Team:Chiba/jk

From 2008.igem.org

(Difference between revisions)
Line 14: Line 14:
:*phnolの溶解度8.3 g/100 ml(20℃)[http://en.wikipedia.org/wiki/Phenol [1]]
:*phnolの溶解度8.3 g/100 ml(20℃)[http://en.wikipedia.org/wiki/Phenol [1]]
:*tyrosineからphenolを合成する反応[http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?rn:R00728 [R00728]]
:*tyrosineからphenolを合成する反応[http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?rn:R00728 [R00728]]
 +
:*tyrosineからphenolを合成する酵素：TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.99.2 EC 4.1.99.2 ]
:*TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)の原典
:*TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)の原典
::*Kumagai, H.,and H. Hideki.Tyrosine Phenol Lyase Purification Crystallization,and Properties :''Biol.Chem''.,'''245''',No.7,1767-1772,1970
::*Kumagai, H.,and H. Hideki.Tyrosine Phenol Lyase Purification Crystallization,and Properties :''Biol.Chem''.,'''245''',No.7,1767-1772,1970

Revision as of 15:45, 17 July 2008

Home / Internal / おしらせ / 実験ログ / 勉強会ログ / Meeting / BS / 考えてることを共有しようのページ / Graveyard

[


] α-Team

  • シグナル分子システム作成班
  • 冨永将大 Masahiro Tominaga
  • 川崎浩平 Kohei Kawasaki
  • 久保喬義 Takayoshi Kubo
  • 杉山まい Mai Sugiyama
  • 調べたこと
  • phnolの溶解度8.3 g/100 ml(20℃)[http://en.wikipedia.org/wiki/Phenol [1]]
  • tyrosineからphenolを合成する反応[http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?rn:R00728 [R00728]]
  • tyrosineからphenolを合成する酵素：TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.99.2 EC 4.1.99.2 ]
  • TPL(Tyrosine Phenol-Lyase)の原典
  • Kumagai, H.,and H. Hideki.Tyrosine Phenol Lyase Purification Crystallization,and Properties :Biol.Chem.,245,No.7,1767-1772,1970
TPL(Escherichia intermedia A-21由来)の特性について.以下の項目について説明があります。
  • stability
  • stoichiometry
  • sedimentation coefficient(20℃,water)= 7.77
  • diffusion coefficient(20℃,water)=4.42×10-7cm2/sec
  • Michaelis constant = 2.31×10-4 M　(基質はL-tyrosine)
  • inhibitor(L-alanine) Ki=6.53×10-3 M
  • inhibitor(phenol) Ki=3.56×10-5 M
･･･他
  • Kumagai, H.,and H. Hideki.Tyrosine Phenol Lyase Coefector Requirements:Biol.Chem.,245,No.7,1773-1777,1970
TPLはピリドキサルリン酸(PLPA)がないと不活性である。また、最大活性を示すには、K+およびNH4+が必要。Na+により不活性化。など、TPLの機構についての説明があります。
  • Nick J. P. Wierckx,* Hendrik Ballerstedt, Jan A. M. de Bont, and Jan Wery.Engineering of Solvent-Tolerant Pseudomonas putide S12 for Bioproduction of Phenol from Glucose:Appl. Environ. Microbiol.,71,No.12,8221-8227,2005
グルコースからチロシン経由でpseudomonas putide S１２で２５時間後にフェノールを１．５ｍＭ生成。オクタノールの媒質二相で100時間後にフェノールを５８ｍＭ生成
  • tyrosine biosynthesis pathway [http://www.kegg.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=ppu&mapno=00400 Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis - Pseudomonas putida KT2440]
＊論文とは違う株です。
  • Milic Dalibor; Matkovic-Calogovic Dubravka; Demidkina Tatyana V; Kulikova Vitalia V; Sinitzina Nina I; Antson Alfred A.Structures of apo- and holo-tyrosine phenol-lyase reveal a　catalytically critical closed conformation and suggest a mechanism for activation by K+ ions.Biochemistry,45,7544-7552,2006
TPLの触媒作用に重要なコンホメーションについて、およびフェノール生成反応のメカニズムについての記述があります。、
  • Gibson, J.M.,P. S. Thomas, J. D.Thomas, J. L. Baker, S. S. Chandran, M. K. Harrup, K. M. Draths, and J. W. Frost.Benzene-Free Synthesis of Phenol.Angew.Chem.Int.Engle.40,1945-1948
フェノールをシキミ酸から合成。

β-Team

  • 出力システム作成班
  • 福冨浩樹 Hiroki Fukutomi
  • 小林あおい Aoi Kobayashi
  • 香取崇広 Takahiro Katori
  • 井山佳美 Yoshimi Iyama


Home / Internal / おしらせ / 実験ログ / 勉強会ログ / Meeting / BS / 考えてることを共有しようのページ / Graveyard

Retrieved from "http://2008.igem.org/Team:Chiba/jk"