Team:Chiba/notebook/input/august

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８月の実験ログ

９月の実験ログはこちらから。
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2008.8.20

PCR

[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)①
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2008)②
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)③
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2008)④
[http://partsregistry.org/Part:BBa_E0612 BBa_E0612](2008)⑤

>

Sample No.	①	②	③	④	⑤
DNA tamplate	1	1	1	1	1
FW primer	5	5	5	5	5
VR primer	5	5	5	5	5
dNTPmix	10	10	10	10	10
thermo pol buffer	10	10	10	10	10
DNA pol(VENT)	1	1	1	1	1
dH₂O	68	68	68	68	68
TOTAL	100	100	100	100	100

-->Gel Check

>

Sample No.	①	②	③	④	⑤
Sample DNA	1	1	1	1	1
loading dye	1	1	1	1	1
dH₂O	4	4	4	4	4
Total	6	6	6	6	6

-->どれもバンド出ず。

Transformation

[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)

-->BBa_J22141のみコロニーがほとんど生えていなかった。(１個のみ)

2008.8.21

8.20にtransformationしたもの

[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)

を２ml培養、12h。ただしコロニーが１個だけだったBBa_J22141は2ml培養の11h後にIPTGを20μl加え、さらに1h培養した。

UV照射実験(プレート編)(~24日)
-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
グリストをつついて、試験管で2ml培養。(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,Cm,AHL100nM)の2種類。
37℃で12h培養後、濁ったらそれぞれを10⁵希釈してAHLが入っていないものはLB-Amp,Cm,AHLが入っているものはAHL-Amp,Cm,AHL100nMのプレートにそれぞれ20μl撒く。
37℃で12h培養後、きちんとコロニーができていることを確認し、両方のプレートにUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプとプレートの距離は14cm。
UVを照射して9h後、21h後にそれぞれ両方のプレートに次の同じ操作をする。
両方のプレートのコロニーをつついてそれぞれ(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)2ml培養する。
37℃,で12h培養後、濁っていたので、それぞれを(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)のプレートに10⁵希釈して20μl撒いた。

コロニー数

	AHLなし	AHL100nM
9h	606	453
12h	146	151

AHLが入っていないほうのコロニーはいづれも光っていた。→機能チェックはOK

2008.8.22

Mini prep

2ml培養した

[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)

をミニプレした。

insert check:Digestion

[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)

[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)と[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)はsingleのみ、ほかはsingleとdoubleの両方。

混ぜ表

	double	simgle
dH₂O	14	25
10×BSA	7	10
10×NE	7	10
EcoRI	3.5	5
PstI	3.5	-

UV照射実験(液体編)(~24)
-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
グリストをつついて2ml培養×2(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,cm,AHL100nM)
37℃で、12h培養後、濁ったらそのまま小さなプレートにLB培地ごと移してUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプまでの距離は8cm。
UVを照射して、15min,4h,8h,12h,たったら、両方のプレートからLB培地ごと20μlずつ採取しそれぞれ10⁵希釈し、そこから20μlをそれぞれ(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,cm,AHL100nM)のプレートに撒いた。

37℃で12h培養した後のコロニー数

	AHLなし	AHL100nM
15min	136	0?
4h	40	31
8h	10	0
12h	0	0

いづれのプレートもAHLが入っていないものはGFPが確認できたが、AHL100nMのものは確認できなかった。

2008.8.25

[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](insert check済み)のグリセロールストックづくり

プレートに生えたコロニーをpickして、試験管で2ml培養(LB-Amp,37℃,12h)
培養した試験管から180μl,LB-Ampを880μlとって、OD=0.495にした。

OD=0.495培養液	0.67μl
60%グリセロール	0.33μl
20%グリセロールストック(計)	1.00ml

2008.8.28

Transformation

[http://partsregistry.org/Part:BBa_I7106 BBa_I7106](2007) 生えてきたコロニーを10ml培養してMini prep(60mlで溶出):

