Team:Chiba/jk/β

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(→Controlling the Delay time of the AHL signaling)
(→Controlling the Delay time of the AHL signaling)
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*AHLsおよびその合成酵素
*AHLsおよびその合成酵素
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**P.aeruginosa->C4-AHL(RhlI)
+
<table width="500" border="1" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000" center>
-
**V. fisheri->C6-3-oxo-AHL(LuxI)
+
<tr>
-
**A.tumefaciens->C8-3-oxo-AHL(TraI)
+
<td width="200">Strain</td>
-
**P.aeruginosa->C10-3-oxo-AHL(VanI)
+
<td width="200">Signal Molecule</td>
-
**P.aeruginosa->C12-3-oxo-AHL(LasI)
+
<td width="150">Enzyme<td>
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**R.leguminosarum->C14-3-hydroxy-AHL(CinI)
+
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>P.aeruginosa</td>
 +
<td>C4-HSL</td>
 +
<td>RhlI</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>V. fisheri</td>
 +
<td>C6-3-oxo-HSL</td>
 +
<td>LuxI</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>A.tumefaciens</td>
 +
<td>C8-3-oxo-HSL</td>
 +
<td>TraI</td>
 +
</tr>
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<tr>
 +
<td>P.aeruginosa</td>
 +
<td>C10-3-oxo-HSL</td>
 +
<td>VanI</td>
 +
</tr>
 +
 
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<tr>
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<td>P.aeruginosa</td>
 +
<td>C12-3-oxo-HSL</td>
 +
<td>LasI</td>
 +
</tr>
 +
 
 +
<tr>
 +
<td>R.leguminosarum</td>
 +
<td>C14-3-hydroxy-HSL</td>
 +
<td>CinI</td>
 +
</tr>
 +
</table>
===Construction(From BioBrick)===
===Construction(From BioBrick)===

Revision as of 17:00, 24 September 2008

>実験ログ

Contents

送受信班の実験ノート


モジュール解説

感度差による応答時間の差

任意の順番と、delay-timeをもった遺伝子発現を実現するために、バクテリア間の細胞間通信、クオラムセンシングを利用する。クオラムセンシングでは、応答閾値を超えるAHLが蓄積されたとき初めて、目的遺伝子の発現がおこる。AHL情報がじゅうぶんゆっくり蓄積するとき、ひとつのAHL送信装置に対して、感度の異なる複数の受信装置によってさまざまな出力装置を独立に起動すれば、感度の高いAHL 受信機ほど先に起動する。

Controlling the Delay time of the AHL signaling

LuxIのつくるAHLに対して、感度差による応答時間差は、２つの方法で実現することができる。

  1. LuxR/ Pluxの感度変異体を用いる場合
    LuxRの変異体を用いれば、pluxがonになるAHL濃度が<1nMから~10nMまで変化する。[http://authors.library.caltech.edu/5553/ C. H. Collins.et al.:Mol.Microbiol.2005.55(3).712–723]
  2. クロストークを使う場合
AHL=Acyl-homoserine Lactoneには、そのアシル基が異なる種類がある。luxIが合成するAHLは、3-oxo-hyxanoyl-Homoserine Lactone (=OHHL)であり、3-oxo-dodecanoyl-homoserine Lactone(=ODHL)や、butyryl-homoserine Lactone(=HHL)が存在する。それぞれ、合成酵素はLasI、RhlI（ともにシュードモナス由来）と呼ばれる。このほかのAHL分子と、その合成酵素を以下に示した。これらのAHL分子は、アシル基のみが異なるため、一定の割合でLuxRと相互作用する（cross-talkする）。たとえば、OdHLとLuxRとのcross-talk（LasI-LuxR）は、OHHLとLuxRの場合（LuxI-LuxR）の1/20である。AHL分子の蓄積速度が一定ならば，luxI-LuxR/Pluxよりも20倍遅くスイッチが入ることとなる。
  • AHLsおよびその合成酵素
Strain Signal Molecule Enzyme
P.aeruginosa C4-HSL RhlI
V. fisheri C6-3-oxo-HSL LuxI
A.tumefaciens C8-3-oxo-HSL TraI
P.aeruginosa C10-3-oxo-HSL VanI
P.aeruginosa C12-3-oxo-HSL LasI
R.leguminosarum C14-3-hydroxy-HSL CinI

Construction(From BioBrick)

  • Sender(Autoinducer synthase)
LuxI,LasI,CinI,RhlI(lacプロモーター)
  • Receiver
LuxR,LasR,CinR,RhlR

実験

Cross-Talk Check

  1. LuxR vs LuxI(OK),LasI(OK),CinI(?),RhlI(OK)
  2. LuxI vs LuxR,LasR,CinR,RhlR

RBS交換

  • 既存のパーツ
    • B0034+luxI
  • New parts(planning)
    • B0033(weak)+luxI
    • B0032(medium)+luxI
    • B0031(weaker)+luxI

time-delay実験結果

  • Discussion
    • トランスファーカーブの形はすべて同じ。蛍光強度のみが低下する（cross-talk,Sendersを減らした場合）
    • 原理（仮説）に問題あり？


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