Team:KULeuven/Discussion

From 2008.igem.org

Latest revision as of 14:52, 3 October 2008

• Home
• Reports
• Calendar

• Project abstract
• Meet the team
• Leave a message
• Mail us

• The Team
  Research Labs and Groups Students Instructors Advisors Pictures
• The Project
  Summary Components

  Input Output Filter InverTimer Reset Cell Death Memory

  Safety End Evaluation Literature Brainstorm
• Ethics
  Introduction Three A's

  Defining the three A's Developments in modern physics Developments in biology

  Concerns & Issues

  Defining synthetic biology A framework Concerns Issues The need for answers

  Biological Robotics

  KULeuven iGEM 2008 project Biological robotics

  Afterword References
• Submitted Parts
  Sandbox
• Modeling
  Overview Kinetic Constants Components

  Output Filter InverTimer Reset Cell Death Memory

  Full Model Sensitivity Analysis Multi-cell Model Diffusion
• Data Analysis
  Overview New Parts

  GFP (LVA-tag) Other

  Components

  Input Output Other
• Software
  Multi-cell Toolbox Simbiology2LaTeX Toolbox
• Notebook
  Protocols Reports

  Daily Weekly

  Lab Data

  Freezer Primers Ligation

  Tools Press Acknowledgments

Een naam voor ons project

Iedereen doet één of meerdere suggesties tegen woensdagavond 30 juli en dan stemmen we op donderdag.

• IntelliDrug
• InDruProBa (Intelligent Drug Producing Bacteria)
• DrugAlive / DrugAlive&Thinking (variant of Alive&kicking)
• LivingDrug
• BactoBrain (because it has a memeory and is intelligent)
• Doctor E.Coli - Dr.Coli
• E. coli delivery inc.
• Drug Sentinel: Search and Dope
• E.ColiCure / ColiCure
• Healing Coli

Domme vragen (nee, er zijn geen domme vragen alleen domme ...)

wiki

• hoe zie je makkelijk wie wat wanneer gepost heeft als er niets bij staat? Altijd via changes en zoeken of kan het sneller? merci! -Ingethijs 09:41, 2 July 2008 (UTC)
  • via "watch"; op elke wiki pagina heb je vanboven enkele links staan: page,discussion,edit,history,... op de pagina(s) die jouw interesseren klik je op "watch" (juist zoals je op de pagina die je wilt wijzigen op "edit" klikt); -Antoine
  • indien je dan geïnteresseerd bent in de laatste wijzigingen ga je naar Watchlist, zorg wel dat je ingelogd bent op jouw account, alle pages waar je op "watch" hebt gedrukt tonen er hun laatste wijzigingen met de naam wie de wijziging heeft aangebracht -- je kan ook simpleweg op een aparte pagina in je browserscherm "Special:Watchlist" typen (https://2008.igem.org/Special:Watchlist); -Antoine
  • interessant: scroll naar beneden op deze pagina (of eender welke wiki pagina), daar zie nog meerdere links, één ervan is "My preferences" --> klik erop en dan krijg je aan de linkerkant een tablijst --> klik op de "Watchlist" tab en daar kan je enkele opties selecteren, de nuttigste zijn: "Add pages I create to my watchlist" en "Add pages I edit to my watchlist", de verklaringen zijn duidelijk; -Antoine
• vraagje: gebruikt iedereen hier Internet Explorer, of zijn er Firefox gebruikers bij (of enig andere browser)? Beschik namelijk over een stijlvolle dropdown (Zandbak link) zodat we een overzicht behouden in een zee van wiki pagina's, en aanpassen is eveneens zeer makkelijk. Bij Firefox treden er namelijk problemen op, omdat ze weer zo zelfvoldaan zijn wat betreft CSS en dan besluiten om de CSS niet te laten werken (argh...). -Antoine
  • edit: k vraag niet langer nodig, bleek dat de gebruikte css file aan de standaarden voldeed opgelegd door de Firefox validation tool, maar dat css extern opgelegd dan weer niet voldeed, kreeg vreemde meldingen bij de validation. De CSS wordt nu inline verhuist, dus zal ik ze nu ook officieel posten, indien er problemen zijn zeker melden. Ik zal in de navigation bar template de oude bar als noinclude erbij zetten indien er problemen moesten ontstaan... --Antoine
• op verzoek van teamleden heb ik een Google Calendar geïntegreerd, je vindt deze bij de dropdown bar menu Notebook --> Calendar. Probleempje is dat je de embedded versie niet kunt editen, je moet op de google agenda bar rechtsonder klikken en over een Google account beschikken, niet zo flexibel dus, maar ja... -Antoine
  • oh, en ik moet blijkbaar ook je google account toevoegen =S -Antoine