-->Digestion
混ぜ表

	double
dH₂O	2
10×BSA	1
10×NE	1
EcoRI	0.5
PstI	0.5
DNA	5
TOTAL	10

Digestion 37℃、30分
プラスミドの濃度は33.6ng/μl

PCR
RBS＋CI
混ぜ表


DNA	1
FW primer	2.5
VR primer	2.5
dNTPmix	5
thermo pol buffer	5
DNA pol(VENT)	1
dH₂O	34
TOTAL	50

ゲルチェック

PCR産物	1
Dye	1
dH₂O	4
TOTAL	6

-->濃度は33.6ng/μg

ベクターのPCR
[http://partsregistry.org/Part:BBa_I7106 BBa_I7106]
混ぜ表


DNA	1
FW primer	5
VR primer	5
dNTPmix	10
thermo pol buffer	10
DNA pol(VENT)	1
dH₂O	68
TOTAL	100

ゲルチェック

PCR産物	1
Dye	1
dH₂O	4
TOTAL	6

-->バンド出ず。

2008.8.30

Digestion

x-RBS-cI-s-p(780bp)

混ぜ表

	double
dH₂O	6
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
XbaI	2
DNA	33.6ng/μl×30μl(1μg)
TOTAL	60

-->30μlゲル抽出

-->ゲル抽出

-->Zymo Clean

5μ抽出,うち1μlをゲルチェック-->OK,4μlはLigation用

Digestion

-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)

混ぜ表

	double
dH₂O	4
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
SpeI	4
DNA	75ng/μl×30μl(2μg)
TOTAL	60

-->30μlゲル抽出

ゲル抽出

-->Zymo Clean

-->SAP

混ぜ表


dH₂O	9
DNA	10
SAP	1
SAP Buffer	10
TOTAL	30

5μ抽出,うち1μlをゲルチェック

-->OK,4μlはLigation用

Ligation

混ぜ表

	-	b.g
dH₂O	1.4	8
Ligase	1	1
Ligase Buffer	2	2
Vector	1.8	1
Insert	3	-
TOTAL	10	10

-->Transformation(XL10G)

-->CFU40(b.gは22)

コロニーPCR(16コつつく):PCR

混ぜ表


VF	2
VFR	2
dNTP	2
thermo pol buffer	2
Tag	0.3
dH₂O	11.7
TOTAL	20

-->Insertチェックしたら1つだけ正しい位置にバンドが出現。そのコロニーを2ml培養し、mini prepした。

-->Mini prep

Digestion

x-RBS-cI-s-p(780bp)

混ぜ表

	double
dH₂O	6
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
XbaI	2
DNA	33.6ng/μl×30μl(1μg)
TOTAL	60

Gel Extract

混ぜ表


Digestion産物	30
Dye	6
TOTAL	36

-->Zymo Clean

-->NFW5μlで溶出

-->Gel Check

混ぜ表


dH₂O	4
DNA	1
Dye	1
TOTAL	6

-->Gel Check-->OK

Digestion

-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)

混ぜ表

	double
dH₂O	4
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
SpeI	4
DNA	75ng/μl×30μl(2.25μg)
TOTAL	60

Gel Extract

混ぜ表


Digestion産物	30
Dye	6
TOTAL	36

-->Zymo Clean

-->NFW10μlで溶出

-->SAP

混ぜ表


dH₂O	9
DNA	10
SAP	1
SAP Buffer(×10)	10
TOTAL	30

-->37℃で1h、乾燥機(65℃)で15min,

-->Binding Bufferを90μl加え、VORTEX -->Zymo Clean

-->NFW5μlで抽出

Gel Check

混ぜ表


dH₂O	4
DNA	1
Dye	1
TOTAL	6

-->ゲルチェックOK

Ligation

混ぜ表

	-	b.g
dH₂O	1.4	8
Ligase	1	1
Ligase Buffer	2	2
Vector	1.8	1
Insert	3	-
TOTAL	10	10

