Team:Warsaw

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)

Revision as of 10:38, 8 September 2008



First we want to note that our initial plans was very different from what we actually managed to do. Our plans were really amazing: we wanted to create system of biological machines which would allow to investigate protein interactions and simultaneously change sequence of one of them in order to achieve the strongest possible interaction. To make it work we planned to put the DNA sequence of tested protein on low-copy plasmid and transform it to bacterial strain in which it would be mutated (lets call the strain ‘one-armed bandit’). Parts present on this plasmid would cause the protein to be attached to outer bacterial membrane, where the selection would occur. We planned that such selection system would allow us to search for antibodies with new specificities or screen protein libraries.

@@ Line 72: / Line 72: @@
    </tr>
    <tr>
-    <td valign="top" background="https://static.igem.org/mediawiki/2008/9/90/Igrm_notebook_r2_c1.jpg" class="home">Na początku należy uprzedzić że nasze pierwsze plany w pewnej mierze rozminęły się z tym co w końcu zrobiliśmy. A plany mieliśmy naprawdę niesamowite: chcieliśmy stworzyć układ maszyn biologicznych, które umożliwiały badanie oddziaływań białek przy jednoczesnej próbie zmiany sekwencji jednego z nich tak aby znaleźć najsilniejsze możliwe oddziaływanie. Cały układ miał wyglądać mniej więcej następująco. Sekwencja DNA badanego białka lub cała biblioteka takich sekwencji umieszczona na nisko kopijnym plazmidzie miała zostać transformowana do szczepu w którym ta sekwencja ulegałaby stosunkowo częstym mutacjom (nazwijmy ten szczep "jednorękim bandytą"). Jednocześnie plazmid ten umożliwiałby prezentację tychże białek na powierzchni komórek bakteryjnych gdzie istniałaby możliwość selekcji komórek posiadających białko najsilniej oddziałujące z białkiem wprowadzonym do pożywki. Wyobrażaliśmy sobie że taki układ urządzeń pozwoliłby na znajdowanie przeciwciał o nowych właściwościach czy przeszukiwanie w zupełnie nowy sposób bibliotek sekwencji kodujących  różne białka. </td>
+    <td valign="top" background="https://static.igem.org/mediawiki/2008/9/90/Igrm_notebook_r2_c1.jpg" class="home">First we want to note that our initial plans was very different from what we actually managed to do. Our plans were really amazing: we wanted to create system of biological machines which would allow to investigate protein interactions and simultaneously change sequence of one of them in order to achieve the strongest possible interaction. To make it work we planned to put the DNA sequence of tested protein on low-copy plasmid and transform it to bacterial strain in which it would be mutated (lets call the strain ‘one-armed bandit’). Parts present on this plasmid would cause the protein to be attached to outer bacterial membrane, where the selection would occur. We planned that such selection system would allow us to search for antibodies with new specificities or screen protein libraries. </td>
     <td><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2008/5/52/Spacer.gif" width="1" height="530" border="0" alt="" /></td>
    </tr>