BioBricks

Ligt het aan mij of zijn er geen eenvoudige prokaryote transcriptie activators in de Registry? Ik zie alleen maar activators/repressors die op een of andere manier geinduceerd moeten worden om transcriptie toe te laten. Ik heb eens verder gekeken op andere sites en vond niet direct dergelijke transcriptiefactoren. Bestaan deze gewoon niet in bacterien? -Jonas

Onder deze link zit de tutorial over BioBricks File:TutorialBioBricks.ppt. In de presentatie komen de volgende onderwerpen aan bod:

• Algemene informatie over BioBricks
  • Definitie
  • Soorten BioBricks
  • Nomenclatuur
  • Zoeken van BioBricks
• Plasmiden
  • Definitie
  • Nomenclatuur
• Assembly van BioBricks
• Protocols
  • Paper Punches
  • Punch tool cleaning
  • Transformatie
  • Glycerol stock
• Karakterisatie van BioBricks
  • Meten van promotoractiviteit
  • Algemeen
  • Voorbeeld: Part BBa_F2620

modelleren

Wat willen we nog op de wiki?

• is het mogelijk om op de homepage wat tekst over de foto van het ladeuzeplein te zetten? dat is beter dan dat iedereen moet doorscrollen naar beneden -Ingethijs 09:22, 29 July 2008 (UTC)
  • persoonlijk vind ik dit een beetje moeilijk, omdat tekst op een blauwe achtergrond niet zo goed wordt getoond (tenzij je overgaat op nogal schreeuwerige kleuren) , wat ik echter wel zie zitten is een homepage gelijkaardig qua structuur aan die van Imperial College, het is niet saai, mooi opgedeeld en zeer vlot leesbaar en alle aspecten van het team, Leuven, ... kunnen in een apart vakje. Indien er tekst over de foto heen moet is dit zeker doenbaar. --Avdmeers
• countdown tot iGEM jamboree
  • beetje javascript, zal er voor uitkijken --Avdmeers
• welkomstwoord door de studenten op de eerste pagina, met een beetje reclame voor onze unief en het BioSCENTer
• voorstel: een tools pagina voor templates misschien? -> Team:Kuleuven/Tools/... waaronder dan de templates/ css styles/... staan (dus bv: Team:Kuleuven/Tools/Navigation_Bar), de Tools pagina kan je dan ook wat modificeren om een lijst bij te houden van de subpagina's (krijg je een overzichtje). Dan hoef je niet al de code te dupliceren voor de navigation bar bijvoorbeeld maar gewoon tussen twee accolades de locatie van de code typen. En natuurlijk nuttig om de code wat makkelijker aan te passen. --> van wie komt dit idee? misschien doorspelen aan Jonas en Antoine die de wiki gaan bekijken -Ingethijs 06:34, 1 July 2008 (UTC)

Intro Moleculaire Biologie & Gentech (Hanne/Jonas)

Bij deze de zéér grove inhoud van onze intro voor maandag. Gewoon zaken die we vermelden, niet alles wordt even uitgebreid gezien. We hebben ons vooral proberen te beperken tot de basis en need-to-know zaken. Als je ziet dat er nog iets mankeert of er zijn suggesties/vragen, zet er maar een opmerking onder ofzo. PS: kudos @ Hanne voor het werk aan [http://student.kuleuven.be/~s0158649/iGEM%20Tutorial%20Molec%20Bio.ppt de Powerpoint] :) -Jonas