-->25℃で2h放置 -->Transformation(XL10G):

-->CFU40(b.gは22)

@@ Line 5: / Line 5: @@
 == 2008.8.20==
-PCR:'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
-<BR>・BBa_J22136(2007)①
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)①
-<BR>・BBa_J22136(2008)②
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2008)②
-<BR>・BBa_J22141(2007)③
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)③
-<BR>・BBa_J22141(2008)④
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2008)④
-<BR>・BBa_E0612(2008)⑤
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_E0612 BBa_E0612](2008)⑤
 <table width="250" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <tr>
-<td width="257">Sample No</td>
+<td width="257">Sample No.</td>
 <td>①</td><td>②</td><td>③</td><td>④</td><td>⑤</td>
 </tr>
@@ Line 41: / Line 41: @@
 </tr>
 <tr>
-<td>dH2O</td>
+<td>dH<sub>2</sub>O</td>
 <td>68</td><td>68</td><td>68</td><td>68</td><td>68</td>
 </tr>
@@ Line 49: / Line 49: @@
 </tr>
 </table>
-<BR>→gel check:'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
 <table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <tr>
-<td width="257">Sample No</td>
+<td width="257">Sample No.</td>
 <td>①</td><td>②</td><td>③</td><td>④</td><td>⑤</td>
 </tr>
@@ Line 75: / Line 76: @@
 </table>
-→どれもバンド出ず。
+-->どれもバンド出ず。
+'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)
-<BR>trnsformation:'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
+-->BBa_J22141のみコロニーがほとんど生えていなかった。(１個のみ)
-<BR>・BBa_R0051(2007)
-<BR>・BBa_R0051(2006)
-<BR>・BBa_J06650(2007)
-<BR>・BBa_J06650(2006)
-<BR>・BBa_J22136(2007)
-<BR>・BBa_J22141(2007)
-→BBa_J22141のみコロニーがほとんど生えていなかった。(１個のみ)
 == 2008.8.21 ==
 .20にtransformationしたもの
-<BR>・BBa_R0051(2007)
-<BR>・BBa_R0051(2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
-<BR>・BBa_J06650(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
-<BR>・BBa_J06650(2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
-<BR>・BBa_J22136(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
-<BR>・BBa_J22141(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)
 を２ml培養、12h。ただしコロニーが１個だけだったBBa_J22141は2ml培養の11h後にIPTGを20μl加え、
 さらに1h培養した。
-<BR>UV照射実験(プレート編)
+<br>UV照射実験(プレート編)(~24日)
-<BR>-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-(BWΔtdk)の2plasmidのものを使用。
+<br>-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
-<BR>グリストをつついて、AHL(100nM)を
+<br>グリストをつついて、試験管で2ml培養。(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,Cm,AHL100nM)の2種類。
+<br>37℃で12h培養後、濁ったらそれぞれを10<sup>5</sup>希釈してAHLが入っていないものはLB-Amp,Cm,AHLが入っているものはAHL-Amp,Cm,AHL100nMのプレートにそれぞれ20μl撒く。
+<br>37℃で12h培養後、きちんとコロニーができていることを確認し、両方のプレートにUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプとプレートの距離は14cm。
+<br>UVを照射して9h後、21h後にそれぞれ両方のプレートに次の同じ操作をする。
+<br>両方のプレートのコロニーをつついてそれぞれ(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)2ml培養する。
+<br>37℃,で12h培養後、濁っていたので、それぞれを(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)のプレートに10<sup>5</sup>希釈して20μl撒いた。
+コロニー数
+<table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
+<td width="257"></td>
+<td>AHLなし</td><td>AHL100nM</td>
+<tr>
+<td>9h</td>
+<td>606</td><td>453</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>12h</td>
+<td>146</td><td>151</td>
+</tr>
+</table>
+AHLが入っていないほうのコロニーはいづれも光っていた。→機能チェックはOK
 == 2008.8.22 ==
-mini prep:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/sigma|Mini prep]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/sigma|Mini prep]]'''
 <BR>2ml培養した
-<BR>・BBa_R0051(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
-<BR>・BBa_R0051(2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
