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Sept. 18th 2008

attendees
Philipp Mappes, Katja Arndt, Kristian Müller, Normann Kilb, Robert Gawlik, Simone Weber, Kathrin Pieper, Sabine Jägle

organisatory

• Bioss agrees to sponsorship
• team picture for wiki
• next meeting: wednesday, Sept. 24th 15.30
• lab: new box-arrangement (Normann)
• table for cloning strategy (Kathrin)

Ca-Messung

• date for measurement at the AFM (Nitschke)
• Eventuell können wir die Ca-Messung auch mit einem Mitarbeiter der Henneke Arbeitsgruppe der Kinderklinik durchführen. Es muss allerdings noch abgeklärt werden, ob wir deren Protokoll für unsere Zellen und Fragestellung verwenden können. Abklärung am Montag, 22.9 (Sabine)
• Eventuell könnte man die Messung auch an der Imaging Facility der Medizin durchführen --> E-Mails schreiben an die zuständigen Personen oder vorbeigehen

Wiki

• Die Wikiseite soll übertragen werden (Robert und Philipp).
• Es soll ein finaler Report erstellt werden über das gesamte Projekt, welcher wie eine Publikation aufgebaut ist (alle)
• Das Labjournal über den PhyA Teil soll ausgebaut werden (Moritz)

Partsbestellungen

• Bei ATG nachfragen wo unsere Bestellungen bleiben und ob das mit dem erneuten Zuschicken des Plasmids nun geklappt hat (Philipp)
• Bei der Geneartbestellung der Transmembranregion des BCR waren Unklarheiten aufgetreten. Kontrolle und Korrektur der Bestellung (Kathrin)
• Wir werden versuchen das Signalpeptid über PCR selbst zu synthetisieren --> Primerbestellung (Kathrin)

Kontrolle der Bindung der DNA Origamis an die Zellen

• Einfügen eines Waschschrittes nach Zugabe der DNA Origamis
• Die Zellen sollten für die Messung in Mg2+ gehalten werden
• Eventuell könnte man die Messung auch als ELISA durchführen --> immobilisierter AK --> daran bindet das DNA Origami --> 1. die an bestimmte Oligos gekoppelten Fluorophoren können dann detektiert werden --> 2. Man könnte auch Oligos mit Biotin für die DNA Origamis verwenden (sind im Labor vorhanden) und über Streptavidin und ein gekoppeltes Enzym eine Enzymreaktion auslösen
• Kontrolle ob der monoklonale AK an das DNA Origami binden kann (Messung im AFM) --> Daniel anrufen (Simone)

Sept. 24th. 2008
...

Sept. 29th 2008
...

Oct. 7th 2008'
...

Oct. 17th 2008

participants:
Philipp Mappes, Katja Arndt, Kristian Müller, Normann Kilb, Robert Gawlik, Michael Kneib

Final report

• structure equal to a scientific paper containing the parts Abstract, Introduction, Materials and Methods, Results
• fusion of all sections we worked in: Origami, AFM, FACS, CA²⁺/Fura measuremt, cell cultures, modeling, ethics
• quotation of literature through autor and year of publication in the text (Max Muster, 2007), full quotation in references in the end
• deadline Friday Oct. 24th 2008

official wikipediasite

• continue the labjournal on the official page only
• not too much linking: maintenance of the flow of information
• all embedded files should start with "Freiburg2008"

iGEM parts

• uploading the parts starting on Monday Oct. 20th 2008

Oct. 21th 2008

participants:
Moritz Busaker, Philipp Mappes, Kristian Müller, Normann Kilb, Robert Gawlik, Michael Kneib, Kathrin Pieper, Simone Weber

Cloning:
At least - All the constructes are cloned!!!

construcs:

pMA - singalpeptide – scFv-anti-NIP – gggs-Linker – transmembran region - X – pMA

X :

• bla1(1/2 beta-Lactamase)-
  
• bla2 (1/2 beta-Lactamase) –
  
• split-linker-C-CFP(Cerutan) –
  
• N-CFP –
  
• split-linker-C-GFP (split venus)–
  
• N-GFP –
  
• luciferase 1 (58) –
  
• luciferase 2 (57) –
  

Next steps:
1) We want to test, if the transmembran region really is located in the membrane
Therefore we want to clone a constructe which expresses a YFP on the cytoplasmic side of the receptor.
Construct:
- singalpeptide – scFv-anti-NIP – gggs-Linker – transmembran region - split-linker - bla1 - YFP -

2) We also want to test, if we able to bringe the receptors together by using a NIP coupled peptide.
Therefore we need the peptides from Schamels group -> Norman will ask them.

3) Origami-We want to try if the Origami are able to bring two or more receptors together.
Have to produce new Origami -> Michael and Norman

Next meeting: Oct. 23th 2008