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８月の実験ログ

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2008.8.20

PCR

[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)①
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2008)②
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)③
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2008)④
[http://partsregistry.org/Part:BBa_E0612 BBa_E0612](2008)⑤

>

Sample No	①	②	③	④	⑤
DNA tamplate	1	1	1	1	1
FW primer	5	5	5	5	5
VR primer	5	5	5	5	5
dNTPmix	10	10	10	10	10
thermo pol buffer	10	10	10	10	10
DNA pol(VENT)	1	1	1	1	1
dH2O	68	68	68	68	68
TOTAL	100	100	100	100	100

-->Gel Check

>

Sample No.	①	②	③	④	⑤
Sample DNA	1	1	1	1	1
loading dye	1	1	1	1	1
dH₂O	4	4	4	4	4
Total	6	6	6	6	6

→どれもバンド出ず。

Transformation

[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_R0051 BBa_R0051](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J06650 BBa_J06650](2006)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22136 BBa_J22136](2007)
[http://partsregistry.org/Part:BBa_J22141 BBa_J22141](2007)

→BBa_J22141のみコロニーがほとんど生えていなかった。(１個のみ)

2008.8.21

8.20にtransformationしたもの
・BBa_R0051(2007)
・BBa_R0051(2006)
・BBa_J06650(2007)
・BBa_J06650(2006)
・BBa_J22136(2007)
・BBa_J22141(2007) を２ml培養、12h。ただしコロニーが１個だけだったBBa_J22141は2ml培養の11h後にIPTGを20μl加え、さらに1h培養した。

UV照射実験(プレート編)(~24日)
-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
グリストをつついて、試験管で2ml培養。(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,Cm,AHL100nM)の2種類。
37℃で12h培養後、濁ったらそれぞれを10⁵希釈してAHLが入っていないものはLB-Amp,Cm,AHLが入っているものはAHL-Amp,Cm,AHL100nMのプレートにそれぞれ20μl撒く。
37℃で12h培養後、きちんとコロニーができていることを確認し、両方のプレートにUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプとプレートの距離は14cm。
UVを照射して9h後、21h後にそれぞれ両方のプレートに次の同じ操作をする。
両方のプレートのコロニーをつついてそれぞれ(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)2ml培養する。
37℃,で12h培養後、濁っていたので、それぞれを(LB-Amp,Cm),(LB-Amp,Cm,AHL100nM)のプレートに10⁵希釈して20μl撒いた。

コロニー数

	AHLなし	AHL100nM
9h	606	453
12h	146	151

AHLが入っていないほうのコロニーはいづれも光っていた。→機能チェックはOK

2008.8.22

mini prep:Mini prep

2ml培養した
・BBa_R0051(2007)
・BBa_R0051(2006)
・BBa_J06650(2007)
・BBa_J06650(2006)
・BBa_J22136(2007)
・BBa_J22141(2007)
をミニプレした。

insert check:Digestion

BBa_J06650(2006)
BBa_J06650(2007)
BBa_J22136(2007)
BBa_J22141(2007)
BBa_R0051(2006)
BBa_R0051(2007)
BBa_R0051(2007)とBBa_R0051(2006)はsingleのみ、ほかはsingleとdoubleの両方。

混ぜ表

	double	simgle
dH₂O	14	25
10×BSA	7	10
10×NE	7	10
EcoRI	3.5	5
PstI	3.5	-

UV照射実験(液体編)(~24)
-Ptrc-LuxR-Plux-cI-colE1-Amp-,-PcI-GFP-p15a-Cm-(BW)の2plasmidを使用。
グリストをつついて2ml培養×2(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,cm,AHL100nM)
37℃で、12h培養後、濁ったらそのまま小さなプレートにLB培地ごと移してUVを照射する。UVの波長は254nm,UVランプまでの距離は8cm。
UVを照射して、15min,4h,8h,12h,たったら、両方のプレートからLB培地ごと20μlずつ採取しそれぞれ10⁵希釈し、そこから20μlをそれぞれ(LB-Amp,Cm)(LB-Amp,cm,AHL100nM)のプレートに撒いた。

37℃で12h培養した後のコロニー数

	AHLなし	AHL100nM
15min	136	0?
4h	40	31
8h	10	0
12h	0	0

いづれのプレートもAHLが入っていないものはGFPが確認できたが、AHL100nMのものは確認できなかった。

2008.8.25

BBa_J22136(insert check済み)のグリセロールストックづくり

プレートに生えたコロニーをpickして、試験管で2ml培養(LB-Amp,37℃,12h)
培養した試験管から180μl,LB-Ampを880μlとって、OD=0.495にした。

