Team:Chiba/jk/β

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Revision as of 16:38, 24 September 2008

送受信班の実験ノート

モジュール解説

感度差による応答時間の差

任意の順番と、delay-timeをもった遺伝子発現を実現するために、バクテリア間の細胞間通信、クオラムセンシングを利用する。クオラムセンシングでは、応答閾値を超えるAHLが蓄積されたとき初めて、目的遺伝子の発現がおこる。AHL情報がじゅうぶんゆっくり蓄積するとき、ひとつのAHL送信装置に対して、感度の異なる複数の受信装置によってさまざまな出力装置を独立に起動すれば、感度の高いAHL 受信機ほど先に起動する。

Controlling the Delay time of the AHL signaling

LuxIのつくるAHLに対して、感度差による応答時間差は、２つの方法で実現することができる。

LuxR/ Pluxの感度変異体を用いる場合
LuxRの変異体を用いることで、[http://www3.interscience.wiley.com/journal/118659647/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0 C. H. Collins.et al.:Directed evolution of

Vibrio fischeri LuxR for increased sensitivity to a broad spectrum of acyl-homoserine lactones.Mol. Microbiol.2005.55(3).712–723]

クロストークを使う場合

Crosstalkが起こりうることをまず説明。そしてそのcrosstalkの程度を知らせる。そしてsignal分子の蓄積速度が一定ならば，1/20のcrosstalk効率のLuxI-LuxR/Pluxよりも20倍

インデューサーの合成速度を下げる。
RBSの調整(B0030-->B0033)
コピー数の調整(5-->300)
レセプタータンパク質とAHLとの親和性を下げる-->複合体を形成しにくくする。
クオラムセンシングのクロストークを利用する。生物によってAHL(Acyl-L-Homoserine Lactone)のアシル基が異なる(ref.3).
生物種ごとのクオラムセンシングについては、ref.9参照.

ex)( )内はシンターゼ
- P.aeruginosa->C4-AHL(RhlI)
- V. fisheri->C6-3-oxo-AHL(LuxI)
- A.tumefaciens->C8-3-oxo-AHL(TraI)
- P.aeruginosa->C10-3-oxo-AHL(VanI)
- P.aeruginosa->C12-3-oxo-AHL(LasI)
- R.leguminosarum->C14-3-hydroxy-AHL(CinI)

Construction(From BioBrick)

Sender(Autoinducer synthase)

LuxI,LasI,CinI,RhlI(lacプロモーター)

Receiver

LuxR,LasR,CinR,RhlR

Cross-Talk Check

LuxR vs LuxI(OK),LasI(OK),CinI(?),RhlI(OK)
LuxI vs LuxR,LasR,CinR,RhlR

RBS交換

既存のパーツ
- B0034+luxI
New parts(planning)
- B0033(weak)+luxI
- B0032(medium)+luxI
- B0031(weaker)+luxI

time-delay実験結果

Discussion
- トランスファーカーブの形はすべて同じ。蛍光強度のみが低下する（cross-talk,Sendersを減らした場合）
- 原理（仮説）に問題あり？

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-=='''実験について（どこにおいたらいいか分からなかったので～不必要かも）'''==
+==モジュール解説==
-===時間スイッチ作成===
+===感度差による応答時間の差===
+任意の順番と、delay-timeをもった遺伝子発現を実現するために、バクテリア間の細胞間通信、クオラムセンシングを利用する。クオラムセンシングでは、応答閾値を超えるAHLが蓄積されたとき初めて、目的遺伝子の発現がおこる。AHL情報がじゅうぶんゆっくり蓄積するとき、ひとつのAHL送信装置に対して、感度の異なる複数の受信装置によってさまざまな出力装置を独立に起動すれば、感度の高いAHL 受信機ほど先に起動する。
+=== Controlling the Delay time of the AHL signaling ===
+LuxIのつくるAHLに対して、感度差による応答時間差は、２つの方法で実現することができる。
+#LuxR/ Pluxの感度変異体を用いる場合<br>LuxRの変異体を用いることで、[http://www3.interscience.wiley.com/journal/118659647/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0 C. H. Collins.''et al.:''Directed evolution of
+Vibrio fischeri LuxR for increased sensitivity to a broad spectrum of acyl-homoserine lactones.Mol. Microbiol.2005.'''55'''(3).712–723]
+#クロストークを使う場合
+Crosstalkが起こりうることをまず説明。そしてそのcrosstalkの程度を知らせる。そしてsignal分子の蓄積速度が一定ならば，1/20のcrosstalk効率のLuxI-LuxR/Pluxよりも20倍
-発現時間の調節をするために、以下の要件が挙げられる。
 #インデューサーの合成速度を下げる。<Br>RBSの調整(B0030-->B0033)<Br>コピー数の調整(5-->300)