1. Prokaryote Cel

structuur

celwand en celmembraan

Gram+ en Gram–

Fosfolipdendubbellaag

Peptidoglycaan: polymeer van suikers en aminozuren

Functies

Cytoplasma: waterige oplossing metabolieten, binnen celwand: cytosol + rest

DNA

Replicatie

transcriptie: RNA polymerase, mRNA

translatie: polysoom, ribosoom, genetische code, aminozuren

enzymen, structuur-functie, folding

2. Eukaryote Cel

organellen, nucleus, membranen

complexiteit

compartimentalisatie

chromatine: histonencomplex ipv naakt DNA

processing

flow info in se zelfde als prokaryoten

3. Regulatie

elke stap kan gereguleerd worden

translatie en transcriptie

promotor: RNA polymerase, transcriptiefactoren: activatie of repressie

eg: Lac repressor, induceerbaar

enhancer: bindingsplaats TF’s, verder van gen

regulatorisch netwerk: faag lambda

4. Technieken en tools

PCR

Restrictie

Ligatie

Transformatie

Vectoren (eg pUC)

Selectie

Reporters

Gel Elektroforese

Sequencing (Sanger)

PCR assembly/SOE

Wiki/Notebook/... (Jonas/Antoine)

Notebook

Het zal belangrijk te weten zijn wat er precies van de assistenten en eveneens de studenten wordt verwacht in het notebook. Op dit moment hebben we een methode om een template als een "skelet" mee te geven wanneer je op een dag in de één van de calendars klikt in het notebook gedeelte. -Antoine

Dit is enkel wanneer deze pagina nog niet bestaat. In plaats van dus een lege wikipagina te krijgen van de overeenkomstige dag wordt het template reeds ingeladen. Dan krijg je iets in de vorm van een invulformulier. Het is juist daar dat we best wat meningen kunnen gebruiken hoe dit skelet eruit moet zien. Wat verwacht de student in te vullen en wat verwacht een assistent van een dag uit het notebook. Ideeën tot nu toe:

• Opdelen in punten zoals:
  • Aanwezige studenten
  • Dagplanning (wordt dan normaalgezien de dag ervoor ingevuld)
  • Verloop (op de dag zelf)
  • Evaluatie (welke projectdelen worden/zijn uitgevoerd...)
  • Opmerkingen
  • ...
• Opdeling volgens teams en hun verantwoordelijkheden
  • probleem: teams kunnen variabel zijn naargelang een nieuw deel van het project wordt uitgevoerd (templates moeten worden aangepast, wat niet echt handig is)
  • elk team kan wel wat gedetailleerder worden beschreven (vb: een zeker team maakt gebruik van het lab -> uitgevoerde reacties, ...)
• Opdeling volgens projectfuncties (kan meerdere teams bevatten):
  • Modellering
  • Labwerk
  • ...

-Antoine

We proberen dus zo snel mogelijk een geschikte structuur te vinden.-Antoine

• Persoonlijk denk ik dat opdelen per projectfunctie het handigst is - per deel kan je dan nog aangeven wie wat heeft gedaan. Het opmaken van een dagplanning lijkt me meer iets dat je per subteam op papier doet. Verloop van de experimenten, evaluatie van de experimenten en opmerkingen zoals jullie hierboven aangeven wordt dan per projectfuntie weergegeven. Ik vermoed dat jullie bij projectfunctie ook bedoelen per subproject? Een opdeling per team heeft inderdaad veel kans een warboel te worden. Ivm het modelleren, voor zover ik weet zou dat wel nieuw zijn als we dat ook opnemen in het notebook. -Ingethijs 09:10, 2 July 2008 (UTC)
  • Wat betreft de subprojecten kan dit van tijd tot tijd worden aangepast in de template (bijvoorbeeld als een subproject wordt afgerond en een nieuw wordt opgestart). We moeten natuurlijk wel weten welke subprojecten er zijn en hoe precies we hierin zijn in de template. -Antoine
  • Ik zou opdelen per projectfunctie, en hierin per deelproject (bv. de verschillende bricks die gaan gemaakt worden - eens iedereen het hierover eens is, kunnen we deze definiëren). Zo wordt het overzicht behouden. Waarschijnlijk niet echt haalbaar, maar enerzijds een kalender per deelproject, en anderzijds een kalender die het globale overzicht van het project geeft? Of bv. vertrekken vanaf het schema van onze constructie en als je dan op een 'brick' klinkt, dat je dan naar dat deelproject wordt doorverwezen? - Sigriddk
  • De template bestaat (Tools, en dan New Day template), alleen ben ik nog een beetje onwetend over alle verschillende projectfuncties (voorlopig nog slechts Labwerk en Modellering). Wat betreft de kalender per deelproject, dat gaat een beetje moeilijk worden. Maar met de table of contents op elke notebook dag pagina zal dat niet veel uitmaken denk (als we de deelprojecten als subtitels zetten, dus tussen gelijkheidstekens), dan kan je simpelweg op het deelproject klikken in de inhoudstafel en je krijgt het meteen. Ondertussen zal ik wat meer ervaring proberen op te doen bij notebooks van voorgaande teams. -Antoine