-<BR>・BBa_J06650(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
-<BR>・BBa_J06650(2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
-<BR>・BBa_J22136(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
-<BR>・BBa_J22141(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)
-<BR>をミニプレした。
-<BR>insert check:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
+をミニプレした。
-<BR>BBa_J06650(2006)
+insert check:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-<BR>BBa_J06650(2007)
-<BR>BBa_J22136(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
-<BR>BBa_J22141(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
-<BR>BBa_R0051(2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
-<BR>BBa_R0051(2007)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)
-<BR>BBa_R0051(2007)とBBa_R0051(2006)はsingleのみ、ほかはsingleとdoubleの両方。
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
+*[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
+[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)と[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)はsingleのみ、ほかはsingleとdoubleの両方。
 <BR>
 <BR>混ぜ表
@@ Line 154: / Line 180: @@
 </tr>
 </table>
+<BR>UV照射実験(液体編)(~24)
+<BR>-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
+<BR>グリストをつついて2ml培養×2(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,cm,AHL100nM)
+<BR>37℃で、12h培養後、濁ったらそのまま小さなプレートにLB培地ごと移してUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプまでの距離は8cm。
+<BR>UVを照射して、15min,4h,8h,12h,たったら、両方のプレートからLB培地ごと20μlずつ採取しそれぞれ10<sup>5</sup>希釈し、そこから20μlをそれぞれ(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,cm,AHL100nM)のプレートに撒いた。
+<BR>37℃で12h培養した後のコロニー数
+<table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
+<td width="257"></td>
+<td>AHLなし</td><td>AHL100nM</td>
+<tr>
+<td>15min</td>
+<td>136</td><td>0?</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>4h</td>
+<td>40</td><td>31</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>8h</td>
+<td>10</td><td>0</td>
+</tr>
+<tr>
+<td>12h</td>
+<td>0</td><td>0</td>
+</tr>
+</table>
+<BR>
+いづれのプレートもAHLが入っていないものはGFPが確認できたが、AHL100nMのものは確認できなかった。
 == 2008.8.25 ==
-BBa_J22136(insert check済み)のグリセロールストックづくり
+[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](insert check済み)のグリセロールストックづくり
 <BR><BR>プレートに生えたコロニーをpickして、試験管で2ml培養(LB-Amp,37℃,12h)
 <BR>培養した試験管から180μl,LB-Ampを880μlとって、OD=0.495にした。
@@ Line 172: / Line 228: @@
 </table>
+== 2008.8.28 ==
+'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
-<BR>UV照射実験
+[http://partsregistry.org/Part:BBa_I7106 BBa_I7106](2007)
-<BR>-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
+生えてきたコロニーを10ml培養して'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/sigma|Mini prep]]'''(60mlで溶出):
-<BR>グリストをつついて、試験管で2ml培養。(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,Cm,AHL100nM)の2種類。
-<BR>37℃で12h培養後、濁ったらそれぞれを10<sup>5</sup>希釈してAHLが入っていないものはLB-Amp,Cm,AHLが入っているものはAHL-Amp,Cm,AHL100nMのプレートにそれぞれ20μl撒く。
-<BR>37℃で12h培養後、きちんとコロニーができていることを確認し、両方のプレートにUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプとプレートの距離は14cm。
-<BR>UVを照射して9h後、21h後にそれぞれ両方のプレートに次の同じ操作をする。
-<BR>両方のプレートのコロニーをつついてそれぞれ(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)2ml培養する。
-<BR>37℃,で12h培養後、濁っていたので、それぞれを(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)のプレートに10<sup>5</sup>希釈して20μl撒いた。
-== 2008.8.28 ==
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-transformation:'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
+<br>混ぜ表
-<BR>BBa_I7106(2007)
-生えてきたコロニーを10ml培養してmini prep(60mlで溶出):'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/sigma|Mini prep]]'''
