 第5回勉強会&第3回事例研究
4/22/08 第2回事例研究
4/18/08 第1回事例研究
4/17/08 第4回iGEM勉強会
4/14/08 第3回iGEM勉強会
4/11/08 第2回iGEM勉強会
4/09/08 第1回iGEM勉強会
- 「iGEMとはなにか？」
- プレ事前研究
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