Team:Chiba/jk

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*ベクターの乗せ換え(PSB1-->P15A)（井山、小林、川崎）<Br>
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実験結果より
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-->Rs濃度が律速→PFL(J37020)使う？Rs替える？
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=='''実験について（どこにおいたらいいか分からなかったので～不必要かも）'''==

Revision as of 02:42, 18 September 2008

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Contents

To Do List

  • 出力の決定（杉山、福冨）
    • LacZ-->基質濃度に依存
    • rLuciferine-->見えない？-->基質が必要、光分解性（詳しく調べる）
  • Rs,PFL(LuxR,J3720-->imperial,2006)の作成（杉山、福冨）
  • 入力の決定（香取）
    • Arabinose promotor?-->線形成？On/Offはっきり？
    • On/Offの必要性は-->なし？
  • Time-delayの確認（井山、川崎、小林、冨永）
    • cinIのクローニング（井山、川崎）
    • 差を広げる-->温度依存性、培地依存性.PFL(Positive feedback loop)(BBa_J37015,BBa_J37020)の利用.
    • AHL固定(1nM,10nM,100nM~)-->閾値（10nM付近以上）を超えると、GFPによる蛍光強度は変わらない。4~5時間で飽和する。
    • 固体培地にspot
    • His TagつきGFP(その他タンパク質)を発現-->freeze-->SDS-PAGE-->blotting
    • Is(BW,XL10G)をT9002(BW)でdelay check
      • さらに-BBa_J37020を形質転換(XL10G,BW)でtime-delayをチェック
  • work out deal to print T-shirts (井山、福冨)

still under discussion

  • 出力を交換できる形でクローニングしよう-->intermideatesの作成
  • AHL synthase のkineticsについての情報は？-->ref.10 and ref.11
  • ベクターの乗せ換え(PSB1-->P15A)（井山、小林、川崎）

連絡

実験結果より -->Rs濃度が律速→PFL(J37020)使う？Rs替える？

実験について（どこにおいたらいいか分からなかったので～不必要かも）

時間スイッチ作成

発現時間の調節をするために、以下の要件が挙げられる。

  1. インデューサーの合成速度を下げる。
    RBSの調整(B0030-->B0033)
    コピー数の調整(5-->300)
  2. レセプタータンパク質とAHLとの親和性を下げる-->複合体を形成しにくくする。
    クオラムセンシングのクロストークを利用する。生物によってAHL(Acyl-L-Homoserine Lactone)のアシル基が異なる(ref.3).
    生物種ごとのクオラムセンシングについては、ref.9参照.
  • ex)( )内はシンターゼ
    • P.aeruginosa->C4-AHL(RhlI)
    • V. fisheri->C6-3-oxo-AHL(LuxI)
    • A.tumefaciens->C8-3-oxo-AHL(TraI)
    • P.aeruginosa->C10-3-oxo-AHL(VanI)
    • P.aeruginosa->C12-3-oxo-AHL(LasI)
    • R.leguminosarum->C14-3-hydroxy-AHL(CinI)

Construction(From BioBrick)

  • Sender(Autoinducer synthase)
LuxI,LasI,CinI,RhlI(lacプロモーター)
  • Receiver
LuxR,LasR,CinR,RhlR

Cross-Talk Check

  1. LuxR vs LuxI(OK),LasI(OK),CinI(?),RhlI(OK)
  2. LuxI vs LuxR,LasR,CinR,RhlR

RBS交換

  • 既存のパーツ
    • B0034+luxI
  • New parts(planning)
    • B0033(weak)+luxI
    • B0032(medium)+luxI
    • B0031(weaker)+luxI



入力班 送受信班 出力班 その他

小林あおい Aoi Kobayashi

香取崇広 Takahiro Katori

冨永将大 Masahiro Tominaga

川崎浩平 Kohei Kawasaki

井山佳美 Yoshimi Iyama

福冨浩樹 Hiroki Fukutomi

杉山まい Mai Sugiyama

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