Templates

Voor de templates verwacht ik nog een mail van Meagan van het IGEM team om gebruik te maken van de Template namespace waar we dan een folder KULeuven aanmaken... reden hierom is dat meta-informatie (templates/css files) niet wordt uitgevoerd onder de Team namespace. -Antoine

• Hoeft niet meer, blijkbaar kan het eveneens als je simpelweg op een andere plaats stockeert maar er een "colon" voor zet. Nu kan het echte werk dus beginnen... -Antoine

De templates van Paris (PCR, ligitatie, ...) zullen worden overgenomen qua inhoud. Hun gebruik en uitleg over de parameters zal worden verzorgd op de Tools pagina. -Antoine

Concreet houdt dit in dat alle info voor elke PCR reactie/ligatie/digestie die uitgevoerd wordt, in zeer overzichtelijke tabellen in de notebook terecht komt. Zonder dat er voor de user uitgebreide code aan te pas komt. Indien nodig kan er ook een templaat gemaakt worden voor 96-wells platen.

Freezer

Paris 07 heeft ook gebruik gemaakt van een 'virtuele freezer' om de traceerbaarheid van hun werk gedurende de zomer te verhogen. Telkens wanneer een reactie (ligatie/PCR/digestie) succesvol was werd er een corresponderende lijn toegevoegd aan de freezer met een unieke code (Lx/Px/Dx respectievelijk, waarin x een oplopend nummer is). Elk product kan bijgevolg geidentificeerd worden via zijn specifieke code en de datum waarop het bekomen is. Dit systeem is misschien ook zeer handig om het overzicht te bewaren tijdens het project en tussen de verschillende teams.

• Dit lijkt me een zeer goed idee, zodat iedereen alles gemakkelijk kan terugvinden (en achteraf ook alles goed kan gearchiveerd, of weggegooid :-) kan worden). Zorgt ook voor een continuïteit tussen de verschillende deelgroepjes. Lijkt me ook goed om te kunnen zien of er nog iets over is van bv. een PCR product, en eventueel een plaats van stockage? --Sigriddk 13:30, 2 July 2008 (UTC)

• Ze hebben precies zelf ook al door dat dit een gewenste feature is op de wiki: [http://partsregistry.org/Repository/User_Libraries zie in de Registry] --Jonas 21:54, 2 July 2008 (UTC)

Primer Library

Title says it all: een primer library zoals die van Parijs is basically een pagina zijn waar alle gebruikte primers op staan. Misschien ook zeer handig om herhaling van fouten te vermijden en het overzicht te bewaren.