-<BR>→Digestion:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-<BR>混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
@@ Line 221: / Line 268: @@
 </tr>
 </table>
-Digestion 37℃、30分
+'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]''' 37℃、30分
 <BR>プラスミドの濃度は33.6ng/μl
-<BR>PCR:'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
 <BR>RBS＋CI
 <BR>混ぜ表
@@ Line 258: / Line 305: @@
 </tr>
 <tr>
-<td>dH2O</td>
+<td>dH<sub>2</sub>O</td>
 <td>34</td>
 </tr>
@@ Line 267: / Line 314: @@
 </table>
-<BR>ゲルチェック:'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|ゲルチェック]]'''
@@ Line 288: / Line 336: @@
 </table>
-→濃度は33.6ng/μg
+-->濃度は33.6ng/μg
-<BR>ベクターのPCR:'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
-<BR>BBa_I7106
+ベクターの'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
-<BR>混ぜ表
+<br>[http://partsregistry.org/Part:BBa_I7106 BBa_I7106]
+<br>混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <tr>
@@ Line 322: / Line 371: @@
 </tr>
 <tr>
-<td>dH2O</td>
+<td>dH<sub>2</sub>O</td>
 <td>68</td>
 </tr>
@@ Line 331: / Line 380: @@
 </table>
-<BR>ゲルチェック:'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|ゲルチェック]]'''
@@ Line 343: / Line 393: @@
 </tr>
 <tr>
-<td>dH<SUB>2</SUB>O</td>
+<td>dH<sub>2</sub>O</td>
 <td>4</td>
 </tr>
@@ Line 351: / Line 401: @@
 </tr>
 </table>
-→バンド出ず。
+-->バンド出ず。
 == 2008.8.30 ==
-<BR>Digestion:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-<BR>x-RBS-cI-s-p(780bp)
-<BR>混ぜ表
+x-RBS-cI-s-p(780bp)
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
@@ Line 389: / Line 441: @@
 </tr>
 </table>
-→30μlゲル抽出
+-->30μlゲル抽出
-<BR>→ゲル抽出:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|Gel Extract]]'''
-<BR>→Zymo:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>5μ抽出,うち1μlをゲルチェック→OK,4μlはLigation用
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|ゲル抽出]]'''
-<BR>
-<BR>Digestion:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
-<BR>混ぜ表
+μ抽出,うち1μlをゲルチェック-->OK,4μlはLigation用
+'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
+-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
@@ Line 430: / Line 488: @@
 </tr>
 </table>
-→30μlゲル抽出
+-->30μlゲル抽出
-<BR>ゲル抽出:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|Gel Extract]]'''
-<BR>→Zymo:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>→SAP:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/dephosphorylation|SAP]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|ゲル抽出]]'''
-<BR>混ぜ表
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/dephosphorylation|SAP]]'''
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="57"></td>
@@ Line 461: / Line 522: @@
 </tr>
 </table>
-μ抽出,うち1μlをゲルチェック→OK,4μlはLigation用
+μ抽出,うち1μlをゲルチェック
-<BR>Ligation:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/ligation|Ligation]]'''
+-->OK,4μlはLigation用
-<BR>混ぜ表
+'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/ligation|Ligation]]'''
+混ぜ表
 <table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
-<td></td><td>b.g</td>
+<td>-</td><td>b.g</td>
 <tr>
 <td>dH<sub>2</sub>O</td>
@@ Line 493: / Line 558: @@
 </tr>
 </table>
-→Transformation(XL10G):'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
-<BR>→CFU40(b.gは22)
-<BR>コロニーPCR(16コつつく):'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''(XL10G)
-<BR>混ぜ表
+-->CFU40(b.gは22)
+コロニーPCR(16コつつく):'''[[Team:Chiba/protocol/PCR|PCR]]'''
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <tr>
@@ Line 523: / Line 593: @@
 </tr>
 <tr>
-<td>dH2O</td>
+<td>dH<sub>2</sub>O</td>
 <td>11.7</td>
 </tr>
@@ Line 531: / Line 601: @@
 </tr>
 </table>
