Team:Chiba/Calendar-Home/21 August 2008

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(Difference between revisions)

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>Home | Notebook

20 August 2008 <|> 22 August 2008

Laboratory work

Team:Input

8.20にtransformationしたもの

BBa_R0051(2007)
BBa_R0051(2006)
BBa_J06650(2007)
BBa_J06650(2006)
BBa_J22136(2007)
BBa_J22141(2007)

を２ml培養、12h。ただしコロニーが１個だけだったBBa_J22141は2ml培養の11h後にIPTGを20μl加え、さらに1h培養した。

UV照射実験(プレート編)(~24日)
-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
グリストをつついて、試験管で2ml培養。(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,Cm,AHL100nM)の2種類。
37℃で12h培養後、濁ったらそれぞれを10⁵希釈してAHLが入っていないものはLB-Amp,Cm,AHLが入っているものはAHL-Amp,Cm,AHL100nMのプレートにそれぞれ20μl撒く。
37℃で12h培養後、きちんとコロニーができていることを確認し、両方のプレートにUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプとプレートの距離は14cm。
UVを照射して9h後、21h後にそれぞれ両方のプレートに次の同じ操作をする。
両方のプレートのコロニーをつついてそれぞれ(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)2ml培養する。
37℃,で12h培養後、濁っていたので、それぞれを(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)のプレートに10⁵希釈して20μl撒いた。

コロニー数

	AHLなし	AHL100nM
9h	606	453
12h	146	151

AHLが入っていないほうのコロニーはいづれも光っていた。→機能チェックはOK

Team:Communication

(20/8)--->PCR

BBa_C0070(2007) [1]
BBa_C0070(2006) [2]
BBa_C0076(2007) [3]
BBa_C0078(2007) [4]
BBa_C0078(2006) [5]

DNA Template	1
dNTP mix	10
Foward Primer	5
Reverse Primer	5
DNA polymerase TAQ	1
Thermopol Buffer	5
dH2O	28
TOTAL	50μL

95℃,5min -> ( 95℃,1min -> 52℃,1min -> 72℃,1min )･･･25cycles -> 72℃,10min -> 6℃

--->Gel Check

Sample DNA	3
Loading Dye	2
dH2O	7
TOTAL	12μL

From left;

BBa_C0078(2007) [6] -> None
BBa_C0078(2006) [7] -> None
BBa_C0076(2007) [8] -> None
BBa_C0070(2007) [9] -> OK
BBa_C0070(2006) [10] -> OK

Transformation

competent cells : XL10G

BBa_S03154(2007) [11]
BBa_S03154(2006) [12]
BBa_I9026(2007) [13]
BBa_I9026(2006) [14]
BBa_I9030(2007) [15]
BBa_I9030(2006) [16]

--->(23/8)Digestion

Team:Output

Transformation

BBa_J32007(Lux CDABE)-->no colony
BBa_B0034(RBS)-->colony

結果:成功→RBS

失敗→Lux CDABE(二回行ったがどちらもコロニーができなかった)→三回目に成功

@@ Line 1: / Line 1: @@
-'''OUTPUT TEAM'''
+>[[Team:Chiba|Home]] | [[Team:Chiba/Notebook|Notebook]]
-*transformation
-Lux CDABE(J32007:2007),RBS(B0034:2007)
+[[Team:Chiba/Calendar-Home/20 August 2008|20 August 2008 <]]|[[Team:Chiba/Calendar-Home/22 August 2008|> 22 August 2008]]
+==Laboratory work==
+===Team:Input===
+.20にtransformationしたもの
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)
+を２ml培養、12h。ただしコロニーが１個だけだったBBa_J22141は2ml培養の11h後にIPTGを20μl加え、
+さらに1h培養した。
+<br>UV照射実験(プレート編)(~24日)
+<br>-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
+<br>グリストをつついて、試験管で2ml培養。(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,Cm,AHL100nM)の2種類。
+<br>37℃で12h培養後、濁ったらそれぞれを10<sup>5</sup>希釈してAHLが入っていないものはLB-Amp,Cm,AHLが入っているものはAHL-Amp,Cm,AHL100nMのプレートにそれぞれ20μl撒く。
+<br>37℃で12h培養後、きちんとコロニーができていることを確認し、両方のプレートにUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプとプレートの距離は14cm。
+<br>UVを照射して9h後、21h後にそれぞれ両方のプレートに次の同じ操作をする。
+<br>両方のプレートのコロニーをつついてそれぞれ(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)2ml培養する。
+<br>37℃,で12h培養後、濁っていたので、それぞれを(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)のプレートに10<sup>5</sup>希釈して20μl撒いた。
+コロニー数
+<table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
+<td width="257"></td>
+<td>AHLなし</td><td>AHL100nM</td>
+<tr>
+<td>9h</td>
+<td>606</td><td>453</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>12h</td>
+<td>146</td><td>151</td>
+</tr>
+</table>
+AHLが入っていないほうのコロニーはいづれも光っていた。→機能チェックはOK
+===Team:Communication===
+:(20/8)--->'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
+::*BBa_C0070(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0070]
+::*BBa_C0070(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0070]
+::*BBa_C0076(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0076]
+::*BBa_C0078(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0078]
+::*BBa_C0078(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0078]
+<table width="315" border="2" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
+<tr>
+<td width="257">DNA Template</td>
+<td>1</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>dNTP mix</td>
+<td>10</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>Foward Primer</td>
+<td>5</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>Reverse Primer</td>
+<td>5</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>DNA polymerase TAQ</td>
+<td>1</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>Thermopol Buffer</td>
+<td>5</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>dH2O</td>
+<td>28</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>TOTAL</td>
+<td>50μL</td>
+</tr>
+</table>
+:95℃,5min -> ( 95℃,1min -> 52℃,1min -> 72℃,1min )･･･25cycles -> 72℃,10min -> 6℃
+:--->'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+{|align="justify"
+|[[Image:Chiba-0821.JPG]]
+|
+:<table width="315" border="2" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
+<tr>
+<td width="257">Sample DNA</td>
+<td>3</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>Loading Dye</td>
+<td>2</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>dH2O</td>
+<td>7</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>TOTAL</td>
+<td>12μL</td>
+</tr>
+</table>
+:From left;
+::*BBa_C0078(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0078] -> None
+::*BBa_C0078(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0078] -> None
+::*BBa_C0076(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0076] -> None
+::*BBa_C0070(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0070] -> OK
+::*BBa_C0070(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_C0070] -> OK
+|}
+:'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
+:competent cells : XL10G
+::*BBa_S03154(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_S03154]
+::*BBa_S03154(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_S03154]
+::*BBa_I9026(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_I9026]
+::*BBa_I9026(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_I9026]
+::*BBa_I9030(2007) [http://partsregistry.org/Part:BBa_I9030]
+::*BBa_I9030(2006) [http://partsregistry.org/Part:BBa_I9030]
+--->(23/8)'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
+===Team:Output===
+[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J32007 BBa_J32007](Lux CDABE)-->no colony
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_B0034 BBa_B0034](RBS)-->colony
 :結果:成功→RBS
 :失敗→Lux CDABE(二回行ったがどちらもコロニーができなかった)→三回目に成功