• de primers zullen besteld worden via het systeem van het CMPG en komen dus automatisch ook in de CMPG databank terecht, maar idd goed idee om ook het overzicht van de iGEM primers apart te houden -Ingethijs 09:03, 2 July 2008 (UTC)

Tools Pagina

Klikkie Hierop zullen links staan naar alle templates en css files die zullen worden gebruikt, bijkomende uitleg wordt gegeven over hun gebruik enz... -Antoine

• De Tools pagina is nu compleet af, hoewel ik de Freezer en Primer Collection persoonlijk een nogal omslachtige methode vind. Liefst zou ik alles in een database programma proppen en aan een database op (een van) mijn webspace(s) linken. Anders dan dat werd er ook gesproken over software die zou worden verdeeld ergens deze maand door IGEM, maar uit ervaring weet ik dat zulke dingen meestal wel veel langer zullen duren. -Antoine

Begeleiding in het labo

Per twee weken is iemand van het CMPG (doctoraatsstudenten en laboranten) verantwoordelijk voor het iGEM team (jullie mogen natuurlijk wel aan iedereen vragen stellen). Er zullen waarschijnlijk bepaalde labotaken zijn waarvoor jullie sowieso op hen beroep moeten doen (bv. primers bestellen, stammencollectie, ... we vullen dit lijstje nog aan -Ingethijs 14:47, 2 July 2008 (UTC)).

• 7-18 juli: Gwendoline en Ami
• 21 juli - 1 augustus: David en Ingmar
• 4-15 augustus: Ami en Hans
• 18-29 augustus: Kim
• 1-12 september: Geert
• 15-19 september: David

Een paar dagen verlof voor de Jamboree?

We hadden het er al over op de informele meeting: is het een leuk idee om eventueel in november een tijdje langer in Boston te blijven? Het is immers geen alledaagse trip en het zou jammer zijn voor maar twee dagen naar de VS te trekken. We gaan bijna langer op het vliegtuig zitten dan in de VS zijn als het ware. Mijn voorstel is om vb te proberen een paar dagen vóór de Jamboree daar te zijn (4 of 5 november), dan zijn we alvast van die vieze jetlag af. Het verblijf die dagen zouden we dan natuurlijk zelf betalen en zo. Wie vindt dit een goed idee? Wie niet? - Benjamien

• nickvd: Ik ben absolute voorstander: de Jamboree is een onvergetelijke belevenis en als we dat kunnen combineren met nog enkele daagjes Boston... Wel een kleine opmerking: is het mss niet beter om een paar dagen langer te blijven, dan valt het verblijf samen met 11 november hier en missen we minder lessen (en voor bepaalde mensen mss verplichte labosessies)?

• Ik vind het zeker ook een goed idee, maar zou inderdaad opteren om iets langer te blijven. Dat zal ons een hele hoop gedoe besparen met verplichte labo's, taken, ed. --Hanne 08:32, 23 May 2008 (UTC)

• Ik ben ook voor. Dit is zoiets dat je maar één keer meemaakt, dus het zou heel leuk zijn als we ons verblijf daar kunnen verlengen. Om het met 11 november te laten samenvallen lijkt me ook makkelijker, die dag missen we dan al zeker niets. -Jan

• Simply brilliant :) - Jonas 11:47, 23 May 2008 (UTC)

• Leuk idee, dan hoef ik mijn verjaardag niet te vieren op het vliegtuig =D - Antoine

• Love it. Maar ik zou inderdaad ook eerder de dagen erna nemen. We hebben sowieso 11 november vrij en na de jamboree zullen we waarschijnlijk ook relaxer zijn. Weet er trouwens iemand hoe dat werkt voor de visum/paspoort?--BNathalie 15:03, 24 May 2008 (UTC)
• I would like to stay a few days longer as well, good idea :). -- Andim

Logo

Uiteindelijke versie in png formaat aangezien de wiki geen svg ondersteunt. De svg is bij mij (Jonas) te bekomen.

final logo op 800*800

Hangeschreven "em"

Ik vind de handgeschreven em het leukst:

• Benjamien
• Jonas
• Liesbeth
• Hanne
• Jan
• Antoine
• Nathalie
• Sigrid
• Elke
• Andim
• maarten
• Inge
• ...

Printed "em"

Ik vind de gedrukte em het leukst:

• ...
• ...
• ...
• ...
• ...
• ...

• Recent changes
• What links here
• Related changes
• Special pages
• My preferences

• Printable version
• Permanent link
• Privacy policy
• Disclaimers