-→Insertチェックしたら1つだけ正しい位置にバンドが出現。そのコロニーを2ml培養し、mini prepした。
+-->Insertチェックしたら1つだけ正しい位置にバンドが出現。そのコロニーを2ml培養し、mini prepした。
-<BR>→mini prep:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/sigma|Mini prep]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/sigma|Mini prep]]'''
-<BR>Digestion:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-<BR>x-RBS-cI-s-p(780bp)
+'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-<BR>混ぜ表
+x-RBS-cI-s-p(780bp)
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
@@ Line 573: / Line 646: @@
 </tr>
 </table>
-<BR>ゲル抽出:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|Gel Extract]]'''
-<BR>混ぜ表
+'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|Gel Extract]]'''
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="57"></td>
@@ Line 591: / Line 666: @@
 </tr>
 </table>
-<BR>→Zymo:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>→NFW5μlで溶出
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>ゲルチェック:'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
-<BR>混ぜ表
+-->NFW5μlで溶出
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="57"></td>
@@ Line 617: / Line 695: @@
 </tr>
 </table>
-→ゲルチェックOK
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''-->OK
-<BR>
-<BR>Digestion:'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
-<BR>-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
-<BR>混ぜ表
+'''[[Team:Chiba/protocol/digestion|Digestion]]'''
+-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
@@ Line 655: / Line 737: @@
 </table>
-<BR>ゲル抽出:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|Gel Extract]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/gelex|Gel Extract]]'''
-<BR>混ぜ表
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="57"></td>
@@ Line 673: / Line 756: @@
 </tr>
 </table>
-<BR>→Zymo:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>→NFW10μlで溶出
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>→SAP:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/dephosphorylation|SAP]]'''
+-->NFW10μlで溶出
-<BR>混ぜ表
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/dephosphorylation|SAP]]'''
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="57"></td>
@@ Line 704: / Line 790: @@
 </tr>
 </table>
-→37℃で1h、乾燥機(65℃)で15min,
+-->37℃で1h、乾燥機(65℃)で15min,
-<BR>→Binding Bufferを90μl加え、VORTEX
-<BR>→Zymo:'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-→NFW5μlで抽出
+-->Binding Bufferを90μl加え、VORTEX
-<BR>ゲルチェック:'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/DNA Purification/zymocleam|Zymo Clean]]'''
-<BR>混ぜ表
+-->NFW5μlで抽出
+'''[[Team:Chiba/protocol/gelcheck|Gel Check]]'''
+混ぜ表
 <table width="150" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="57"></td>
@@ Line 732: / Line 821: @@
 </tr>
 </table>
-→ゲルチェックOK
+-->ゲルチェックOK
-<BR>Ligation:'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/ligation|Ligation]]'''
+'''[[Team:Chiba/protocol/ligation/ligation|Ligation]]'''
-<BR>混ぜ表
+混ぜ表
 <table width="200" border="4" cellpadding="0" cellspacing="0" bordercolor="#000000">
 <td width="257"></td>
-<td></td><td>b.g</td>
+<td>-</td><td>b.g</td>
 <tr>
 <td>dH<sub>2</sub>O</td>
@@ Line 764: / Line 854: @@
 </tr>
 </table>
-→25℃で2h放置
+-->25℃で2h放置
-→Transformation(XL10G):'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''
+-->'''[[Team:Chiba/protocol/transformation|Transformation]]'''(XL10G):
-<BR>→CFU40(b.gは22)
-<BR><BR>
+-->CFU40(b.gは22)

Team:Chiba/notebook/input/august

From 2008.igem.org

Latest revision as of 05:02, 24 October 2008

Contents

2008.8.20

2008.8.21

2008.8.22

2008.8.25

2008.8.28

2008.8.30