OD=0.495培養液	0.67μl
60%グリセロール	0.33μl
20%グリセロールストック(計)	1.00ml

2008.8.28

transformation:Transformation
BBa_I7106(2007) 生えてきたコロニーを10ml培養してmini prep(60mlで溶出):Mini prep

→Digestion:Digestion
混ぜ表

	double
dH₂O	2
10×BSA	1
10×NE	1
EcoRI	0.5
PstI	0.5
DNA	5
TOTAL	10

Digestion 37℃、30分
プラスミドの濃度は33.6ng/μl

PCR:PCR
RBS＋CI
混ぜ表


DNA	1
FW primer	2.5
VR primer	2.5
dNTPmix	5
thermo pol buffer	5
DNA pol(VENT)	1
dH2O	34
TOTAL	50

ゲルチェック:Gel Check

PCR産物	1
Dye	1
dH₂O	4
TOTAL	6

→濃度は33.6ng/μg

ベクターのPCR:PCR
BBa_I7106
混ぜ表


DNA	1
FW primer	5
VR primer	5
dNTPmix	10
thermo pol buffer	10
DNA pol(VENT)	1
dH2O	68
TOTAL	100

ゲルチェック:Gel Check

PCR産物	1
Dye	1
dH₂O	4
TOTAL	6

→バンド出ず。

2008.8.30

Digestion:Digestion
x-RBS-cI-s-p(780bp)
混ぜ表

	double
dH₂O	6
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
XbaI	2
DNA	33.6ng/μl×30μl(1μg)
TOTAL	60

→30μlゲル抽出
→ゲル抽出:Gel Extract
→Zymo:Zymo Clean

5μ抽出,うち1μlをゲルチェック→OK,4μlはLigation用

Digestion:Digestion
-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
混ぜ表

	double
dH₂O	4
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
SpeI	4
DNA	75ng/μl×30μl(2μg)
TOTAL	60

→30μlゲル抽出
ゲル抽出:Gel Extract
→Zymo:Zymo Clean

→SAP:SAP

混ぜ表


dH₂O	9
DNA	10
SAP	1
SAP Buffer	10
TOTAL	30

5μ抽出,うち1μlをゲルチェック→OK,4μlはLigation用

Ligation:Ligation
混ぜ表

	-	b.g
dH₂O	1.4	8
Ligase	1	1
Ligase Buffer	2	2
Vector	1.8	1
Insert	3	-
TOTAL	10	10

→Transformation(XL10G):Transformation
→CFU40(b.gは22)

コロニーPCR(16コつつく):PCR
混ぜ表


VF	2
VFR	2
dNTP	2
thermo pol buffer	2
Tag	0.3
dH2O	11.7
TOTAL	20

→Insertチェックしたら1つだけ正しい位置にバンドが出現。そのコロニーを2ml培養し、mini prepした。
→mini prep:Mini prep

Digestion:Digestion
x-RBS-cI-s-p(780bp)
混ぜ表

	double
dH₂O	6
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
XbaI	2
DNA	33.6ng/μl×30μl(1μg)
TOTAL	60

ゲル抽出:Gel Extract
混ぜ表


Digestion産物	30
Dye	6
TOTAL	36

→Zymo:Zymo Clean

→NFW5μlで溶出
ゲルチェック:Gel Check

混ぜ表


dH₂O	4
DNA	1
Dye	1
TOTAL	6

→ゲルチェックOK

Digestion:Digestion
-e-x-Ptet-s-p-(PMB1,Amp)(Insert:54bp,Vector:2079bp)
混ぜ表

	double
dH₂O	4
10×BSA	10
10×NE	10
PstI	2
SpeI	4
DNA	75ng/μl×30μl(2.25μg)
TOTAL	60

ゲル抽出:Gel Extract
混ぜ表


Digestion産物	30
Dye	6
TOTAL	36

→Zymo:Zymo Clean

→NFW10μlで溶出

→SAP:SAP

混ぜ表


dH₂O	9
DNA	10
SAP	1
SAP Buffer(×10)	10
TOTAL	30

→37℃で1h、乾燥機(65℃)で15min,
→Binding Bufferを90μl加え、VORTEX
→Zymo:Zymo Clean

→NFW5μlで抽出
ゲルチェック:Gel Check

混ぜ表


dH₂O	4
DNA	1
Dye	1
TOTAL	6

→ゲルチェックOK